根據我國《憲法》和《土地管理法》的規定，國家為了公共利益的需要，可以依法對土地實行征收或征用并給予補償。由此可以看出，土地征收的前提必須是為“公共利益”的需要，但是現行法律、法規并沒有對此作出明確規定，實踐中建設項目繁多，“公共利益需要”的尺度很難把握，政府在巨大經濟利益的驅動下，極易打著公共利益的幌子，將商業目的用地納入土地征收的范圍，從而損害被征收土地集體經濟組織及其成員的合法權益。

(二)土地征收的補償問題突出

由于目前土地一級市場由國家壟斷，集體所有制土地不能直接進入市場交易，土地征收是政府強制性取得集體土地所有權的一種方式，因此這種所有權的轉移是有償的行政行為。我國《土地管理法》等法律法規雖然對土地征收的補償標準作出了規定，但補償標準不夠科學合理，補償方式單一，安置責任不明確，甚至使失地農民徹底失去生存的依靠，導致農民對征地行為的不滿，引發大量糾紛，甚至出現政府低價獲得集體土地的所有權，再高價出讓土地使用權的情況，導致嚴重的過度征收及種種難以通過制度加以規范的違法浪費行為。

(三)土地征收程序欠缺，導致土地征收權的濫用

科學合理的土地征收程序可以預先設定行政機關的權限，規定其決策的依據和步驟，避免行政機關專斷和濫用職權，保證土地征收的順利進行。但是在我國，土地征收程序的規定過于簡單，缺少必要的監督機制，容易帶來行政權力的泛濫。且由于土地征收費用低，很多土地被征收后閑置，造成大量土地資源的浪費，使農村土地流失嚴重。

(四)土地征收透明度不高，容易引起矛盾激化

被征收土地者在整個土地征收過程中處于被動的劣勢地位，如補償方案的確定是由政府核準并實施，難以避免暗箱操作行為的發生，征收程序的公示性難以保障。而人民法院在審理土地征收及補償行政案件中，常常受到來自于地方保護主義的壓力，農民為了尋求救濟的途徑，往往采取集體上訪甚至更為極端的解決方法，成為社會的不穩定因素。

(五)土地收益分配和管理的問題

在土地征收的過程中，土地收益包括所有權和使用權收益，土地收益應該在失去土地所有權及使用權的主體之間分配，即集體經濟組織和農民個人之間分配。《中華人民共和國土地管理法》第二十六條規定：“土地補償費歸農村集體經濟組織所有;地上附著物及青苗補償費歸地上附著物及青苗的所有者所有。征用土地的安置補助費必須專款專用，不得挪作他用。需要安置的人員由農村集體經濟組織安置的，安置補助費支付給農村集體經濟組織，由農村集體經濟組織管理和使用;由其他單位安置的，安置補助費支付給安置單位;不需要統一安置的，安置補助費發放給被安置人員個人或者征得被安置人員同意后用于支付被安置人員的保險費用。

市、縣和鄉(鎮)人民政府應當加強對安置補助費使用情況的監督。”但是在實踐中，有的縣級和鄉鎮政府也參與到補償收益的分配中，從而導致集體經濟組織和農民個人得到的補償減少。同時，土地補償費及安置補助費的使用、管理缺乏必要的約束和監督，農民得不到妥善安置的情況時有發生。