首先，是關于用人單位自用工之日起超過一個月不滿一年未與勞動者訂立書面勞動合同的處理。

根據《勞動合同法》第十條規定，建立勞動關系，應當訂立書面勞動合同。已建立勞動關系，未同時訂立書面勞動合同的，應當自用工之日起一個月內訂立書面勞動合同。

《勞動合同法實施條例》第六條則規定，用人單位自用工之日起超過一個月不滿一年未與勞動者訂立書面勞動合同的，應當按照勞動合同法第八十二條的規定向勞動者每月支付兩倍的工資，并與勞動者補訂書面勞動合同;勞動者不與用人單位訂立書面勞動合同的，用人單位應當書面通知勞動者終止勞動關系，并依照勞動合同法第四十七條的規定支付經濟補償。

“建立勞動關系，應當訂立書面勞動合同”，說明書面勞動合同是勞動合同唯一合法形式，用人單位必須簽訂。之所以要求一個月內簽訂，是充分考慮了用人單位實際操作中因大量招人或者需要層層審批等原因無法一經建立勞動關系就立即訂立書面勞動合同，從而給用人單位以適當的寬限期。用人單位如果在用工之日起超過一個月，仍未訂立書面勞動合同的，即使支付了兩倍工資，仍須與勞動者補訂書面勞動合同。

其次，關于用人單位向勞動者支付兩倍工資的起算日和截止日。

《勞動合同法》第八十二條第一款規定：用人單位自用工之日起超過一個月不滿一年未與勞動者訂立書面勞動合同的，應當向勞動者每月支付二倍的工資。《勞動合同法實施條例》第七條規定，用人單位自用工之日起滿一年未與勞動者訂立書面勞動合同的，自用工之日起滿一個月的次日至滿一年的前一日應當依照勞動合同法第八十二條的規定向勞動者每月支付兩倍的工資，并視為自用工之日起滿一年的當日已經與勞動者訂立無固定期限勞動合同，應當立即與勞動者補訂書面勞動合同。

關于起算日，如果用人單位自用工之日起超過一個月仍然未與勞動者訂立書面勞動合同，則屬于違法行為，應當自用工之日起滿一個月的次日起向勞動者支付二倍工資。

關于截止日，用人單位自用工之日起超過一個月不滿一年未與勞動者訂立書面勞動合同的，用人單位支付二倍工資的法律責任一直持續到其違法行為糾正的前一日為止;用人單位自用工之日起滿一年未與勞動者訂立書面勞動合同的，用人單位支付二倍工資的時間截止到勞動關系滿一年的前一日。由此可見，用人單位支付勞動者二倍工資的周期最長為11個月。

最后，是關于主張二倍工資的仲裁時效問題。

勞動者請求用人單位支付未訂立書面勞動合同二倍工資差額的仲裁時效，依照《勞動爭議調解仲裁法》第二十七條第一款、第二款和第三款的規定確定為一年，從勞動者主張權利之日起往前倒推一年，按月計算，對超過一年的二倍工資差額不予支持。

本案中，王某于2015年4月3日入職，2016年4月5日離職，在職期間所在公司未與其訂立書面勞動合同，公司已按3636元/月向王某支付了工資，還應向其支付2015年5月3日至2016年4月2日期間共11個月的二倍工資差額39996元(3636×11)。自2016年4月3日起，視為雙方已訂立無固定期限勞動合同，公司無需再支付未訂立書面勞動合同的二倍工資差額。王某于2016年4月5日申請仲裁，其要求公司支付2015年5月3日至2016年4月2日期間的二倍工資差額未超出一年的仲裁時效，應予支持。

具體案情

王某于2015年4月3日入職某建筑公司擔任保安隊長，雙方未簽訂書面勞動合同，2016年4月5日王某辭職并于當日申請勞動仲裁。王某離職前十二個月的平均工資為3636元/月，王某要求建筑公司支付未簽訂書面勞動合同的兩倍工資差額39996元。

經仲裁，該建筑公司應向王某支付2015年5月3日至2016年4月2日期間未訂立書面勞動合同的兩倍工資差額39996元。