1.移送審查起訴。根據(jù)刑事訴訟法規(guī)定，公安機(jī)關(guān)偵查終結(jié)的案件，應(yīng)當(dāng)做到犯罪事實清楚，證據(jù)確實、充分，并且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據(jù)一并移送同級人民檢察院審查決定。因此，公安機(jī)關(guān)在對案件經(jīng)過一系列的偵查活動后，認(rèn)為案件事實已經(jīng)清楚，證據(jù)已經(jīng)確定、充分，依照法律規(guī)定能夠認(rèn)定嫌疑人確有罪行，需要追究刑事責(zé)任的，應(yīng)當(dāng)決定將案件終止偵查，移送人民檢察院審查起訴。公安機(jī)關(guān)對需要追究刑事責(zé)任、已經(jīng)偵查終結(jié)的案件，必須做到基本事實清楚，證據(jù)確實、充分，達(dá)到起訴的基本要求，并且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據(jù)一并移送同級人民檢察院審查決定。起訴意見書應(yīng)當(dāng)寫清犯罪及所依據(jù)的法律條款等;“案卷材料、證據(jù)”主要包括舉報、揭發(fā)、控告材料，訊問筆錄，詢問筆錄，勘驗、檢查筆錄，鑒定結(jié)論以及物證、書證、視聽資料等。

2.撤銷案件。根據(jù)刑事訴訟法規(guī)定，在偵查過程中，發(fā)現(xiàn)不應(yīng)對犯罪嫌疑人追究刑事責(zé)任的，應(yīng)當(dāng)撤銷案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，應(yīng)當(dāng)立即釋放，發(fā)給釋放證明，并且通知原批準(zhǔn)逮捕的人民檢察院。所謂“不應(yīng)對犯罪嫌疑人追究刑事責(zé)任”，是指經(jīng)偵查查明的事實不是犯罪的事實;或者雖有犯罪事實而不是犯罪嫌疑人所為;或者屬于刑事訴訟法規(guī)定的不追究刑事責(zé)任的情形，即情節(jié)顯著輕微、危害不大，不認(rèn)為是犯罪的;犯罪已過追訴時效期限的;經(jīng)特赦令免除的;依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的;犯罪嫌疑人死亡的;其他法律規(guī)定免予追究刑事的。公安機(jī)關(guān)在整個偵查過程中，無論何時發(fā)現(xiàn)不應(yīng)對犯罪嫌疑人追究刑事責(zé)任的，都應(yīng)當(dāng)按照本條規(guī)定辦理，及時撤銷案件并且立即釋放在押的犯罪嫌疑人，不能久押不放;釋放被逮捕的犯罪嫌疑人，應(yīng)當(dāng)及時通知原批準(zhǔn)逮捕的人民檢察院。

關(guān)于人民檢察院直接偵查案件的處理。根據(jù)刑事訴訟法規(guī)定，貪污賄賂犯罪，國家工作人員的瀆職犯罪，國家機(jī)關(guān)工作人員利用職權(quán)實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復(fù)陷害、非法搜查的侵犯公民人身權(quán)利的犯罪以及侵犯公民民主權(quán)利的犯罪，由人民檢察院立案偵查;對于國家機(jī)關(guān)工作人員利用職權(quán)實施的其他重大的犯罪案件，需要由人民檢察院受理的時候，經(jīng)省級以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院立案偵查。對于人民檢察院直接偵查案件在偵查終結(jié)后如何處理，刑事訴訟法作了明確規(guī)定，人民檢察院偵查終結(jié)的案件，應(yīng)當(dāng)作出提起公訴、不起訴或者撤銷案件的決定。也就是說，人民檢察院偵查終結(jié)的案件，根據(jù)案件情況可以作出三種決定：一是對于犯罪事實清楚，證據(jù)確實、充分，依法應(yīng)當(dāng)判處刑罰的，應(yīng)當(dāng)制作起訴書，作出提起公訴的決定;二是人民檢察院偵查部門對在偵查中發(fā)現(xiàn)犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有刑事訴訟法第十五條規(guī)定情形之一的，應(yīng)當(dāng)作出撤銷案件的決定;三是人民檢察院審查起訴部門對在審查起訴中發(fā)現(xiàn)犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有刑事訴訟法第十五條規(guī)定情形之一的，應(yīng)當(dāng)作出不起訴的決定。