一、軟件著作權登記證書是由國家版權局計算機軟件登記辦公室頒發的法律文書，是軟件著作權人對所登記事項的初步證明。

二、證書可以幫助持有者在訴訟中起到減輕舉證責任的作用 .

三、軟件著作權人在獲準登記后，可以將所登記的源程序、文檔或者樣品交中國版權保護中心封存，一旦發生糾紛時，由申請人或者司法機關啟封,作為重要證據使用。

四、根據國務院頒發的《鼓勵軟件產業和集成電路產業發展的若干政策》的有關規定，證書可以作為軟件著作權人或軟件企業申請減免稅的證明。 國家還將采取一系列政策，對已登記的軟件著作權給予重點保護。

五、由中國版權保護中心發布的軟件著作權登記公告可以為軟件開發者、軟件企業查詢軟件信息提供幫助,并為打擊軟件盜版、識別和推廣使用正版軟件提供信息和幫助。

軟件著作權登記以前的法律、法規規定更多的是體現是便于政府的行政管理，所以帶有強制的行政命令色彩。軟件著作權登記需要支付一定的登記費用的，而且登記的程序還是比較煩瑣的。現在著作權登記已經不再是強制的要求，但是著作權登記還是有一些現實的意義。本文作者還是建議進行登記，基于以下幾點理由：

1、作為軟件得到重點保護的依據

《國務院關于印發鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若干政策的通知》第三十二條規定：國務院著作權行政管理部門要規范和加強軟件著作權登記制度，鼓勵軟件著作權登記，并依據國家法律對已經登記的軟件予以重點保護。

2、作為稅收優惠的依據

財政部、國家稅務總局《關于貫徹落實〈中共中央、國務院關于加強技術創新，發展高科技，實現產業化的決定〉有關稅收問題的通知》中對軟件產品的稅收優惠有詳細的規定。該通知并不要求強制登記，但是規定：對經過國家版權局注冊登記，在銷售時一并轉讓著作權、所有權的計算機軟件征收營業稅，不征收增值稅。

3、作為技術出資入股

《關于以高新技術成果出資入股若干問題的規定》規定計算機軟件可以作為高新技術出資入股，而且作價的比例可以突破公司法20%的限制達到35%。現在有的地方更規定軟件可以作價100%以技術出資的規定。不過一般都要求軟件著作權應當取得登記。

4、作為申請科技成果的依據

科學技術部關于印發《科技成果登記辦法》的通知第八條規定：辦理科技成果登記應當提交《科技成果登記表》及下列材料：(一)應用技術成果：相關的評價證明(鑒定證書或者鑒定報告、科技計劃項目驗收報告、行業準入證明、新產品證書等)和研制報告;或者知識產權證明(專利證書、植物品種權證書、軟件登記證書等)和用戶證明。這里的登記可以理解為著作權的登記，其他部委也有類似規定，以軟件申請技術成果應當遞交軟件登記證書。

除此之外軟件著作權登記還有更為現實的意義，就是享有軟件著作權證明作用。軟件由一系列的代碼組成，稱為源代碼，其可以無限制的復制。軟件著作權所保護的是源代碼。一般認為誰持有源代碼，誰既是著作權人，由于源代碼的可復制性，不象復制紙質材料那樣，可以區分原始與復制件，假使源代碼保密不嚴，就很難區分著作權人。如果盡早進行著作權登記，取得《軟件著作權登記證書》，這就是初步的權利證明。在發生軟件著作權爭議時，是主張軟件權利的有力武器，而要證明《軟件著作權登記證書》并非真正軟件著作權人，在舉證上具有相當難度。在進行軟件著作權貿易時，《軟件著作權登記證書》有利于交易的順利完成。