(一)主體之間的關(guān)系不同

我國(guó)行政復(fù)議有“條條管轄”和“條塊管轄”之分，但無(wú)論何種復(fù)議方式，被申請(qǐng)人與復(fù)議機(jī)關(guān)都是領(lǐng)導(dǎo)(指導(dǎo))與被領(lǐng)導(dǎo)(被指導(dǎo))的關(guān)系，主體之間的行政地位一般是不平等的(省部級(jí)“自我管轄”的除外)。

反觀專利復(fù)審制度，專利局與專利評(píng)委均是國(guó)家工商總局的司局級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)，不存在領(lǐng)導(dǎo)(指導(dǎo))與被領(lǐng)導(dǎo)(被指導(dǎo))的關(guān)系，二者屬于平級(jí)單位。

(二)提出的方式不同

《行政復(fù)議法》第11條規(guī)定，行政復(fù)議既可書(shū)面提出，也可口頭提出。口頭提出的，復(fù)議機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)記錄申請(qǐng)人基本情況、復(fù)議請(qǐng)求、主要事實(shí)、理由和時(shí)間等事項(xiàng)。專利復(fù)審中未見(jiàn)有可口頭提出的規(guī)定，實(shí)踐中也需采用書(shū)面形式，具有“要式性”。

(三)審理范圍不同

雖然專利復(fù)審和行政復(fù)議都屬于全面審查，但行政復(fù)議是對(duì)具體行政行為合法性和合理性的審查，專利復(fù)審是對(duì)專利的可注冊(cè)性和可維持性的審查，是對(duì)爭(zhēng)議本身的審查，并不對(duì)專利局的決定作出評(píng)述。同時(shí)，《行政復(fù)議法》第29條規(guī)定，申請(qǐng)人在申請(qǐng)行政復(fù)議時(shí)可以一并提出行政賠償請(qǐng)求，行政復(fù)議機(jī)關(guān)在符合國(guó)家賠償規(guī)定時(shí)，在作出復(fù)議決定時(shí)應(yīng)當(dāng)同時(shí)決定對(duì)被申請(qǐng)人給予賠償，商評(píng)委則沒(méi)有受理賠償申請(qǐng)的職權(quán)。

(四)可否附帶審查不同

根據(jù)《行政復(fù)議法》第7條，申請(qǐng)人在提出行政復(fù)議時(shí)可以同時(shí)請(qǐng)求對(duì)行政機(jī)關(guān)做出具體行政行為所依據(jù)的規(guī)范性文件進(jìn)行附帶審查，除國(guó)務(wù)院部委規(guī)章和地方政府規(guī)章外的其他規(guī)范性文件都屬于可附帶審查范圍。商評(píng)委則沒(méi)有“附帶審查”的職權(quán)。

(五)審理期限不同

《行政復(fù)議法》第31條規(guī)定作出復(fù)議決定的期間是受理申請(qǐng)后60日，法律可以作更短的規(guī)定(但不可做更長(zhǎng)的規(guī)定)。特殊情況下需要延長(zhǎng)的，經(jīng)復(fù)議機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)人批準(zhǔn)，可以延長(zhǎng)30日。換言之，行政復(fù)議的期限以90天為限。相比之下，專利復(fù)審的期限要長(zhǎng)得多，如駁回復(fù)審和撤銷復(fù)審的審理期限是9個(gè)月，經(jīng)國(guó)家工商總局批準(zhǔn)，還可以延長(zhǎng)3個(gè)月。不予注冊(cè)復(fù)審的審理期限為12個(gè)月，經(jīng)批準(zhǔn)后還可以延長(zhǎng)6個(gè)月。

(六)處理方式不同

根據(jù)《行政復(fù)議法》第28條規(guī)定，復(fù)議機(jī)關(guān)可以根據(jù)具體行政行為在事實(shí)認(rèn)定和法律適用方面的具體情況而定，分別作出維持、撤銷、變更、確認(rèn)行政行為違法的復(fù)議決定，對(duì)因行政機(jī)關(guān)不作為而申請(qǐng)復(fù)議的案件，還可以作出限期履行決定。

比較而言，專利復(fù)審案件的處理方式單一得多，以駁回復(fù)審為例：商評(píng)委只能作出駁回決定(不同于“維持”決定)或(部分)初審決定(不同于“撤銷”決定)，無(wú)法作出“確認(rèn)違法”決定。且申請(qǐng)人申請(qǐng)復(fù)審正是由于對(duì)專利局審查決定的不服，商評(píng)委也不存在作出“履行決定”的事實(shí)基礎(chǔ)。

(七)“復(fù)議期間”對(duì)原行為處理方式不同

行政復(fù)議中原則上不停止原決定的執(zhí)行(原決定保持有效，除非被撤銷或改變)。而專利復(fù)審期間原決定并未生效。不僅如此，由于專利復(fù)審后商評(píng)委將重新做出了一個(gè)審查決定，若不進(jìn)入行政訴訟，后期也是對(duì)商評(píng)委決定的執(zhí)行，不會(huì)回過(guò)頭去執(zhí)行專利局決定。也即，一旦復(fù)審就意味著專利局的決定將不發(fā)生效力。

(八)行政訴訟時(shí)被告不同

專利復(fù)審中無(wú)論是作出何種決定，提起行政訴訟的被告都是商評(píng)委。

行政復(fù)議中訴訟的被告需視具體情況而定：復(fù)議維持案件中，原作出具體行政行為的機(jī)關(guān)和復(fù)議機(jī)關(guān)為共同被告;復(fù)議改變的，復(fù)議機(jī)關(guān)單獨(dú)作被告;復(fù)議機(jī)關(guān)不作為的，當(dāng)事人可選擇原機(jī)關(guān)或復(fù)議機(jī)關(guān)作被告(選擇告)。

(九)起訴的期間不同

根據(jù)《行政訴訟法》第45條規(guī)定，除“復(fù)議終局”的案件外，經(jīng)過(guò)行政復(fù)議后提起行政訴訟的期間是收到復(fù)議決定之日起15日，法律可作出例外規(guī)定。

專利復(fù)審是進(jìn)入行政訴訟的前提，可以視為是《專利法》規(guī)定的“復(fù)議前置”，而《專利法》規(guī)定的起訴期間為收到通知之日起的30日內(nèi)。《專利法》是全國(guó)人大常委會(huì)制定的法律，有權(quán)作出例外規(guī)定。