首先是技術含量的參差不齊：存在著不少低技術含量的跑腿公司，有很多的代理公司掛靠現象嚴重，人員素質和業務水平相對較差。這些招標代理機構在執業代理業務時缺乏一定的誠實信用。招標代理機構與委托方的招標人之間的配合應該是建立在充分信任的基礎上的：招標人將業務委托給招標代理機構時應給予其充分的信任;同時招標代理機構應遵循法律、法規，嚴格依法在代理范圍內辦事，為招投標人提供廉潔、優質、高效的服務。但是這些招標代理機構只要承接到業務就萬事大吉了，根本不注重服務質量的提高，抱著只要中標通知書出來就可以了的心態敷衍了事，招標文件、評標辦法、回標分析、評標報告等重要資料從其他項目中拷貝過來，沒有針對代理項目的特點，體現不出代理公司的技術含量和責任心;現場踏勘、答疑等必備的招標程序隨意省略;招標歸檔資料殘缺不全等等。這也導致行業內對招標代理的認可程度不高，“快遞員”、“資料員”的稱呼時有耳聞。

其次是代理費報價混亂。有相當一部分招標代理機構不是靠自身人才優勢和嚴謹的工作作風來樹立品牌，而是靠惡意競爭來拉取客戶。按照管理部門規定打六折、七折已算好的，對折甚至更低的報價也不鮮見。過低的報價一方面嚴重地擾亂了招投標代理市場的秩序，另一方面給市場上招標代理只要很低的費用帶帶而過就可以了的印象，降低了市場對招標代理機構工作重要性的認可度，長期而往對招標代理機構的生存本身會構成嚴重影響，應當引起各方的重視。在低報價現象嚴重的同時，也存在著另一極端的高收費問題，在一些政府投資或國有投資的項目中，個別招標代理機構利用招標人管理不嚴甚至與招標人經辦人串通，私自變換或提高收費標準，以達到高收費目的，對于這種現象，需要審計等有關管理部門的嚴格把關來予以杜絕。

再次是代理費收取方式的混亂。在建設工程招標代理收費問題上，目前有些招標代理機構的報酬不是向招標人收取，而是轉嫁到中標單位身上，向中標單位直接收取或由其變相代付。更有甚者的是，有的招標代理機構要求特定的(招標人意向的)投標人先支付代理費，否則對其中標不利，而一旦該投標人先行支付了代理費，他們就在招標文件的條款上編入對該投標人有利的條款。還有個別招投標代理為了增加其利潤率，在招標文件工本費、資料費上做文章，一份招標文件要收一二千元甚至更高，嚴重增加了投標人的負擔。

最后也是最嚴重的問題，在一些不正規的招標代理機構中存在著比較嚴重的腐敗現象。這些招標代理機構面對激烈的市場競爭，在承攬業務時不是靠提高自身的綜合素質努力為招標人提供優質、高效的服務，而是靠一些有“影響力”的人物幫幫忙拉關系，靠與招標人經辦人的私下協議，靠業務費用“回扣”等不正當手段“開拓”市場。有的招標代理機構為了能承接項目，在利益驅動下，對個別招投標人的不正當要求，不但不自覺抵制，甚至還為他們的違規操作提供種種便利，出謀獻策，按照他們的意愿對招標文件、回標分析進行“量體裁衣”。

出現上述問題的主要原因是在一定程度上出現的市場競爭的無序化。招標代理機構為招標人提供的服務根據工作的性質大致可以分為程序性工作和技術性工作。程序性工作主要包括協助招標人報建、協助招標人審查投標人資格、組織投標人踏勘現場和答疑、組織開評標、協助招標人確定中標單位等內容;技術性工作主要包括擬訂招標方案，編制資格預審文件和招標文件，編制工程量清單和標底，編制標書回標分析，草擬工程合同等內容。不同的項目程序性工作是基本相同的，只要掌握了程序，基本上招投標過程就可以走下來。有些實力不強的甚至是掛靠的招標代理公司正是看到了這一點，幾乎放棄了技術含量，純做“快遞”，同時也大幅度壓低了相關收費。面對這種情況，正規的招標代理機構還是從技術含量上下手，牢牢把好各環節的質量關，提供高質量的差別化服務。來自兩個不同方向的兩股力量的合力造成了目前招投標代理市場一定的混亂，面對質量與價格這一對矛盾體，相關管理部門要加大引導力度，大力消減跑腿公司的生存空間。在上述主要原因的同時，做為招標代理活動中有關各方利益和矛盾匯聚的焦點之一，招標代理機構受到腐敗因素的影響也是不可避免的，這就要求在強化管理部門的監管的同時，招標代理機構加強自身管理也是必不可少的。