一、二者的適用對象不同

對于勞動合同，其適用對象主要體現在《》第2條中華人民共和國境內的企業、個體經濟組織、民辦非企業單位等組織(以下稱用人單位)與勞動者建立勞動關系，訂立、履行、變更、解除或者，適用本法。國家機關、事業單位、社會團體和與其建立勞動關系的勞動者，訂立、履行、變更、解除或者終止勞動合同，依照本法執行。

對于聘用合同，其適用對象主要體現在《辦法》第2條事業單位聘用合同制是指事業單位與受聘人員依據國家有關法律、法規、規章和政策，在平等自愿、協商一致的基礎上，通過簽訂聘用合同，確定聘用關系，明確雙方權利和義務的人事管理制度。

二、二者的用工招聘方式不同

勞動合同的簽訂沒有嚴格的程序性要求。根據《勞動》第7條用人單位自用工之日起即與勞動者建立勞動關系。用人單位應當建立職工名冊備查。第8條用人單位招用勞動者時，應當如實告知勞動者工作內容、工作條件、工作地點、職業危害、安全生產狀況、勞動報酬，以及勞動者要求了解的其他情況;用人單位有權了解勞動者與勞動合同直接相關的基本情況，勞動者應當如實說明。

而聘用合同關系的建立，有著嚴格的招聘程序要求。根據《辦法》第7條事業單位要結合本單位的任務，按照科學合理、精簡效能的原則設置崗位，并依據國家有關規定和單位的實際情況確定崗位工資待遇。機構編制部門核定人員編制的事業單位設置崗位、聘用人員，不得突破核定的編制數額。第8條人員聘用的基本程序是：(一)公布聘用崗位及其職責、應聘條件、工資待遇等事項;(二)應聘人員申請應聘;(三)聘用工作組織對應聘人員的資格、條件進行初審;(四)聘用工作組織對通過初審的應聘人員進行考試或者考核，擇優確定擬聘人員;(五)聘用單位負責人員集體討論確定受聘人員;(六)聘用單位法定代表人或者其委托的代理人與受聘人員簽訂聘用合同。

三、按合同期限特點分類不盡相同

根據《勞動合同法》第十二條勞動合同分為固定期限勞動合同、和以完成一定工作任務為期限的勞動合同。

根據《市事業單位聘用合同制試行辦法》第十五條聘用合同分為短期、中長期和以完成一定工作為期限的合同。對流動性強、技術含量低的崗位一般簽訂3年以下的短期合同;崗位或者職業需要、期限相對較長的合同為中長期合同;以完成一定工作為期限的合同，根據工作任務確定合同期限。合同期限最長不得超過應聘人員達到國家規定的退休年齡的年限。

四、保障性合同簽訂條件不盡相同

聘用合同的保障性合同表現為簽訂至退休的合同;而勞動合同的保障性合同表現為(無固定期限的勞動合同的。二者簽訂條件不盡相同。

對于勞動合同的的簽訂者而言，若要簽訂無固定期限的勞動合同，根據《勞動合同法》第13條用人單位與勞動者協商一致，可以訂立固定期限勞動合同;第14條勞動者在該用人單位連續工作滿十年的;用人單位初次實行勞動合同制度或者國有重新訂立勞動合同時，勞動者在該用人單位連續工作滿十年且距法定退休年齡不足十年的;連續訂立二次固定期限勞動合同，且勞動者沒有本法第三十九條和第四十條第一項、第二項規定的情形，續訂勞動合同的。用人單位自用工之日起滿一年不與勞動者訂立書面勞動合同的，視為用人單位與勞動者已訂立無固定期限勞動合同。

對于聘用合同簽訂者而言，若要想簽訂期限至退休的聘用合同，根據《辦法》第十六條受聘人員在本單位工作已滿25年或者連續工齡已滿10年且年齡距國家規定的退休年齡已不足10年的，如果本人提出訂立聘用至退休的合同的，聘用單位應當與其訂。

五、違約責任規定不盡相同

對于勞動合同而言，根據《勞動合同法》第22條勞動者違反服務期約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。違約金的數額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期尚未履行部分所應分攤的培訓費用。第23條對負有保密義務的勞動者，用人單位可以在勞動合同或者保密協議中與勞動者約定條款，并約定在解除或者終止勞動合同后，在競業限制期限內按月給予勞動者經濟補償。

而對于聘用合同而言，根據《辦法》第43條違約金數額由雙方當事人在聘用合同中自行約定，在聘用合同中未約定，但造成可計算經濟損失的，由責任人按實際損失承擔經濟賠償責任;第44條受聘人員經聘用單位出資培訓后解除聘用合同，對培訓費用的補償應當在聘用合同中約定試用期間，受聘人員解除聘用合同，由單位出資培訓的受聘人員應承擔培訓違約金;聘用單位解除合同，受聘人員不承擔培訓違約金。