土地流轉確權證歸屬問題，較多的主要集中在地塊權屬、地塊面積等方面：

塊權屬方面

1、代耕代種

大致分為兩種情況：一種是承包農戶承擔相應的農業生產成本，享受相應的農業生產收入，同時自己承擔農業稅費或享受糧食補貼;一種是承包農戶將生產權、收益權進行轉移，不承擔農業生產成本，也不享受農業生產收入，即不擁有經營權，只是保留了土地承包經營權的基本權利——承包權，因此也保留了承包權附帶的權利和義務——承擔農業稅費或享受糧食補貼。

對于上述情況，農村一般有較為一致的認識，無論是重新分田、年終流轉分配等，還是收取農業水電費、籌資籌勞等，均視同農戶常年在家，由原戶主享受或承擔。

因此，在確權過程中，代耕代種地塊的權屬應歸原承包戶所有，代為耕種農戶仍按照自己本身的承包地確權，即“各確各的權”。確權過程中之所以產生糾紛，主要牽涉代耕代種期間，部分代耕戶為原戶主承擔了一定的農業稅費、水電費、籌資籌勞等，他們不愿意無償返還權屬。

2、互相調田

在農戶自己看來，這種調田方式已經完成了土地承包經營權的轉移，但在法律和政策上，有的不符合《農村土地承包法》、《村民委員會自治法》的規定程序。因此，在確權過程中，既要妥善照顧到農戶的感情和利益，又要切實合乎法律、符合政策，把兩者兼顧好。對于二輪承包之后農戶私下調田的，原則上應返還權屬，即“先歸還、再確權”。

3、棄耕后要田

這些棄耕又要田的農戶一般都是經濟狀況較好、較早遷往城鎮的家庭，群眾和確權的村組干部在感情上難以接受返還其承包權的要求。但根據確權要“長期化”、“固化”的政策，不能因為其曾經拋荒棄種的短期行為，而使其失去這份長久的、要固化的財產權。因此，對于棄田后再要田的農戶，應分情況進行處置：曾經明確放棄責任田，村委會有申請書、承認書的，在本輪承包期內不確權;對舉家遷入設區以上城市的，可動員其放棄要地訴求，收歸集體;對舉家遷入小城鎮的，尊重其意愿，動員其與現耕種農戶協商解決，同時予以一定的經濟補償。

4、承包地被部分征用

確權中會遇到的矛盾是：有的村組認為承包耕地是集體所有，因此將部分承包地的征地補償費在全組農戶中按照人口、承包地面積等進行分配，沒有和被征承包地絕對掛鉤。現在被部分征地的農戶對確權工作提出要求：要么重新分地，要么重新分錢。承包地部分征收可以這樣處理：征地補償費由被征地農戶享受的，已征面積不確權，其他未征收面積確權;由其他農戶共享的，可以根據農戶要求，按照現有人口重新分配未征地面積后再確權，即“先調田、再固化”。

5、集中居住

集中居住是指在新農村建設中，少數農戶響應政府號召，拆除過去住在村組內的散居房屋，搬進統一規劃建設的集中居住點。集中居住只是改變了農戶的宅基地，沒有改變農戶的承包經營權和承包地。但對于規劃建設集中居住點的村組來說，其承包經營權和承包地已經改變了。目前集中居住的試點中，一般有兩種用地模式：一是征收，二是臨時用地，即視同流轉，每年支付流轉費。對于臨時用地模式，原則上要尊重農民意愿確權確地到戶，如果群眾有要求，也可以“確股確利”。