實施股權激勵的上市公司在2006年后都按照11號準則進行了會計處理。但是，對于股權激勵的企業所得稅處理問題，國家稅務總局一直沒有明確的規定。實際上，缺少對股權激勵企業所得稅處理的明確規定，上市公司對于股權激勵的會計處理也是不完整的。會計和稅法上對于股權激勵的處理差異，會導致所得稅會計的處理問題。由于稅收政策上對于股權激勵的處理規定一直不明確，上市公司無法對于股權激勵無法按照《企業會計準則第18號—所得稅》規定的原則進行所得稅會計處理，從而導致披露的報表并不準確。

2012年5月23日，國家稅務總局發布了《國家稅務總局關于我國居民企業實行股權激勵計劃有關企業所得稅處理問題的公告》(國家稅務總局公告2012年第18號)，明確了我國對于股權激勵企業所得稅的處理原則。該公告規定：上市公司依照《管理辦法》要求建立職工股權激勵計劃，并按我國企業會計準則的有關規定，在股權激勵計劃授予激勵對象時，按照該股票的公允價格及數量，計算確定作為上市公司相關年度的成本或費用，作為換取激勵對象提供服務的對價。上述企業建立的職工股權激勵計劃，其企業所得稅的處理，按以下規定執行：

(一)對股權激勵計劃實行后立即可以行權的，上市公司可以根據實際行權時該股票的公允價格與激勵對象實際行權支付價格的差額和數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規定進行稅前扣除。

(二)對股權激勵計劃實行后，需待一定服務年限或者達到規定業績條件(以下簡稱等待期)方可行權的。上市公司等待期內會計上計算確認的相關成本費用，不得在對應年度計算繳納企業所得稅時扣除。在股權激勵計劃可行權后，上市公司方可根據該股票實際行權時的公允價格與當年激勵對象實際行權支付價格的差額及數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規定進行稅前扣除。

(三)本條所指股票實際行權時的公允價格，以實際行權日該股票的收盤價格確定。

對照國家稅務總局18號公告和《企業會計準則第11號—股份支付》，我們可以看出，稅法和會計對于股權激勵的處理存在著明顯的差異：

根據《企業會計準則第11號—股份支付》的規定：除了立即可行權的股份支付外，無論權益結算的股份支付還是現金結算的股份支付，企業在授予日均不做會計處理。企業應當在等待期內的每個資產負債表日，將取得職工或其他方提供的服務計入成本費用，同時確認所有者權益或負債。對于附有市場條件的股份支付，只要職工滿足了其他所有非市場條件，企業就應當確認已經取得的服務。

根據國家稅務總局18號公告的規定，對于股權激勵，在稅收處理上，上市公司等待期內會計上計算確認的相關成本費用，在當期不能在計算企業所得稅應納稅所得額是進行扣除。實施股權激勵的企業，只有在股權激勵計劃可行權后，按照該股票實際行權時的公允價格(一般是實際行權日該股票收盤價)與當年激勵對象實際行權支付價格的差額及數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規定進行稅前扣除。

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