(1)債權憑證制度缺乏法律和理論依據。根據“最高法院關于轉發高院的意見”指出，浙江高院系根據《中華人民共和國》的有關精神及《最高人民法院關于人民法院執行工作若干問題的規定(試行)》而制定。但實際上不管是《中華人民共和國民事訴訟法》還是《最高人民法院關于人民法院執行工作若干問題的規定(試行)》均無債權憑證的規定或有關精神。債權憑證制度是一種案件終結執行的制度?！懊裨V法”第235條規定，案件執行終結類型有：申請人撤銷申請;據以執行的法律文書被撤銷;作為被執行人的公民死亡無遺產可供執行;追索、、撫育費案件的權利人死亡;作為被執行的公民因生活困難無力償還借款又喪失勞動能力的。這些規定都從責任自負原則出發，指明終結執行的基本條件是權利義務已經消滅。前兩種類型是因權利被撤銷消滅，第三、四種類型是因主體不存在而消滅。第五種是因為保護人道主義的需要而消滅。這些規定都以權利義務根本消滅為特征。而債權憑證是在權利義務尚存在的情況下、在被執行人暫無法履行的情況下發放的，不符合權利義務根本消滅的特征。有一種觀點認為民訴法還有“其它應當終結執行的情形”規定。但是從終結執行是權利義務根本消滅的精神的出發，法院雖然可以對“其它應當終結執行的情形”列出更加具體的類型，但是法院作出的規定也都必須符合權利義務根本消滅的特征，否則，就屬越權的解釋與做法，缺乏法律依據。

同樣債權憑證亦缺乏理論依據。中國民訴法關于法律文書的稱謂有著嚴格的界定，各種法律文書都有特定的含義。判決書解決實體問題，裁定書解決程序問題，決定書解決其它問題。債權憑證的出現從理論上打亂了法律文書的體系，使法律文書的內涵出現混亂。有一種意見認為債權憑證的性質屬公證文書，但法院作為公證文書的發放主體更是值得懷疑。因此債權憑證亦沒有理論根據。

(2)債權憑證剝奪了當事人依法享有主張利息的權利。根據中國《》等實體法的規定被執行人遲延履行的應當支付雙倍利息，最高人民法院為此制定了“關于適用《中華人民共和國民事訴訟法》若干問題的意見(試行)”。該意見第293、294條規定，遲延履行期間的利息或遲延履行金自判決、裁定和其它法律文書指定的履行期間屆滿的次日起計算;加倍支付遲延的債務利息按同期貸款利率計付的債務利息上增加一倍。而一旦法院發放了債權憑證，原已生效判決被法院終結執行，一方當事人據以要求對方履行的依據被撤銷，申請執行人就不能依據上述規定要求對方當事人支付利息。由于法院發放債權憑證的行為，不可避免地侵害了申請執行人原本享有主張利息的權利。實踐中為了對當事人原本享有的權利進行救濟采取了一種做法是在債權憑證中直接注明利息依法計算或按雙倍計算。對于依法計算，基于一方當事人據以要求對方履行的依據被撤銷的同樣道理，依法計算的結果是利息為零。而對債權憑證可直接賦予雙倍計息的做法，又缺乏理論與法律上的依據。有一種觀點認為，實踐中是先發債權憑證后終結執行，因此依據未被撤銷，仍可按民訴法雙倍計息。這種觀點表面上看似有道理，但實際上是不可能存在的。

因為從理論說，哪怕債權憑證允許發放，債權憑證與終結執行也必須同時進行。道理很簡單，如果先發債權憑證后終結執行，在終結執行前發放債權憑證之后這個期間內，申請執行人就享有雙份權利，既享有依債權憑證的權利，同時也享有依判決確定的權利;如果先終結執行后發債權憑證，在終結執行后發債權憑證前這一時間內就徹底剝奪了申請執行人的權利。因此，債權憑證剝奪了當事人依法享有主張利息的權利，侵犯申請執行人的合法權益。