從排他許可協議的特征來看，在一定的期間和地區，市場內存在兩個合法使用注冊商標的主體，他們均共享注冊商標的使用利益，任何對該注冊商標的侵犯均會對注冊人和被許可人造成損害。因此，市場中一旦出現第三人侵權的事實，注冊人和被許可人均有理論上的訴權尋求司法救濟。但在審判實踐中，并非具有理論上的訴權就可自動獲得民事訴訟的主體資格。人民法院在審查當事人訴權的同時，還應審查訴訟主體是否符合具體的法律規定。

對于排他許可協議的被許可人是否享有訴權，最高人民法院《關于全國部分法院知識產權審判工作座談會紀要》(法?1998?65號)(以下簡稱“座談紀要”)中規定，“……知識產權民事糾紛案件的起訴人，可以是合同當事人、權利人和利害關系人。利害關系人包括獨占、排他許可合同的被許可人……”。即是說，排他許可合同的被許可人有權提起商標侵權的訴訟。提起知識產權民事糾紛案件的起訴人可是當事人、權利人和利害關系人等多個主體，在實踐中，可能存在著很多不同情況，比如多個主體可能同時起訴，也可能部分起訴、部分不起訴，或者部分先起訴、部分后起訴。人民法院對各個主體在不同情況下的起訴是應一視同仁還是區別對待，各個主體是否具有平等的訴權，對他們起訴的先后次序是否需要加以引導、規定，尤其是排他許可協議的被許可人是否應具有獨立的訴權，在該“座談紀要”中沒有明確，學界及審判實踐中有不同觀點。

一種觀點認為：排他許可協議的被許可人享有獨立訴權，對商標侵權行為可以與商標注冊人平等行使訴權。在協議規定的期間和范圍內，排他許可協議的被許可人與商標注冊人對第三人的商標侵權行為有平等禁止權，故被許可人可以自己的名義起訴。最高法院在“座談紀要”中確立商標侵權訴訟的起訴人的訴權時，并未區分商標注冊人和排他許可合同的被許可人訴權的先后順序，而是將“權利人”和“利害關系人”并列為可以提起訴訟的起訴人，因此排他許可協議的被許可人與商標注冊人的訴權具有平等性，具有獨立于商標注冊人的起訴權。

另一種觀點認為：商標注冊人在訴權上具有優先序位，排他許可協議的被許可人只能依附于商標注冊人對商標侵權行使訴權，被許可人不享有與商標注冊人平等的訴權。其理由是：

首先，盡管排他許可協議的被許可人在特定的地區和期間成為除商標注冊人以外的惟一使用人，但商標注冊人在該地區和期間內保留對商標的使用權，是在該地區的注冊商標的所有人，而被許可人在法律上只是使用人地位。在商標權權屬上，商標注冊人仍保留該商標的全部權益。由于兩者權利屬性的不同，法律不應賦予其平等的訴權。

其次，商標注冊人對商標的使用權是源于法律的授權，具有物權性質和對世的效力，屬于絕對權，任何不特定的第三人都負有不得侵犯其權利的強制性義務。而被許可人對商標的使用權是基于商標許可合同獲得，根據合同相對性原則，該授權的效力只及于商標注冊人與被許可人，不具有對世的效力，一旦發生第三人侵權的情況，該訴權仍歸于注冊商標的主權利人。

再次，我國商標法對注冊人和被許可人商標使用的審查制度是不同的，商標的注冊、續展及轉讓均須經核準和公告;商標注冊人許可他人使用其注冊商標的許可合同只須報商標局備案，無須核準和公告。強制備案公示使被許可人有限地突破了合同的相對性，獲得了注冊商標使用權相對的對世效力，但其效力相對核準和公告要弱，故而在被許可人獲得訴權上也應有所區別。

最后，最高法院在2002年1月9日公布的法釋?2002?2號的《關于訴前停止侵犯注冊商標專用權和保全證據適用法律問題的解釋》(以下簡稱“解釋”)中規定了“……商標注冊人或者利害關系人可以向人民法院提出訴前責令停止侵犯注冊商標專有權行為或者保全證據的申請。”“……排他使用許可合同的被許可人在商標注冊人不申請的情況下，可以提出申請。”同時，該解釋第四條還規定“……排他使用許可合同的被許可人單獨提出申請的應當提交商標注冊人放棄申請的證據材料;……”該解釋對商標注冊人和被許可人提出申請的資格的先后順序作了規定，對排他使用許可合同的被許可人提出訴前申請增加了條件限制，即肯定了被許可人單獨提出申請，但商標注冊人有優先申請的地位。雖然該“解釋”是針對權利人和利害關系人申請訴前停止侵權和訴前證據保全進行規定的，但對權利人和利害關系人的基礎訴權也具有指導意義。綜上所述，商標注冊人與排他許可協議的被許可人在訴權上前者具有優先序位。以上兩種觀點，筆者傾向于第二種觀點。

然而，在商標的排他使用許可協議中，存在商標注冊人怠于行使或濫用訴權優先權的情況，例如出于種種原因商標注冊人既不表示起訴，也不出具放棄訴訟的聲明;或者商標注冊人私下授予多人的商標排他使用許可，在商標注冊人擁有訴權的優先序位的同時，若不賦予排他使用的被許可人獨立的訴權，這將導致被許可人處于極為不利的地位，被許可人將無法有效地保護自己的合法權益。“座談紀要”及“解釋”中均沒有明確規定商標注冊人怠于行使或濫用訴權優先權的情況，實踐中也沒有統一的標準，具體操作中往往參照上述“解釋”的規定要求被許可人出具商標注冊人放棄起訴的證據材料，若被許可人不能舉證的話，將承擔被駁回起訴的風險。在商標排他許可使用方面，有些商標注冊人系國外的企業或公司，在聯系溝通及對市場的掌握方面存有諸多不便，若不及時制止侵權，往往會使被許可人的損失擴大。

如何及時保護被許可人利益，有一種觀點認為，若商標注冊人怠于行使訴權，被許可人可請求法院剝奪其訴權的優先權而獲得獨立的訴權。其理由是被許可人和商標注冊人之間存在著合同關系，在商標注冊人怠于行使或濫用訴權的情況下，被許可人的訴權首先應指向商標注冊人，通過法院強制其起訴或剝奪其優先權，從而豁免其舉證責任，繼而可獨立起訴。這一觀點類似于申請宣告死亡制度。持這觀點的，例如王*明教授認為，在申請宣告死亡制度中，位于前一順序的配偶出于不正當目的不申請宣告死亡，構成優先序位的濫用，可由其他利害關系人在舉證證明這一情形的前提下，請求人民法院剝奪其優先序位。

這種觀點有其合理的方面，但在制止侵權的及時性和經濟性方面，對被許可人十分不利。因為被許可人在獲得起訴第三人侵權的訴權之前，還要通過另一場訴訟來豁免其舉證責任，這不但不能及時制止侵權還要增加訟累，有悖于訴訟經濟原則。筆者認為：被許可人只需舉證商標注冊人怠于行使訴權即可獲得獨立訴權，有權單獨起訴。最高法院的“解釋”要求排他使用的被許可人承擔商標注冊人“放棄”申請的舉證責任，“放棄”申請和“怠于”申請的要求和條件均不相同。“放棄”要求商標注冊人明確的意思表示，而不適用默示規則，適用默示規則要有明確的法律依據，這在一定程度上加大了被許可人的舉證責任，同時“放棄”的要求沒有明確注冊人的主觀上過錯的形態;而“怠于”申請的要求，其證明的難度相對“放棄”申請來說要低一些。“怠于”行使訴權，包含了注冊人作為和不作為兩種行為，涵蓋了商標注冊人過錯和無過錯的兩種責任形態，彌補“放棄”申請條件下的不足，降低了被許可人起訴的難度，其只要證明商標注冊人既不承諾對侵權人放棄起訴的權利，又不以訴訟或仲裁方式向侵權人主張權利，致使被許可人權利受到損害的，即可證明商標注冊人放棄訴權優先序位，被許可人有權單獨起訴，從而不必承擔其舉證不能的風險。當然，在被許可人徑行起訴侵權人的同時，人民法院應當及時通知商標注冊人或追加其為第三人參加訴訟，這樣既有利于保護被許可人的權益，又兼顧了商標注冊人的利益。