(一)本罪與非罪的界限其關(guān)鍵要查清行為人是否有主觀罪過，是否實(shí)施了違反交通運(yùn)輸管理法規(guī)，違反交通運(yùn)輸管理法規(guī)的行為與重大交通事故另否具有因果關(guān)系等。倘若沒有違法行為或者雖有違法行為但沒有因果關(guān)系，如事故發(fā)生純屬被害人不遵守交通規(guī)則，亂穿馬路筆造成，或由自然因素，如山崩、地裂、風(fēng)暴、洪水等造成，則就不應(yīng)以本罪論處。當(dāng)然，事故發(fā)生并不排除可能存在多種原因或有其他介入因素，這里就更應(yīng)該認(rèn)真分析原因及其介入行為對交通事故發(fā)生的作用。只有查清確實(shí)與行為人的違規(guī)行為具有因果關(guān)系，則才可能以本罪論處，否則，就不應(yīng)以該罪治罪而追究刑事責(zé)任。例如，行為人高速超車后突然發(fā)現(xiàn)前方幾十米處有人穿越馬路，便打方向盤試圖避開行人，但出于車速過快，致使車沖入人行道而將他人壓成重傷。此時(shí)，行人穿越馬路作為介入因素僅是發(fā)生本案的條件，肇事的真正原因則是違章超速行車，因此應(yīng)當(dāng)認(rèn)定行為與結(jié)果具有因果關(guān)系從而可以構(gòu)成本罪。

(二)本罪與過失損壞交通工具罪、過失損壞交通設(shè)施罪的界限交通肇事罪與過失破壞交通工具罪、過失損壞交通設(shè)施罪，在主觀方面都出于過失;在客觀方面，都造成了致人重傷、死亡或者使公私財(cái)產(chǎn)遭受重大損失的嚴(yán)重后果，危害了公共安全。但它們是不同性質(zhì)的犯罪，應(yīng)嚴(yán)格劃清它們之間的界限。它們之間的主要區(qū)別是：

(1)前者的主體主要是從事交通運(yùn)輸?shù)娜藛T，雖然非交通運(yùn)輸人員也可構(gòu)成該罪主體，但他們也必須是在操縱交通工具、交通設(shè)備，與交通運(yùn)輸人員不同的，僅是他們不具有交通運(yùn)輸人員身份;后者的主體為一般主體。

(2)前者發(fā)生在交通運(yùn)輸活動過程中，嚴(yán)重后果是由于在交通運(yùn)輸活動過程中違反規(guī)章制度引起的;后者的發(fā)生與交通運(yùn)輸活動無關(guān)，嚴(yán)重后果是由于行為人在交通運(yùn)輸活動以外的日常生產(chǎn)、生活中馬虎草率、粗枝大葉，不細(xì)心謹(jǐn)慎引起的。

(三)本罪與利用交通工具故意殺人、故意傷害的界限兩者都會出現(xiàn)致人重傷、死亡的危害后果，但交通肇事罪中行為人對于致人重傷、死亡的危害結(jié)果的發(fā)生，表現(xiàn)為過失的心理態(tài)度;而利用交通工具故意殺人或者故意傷害，則表現(xiàn)為故意的心理態(tài)度，這是區(qū)分兩者的關(guān)鍵所在。

(四)本罪與以駕車撞人的危險(xiǎn)方法危害公共安全罪的界限兩者都是危害公共安全的犯罪，都可能發(fā)生致人重傷、死亡或者使公私財(cái)產(chǎn)遭受重大損失的嚴(yán)重后果，但兩者存在明顯區(qū)別：一是主觀方面不同。交通肇事罪在主觀方面表現(xiàn)為過失;以駕車撞人的危害方法危害公共安全罪在主觀上表現(xiàn)為故意。二是客觀方面的要求不同。交通肇事罪在客觀方面要求行為人的違章行為必須造成法定的嚴(yán)重后果才構(gòu)成為犯罪。

(五)本罪與重大飛行事故罪、鐵路運(yùn)營安全事故罪的界限交通肇事罪與重大飛行事故罪、鐵路運(yùn)營安全事故罪的不之處在于，一是侵犯交通運(yùn)輸安全的側(cè)重點(diǎn)不同。交通肇事罪侵犯的主要是公路、水上交通運(yùn)輸?shù)陌踩卮箫w行事故侵犯的是航空交通運(yùn)輸?shù)陌踩F路運(yùn)營事故罪侵犯的是鐵路交通運(yùn)輸全。二是在客觀方面造成的嚴(yán)重后果的內(nèi)容略有不同。三是犯罪主體不同。交通肇事罪的犯罪主體是一般主體，包括交通運(yùn)輸人員和非交通運(yùn)輸人員;重大飛行事故的犯罪主體只能是航空人員，包括空勤人員與地面人員;鐵路運(yùn)營安全事故罪的犯罪主體必須是鐵路職工。