(一)刑民交叉案件的不協調困境

在一個侵犯商業秘密案件中存在著民事侵權和刑事犯罪兩種不同性質的法律關系時，訴訟程序的啟動在實踐中存在以下不同情形：第一，商業秘密權利人提起民事侵權之訴，由于該侵權行為涉嫌構成犯罪進入刑事追訴程序;第二，對侵犯商業秘密犯罪行為進行刑事追訴時，對民事責任的追究一般可以通過刑事附帶民事訴訟或者單獨提起民事訴訟來解決，其中，被害人單獨提起民事訴訟既可以在刑事訴訟進行過程中，也可以在刑事訴訟終結后。

刑事訴訟作為“公權”越來越多介入原本更多屬于“私權”保護范疇的商業秘密權利領域，是因為從實踐來看，在侵犯商業秘密行為的責任追究上，相比較民事訴訟而言，刑事訴訟的保護力度更大。就商業秘密權利人而言，在權利受到侵害時，進行訴訟首要考慮的是如何最大程度地維護自身的權益，更直觀地說就是盡量挽回所造成的損失以及避免進一步的損失，至于選擇民事還是刑事訴訟途徑，應當服從于這一最終目的。當前，由于侵犯商業秘密案件的民事訴訟程序耗時長、舉證難度大，從權利人角度看，不走民事救濟而改走刑事救濟路徑，是因為代表公權力的偵查機關介入，會迫使涉嫌侵害的行為人提供其持有或使用的信息以供鑒定，而民事訴訟中涉嫌侵權人通常可以以自身技術或經營信息也屬于商業秘密進行合理抗辯，或者拒不提供。因此相比較而言，當事人更愿意選擇刑事程序：公安機關接舉報并抓獲犯罪嫌疑人——做商業秘密的相關鑒定——依據損失金額進行定罪量刑。近些年對大多數商業秘密犯罪案件的追究幾乎都是這一套路，權利人采用刑事手段保護商業秘密的傾向性也越來越強。

針對商業秘密受到侵犯的情形，在進行公力與私力兩重救濟的實踐運作時，公權與私權的沖突在所難免，其中的問題主要表現在三個層面：

一是兩種訴訟程序先后分別進行，但是處理結果卻可能互相矛盾;

二是在一種訴訟程序進行時，另一種程序啟動，兩種程序孰先孰后;

三是民事訴訟被納入刑事訴訟程序中作為附帶程序，是否能真正發揮民事救濟的作用。

(二)刑民訴訟不協調的癥結

從法律法規的表述看，我國當前將經濟損失數額作為區別商業秘密民事侵權與刑事犯罪的重要界限，法律簡單化處理界限問題的本意或許在于兩種責任的追究上存在一種前后承接的配合。因為在對商業秘密犯罪構成要件的查證中，很多基本問題還是歸結為對民事侵權行為構成與否的認定。然而司法實踐中，侵權與犯罪的界限問題并非如此簡單。前面所提到的現實中的矛盾情形提示我們，作為訴訟原則和應用規則截然區別的兩種程序，在對商業秘密的構成及商業秘密侵權行為的認定上，刑事與民事訴訟程序的舉證責任和證明標準等存在著很大不同。也即，刑事訴訟中由公訴方承擔舉證責任，且必須達到“排除一切合理懷疑”才能追究被告人的刑事責任，而民事訴訟中一般采取誰主張誰舉證，適用“優勢證據”判定原則。因此，一方面，必須明確兩種訴訟程序進行的先后順序;另一方面，從實體上而言，即使由同樣的證據推導出的法律事實，在兩種訴訟中可能會產生不同的法律后果。當然不可忽視的是，兩種訴訟程序規則上存在著差異，尤其是民事訴訟中有關證據提出和認定方面的規則更適應商業秘密案件審理的特點，這在刑事訴訟中應當引起重視。

實際上，兩大訴訟最大的區別在于，民事訴訟注重商業秘密的權屬關系，而刑事訴訟更側重于考察侵害行為本身的社會危害性。刑事制裁的一個重要功能在于預防，即以國家公訴的名義，并經過法院的裁判，向全社會宣告行為的嚴重危害，以警戒類似行為的再次發生，而相對地，民事訴訟則重在補償。這直接導致了刑事判決與民事判決可能發生沖突。

正是由于民事和刑事訴訟在操作方式以及思維理念上的不同，使得我們不僅要對兩種程序運作結果的矛盾準確認識并加以克服，更應對刑事訴訟程序的功能作全面理解，因為保護力度與保護效果并不完全等同。