關于環境污染損害賠償，“現存的訴訟制度中存在一定問題，一是由于原告資格的限制，使得在中國提起環境民事訴訟并不是一件容易的事;二是在許多情況下，因侵權人不明，受害人無法提起訴訟;三是由于環境侵權的特殊性，訴訟往往是一個漫長而艱難的過程，受害人的權益得不到及時、有效的救濟;四是訴訟時效期限長度不夠，受害人的利益得不到有效保護。”筆者以為，核心是訴訟時效和被告人的確認問題，故本文僅涉訴訟時效及起訴要件中“明確的被告人”問題，原告的適格問題暫不予探討。

(一)三年時效

我國民法通則第一百三十五條規定：“向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為二年，法律另有規定的除外。”環境保護法第四十二條規定：“因環境污染損害賠償提起訴訟的時效期間為三年。”可見，環境污染損害賠償訴訟的時效為三年。這里的問題就在于訴訟時效“從當事人知道或者應當知道受到污染損害時起計算”的規定于受害人不利。如前文所述，環境污染損害有間接性、潛伏性、長期性、遺傳性等的特點，直接的和必然的因果關系鏈在環境污染損害賠償訴訟中是無法找到的，受害人往往“難以知道”或根本就“不知道”受到的是什么損害。在現代工業化如此發達的社會，受害者在知識方面往往是處于弱勢地位，“應當知道”對他們來說大會過于苛刻了。在現時訴訟中，三年訴訟時效的規定是遠遠不能夠保護受害當事人的。三年，往往在人們還不知就里時就早已過去了。訴訟時效是權利人怠于行使權利的持續狀態超過法定期間便喪失司法救濟權的法律制度，其用意是督促受害人積極行使自己的權利。但是，環境污染損害賠償訴訟三年的訴訟時效，因損害客觀上的特點，決定了受害人主觀上再積極也無法有效地保護自己。

(二)最長時效

我國民法通則第一百三十七條：“訴訟時效期間從知道或者應當知道權利被侵害時起計算。但是，從權利被侵害之日起超過二十年的，人民法院不予保護。有特殊情況的，人民法院可以延長訴訟時效期間。”環境損害賠償的最長訴訟時效沿用民法通則二十年的規定，這是一個不可變的除斥期間。

這里的問題首先是，民法通則第一百三十七條將二十年最長訴訟時效期間表述為從知道或者應當知道“權利被侵害”時起計算，而環境保護法第四十二條將環境污染損害賠償訴訟三年訴訟時效表述為從知道或應當知道“受到污染損害”時起計算，二者的不一致是法律上的不協調。前者著眼于主觀認識意義上的法律權利是否受到傷害，后者著眼于客觀存在意義上的財產或身體健康是否受到傷害。其次，二十年對于環境污染受害者的求償來說，第一，本身也不夠長，已知的日本富山痛痛病病因自初次發現患者到政府確定歷時22年，熊本水俁病的病因確定經過15年，未知的環境污染引發的損害原因的查明，又有誰能保證會比這更樂觀一些呢?第二，由于本身的不夠長，因而也就不能彌補三年時效短的缺陷。