(1)公訴機關指控被告人侵犯商業(yè)秘密的舉證難。

這種舉證難主要表現(xiàn)在兩個方面：一方面表現(xiàn)為權利人的不配合。往往權利人對其擁有的商業(yè)秘密不愿提供作為證據(jù)，更不愿將技術信息送關相關部門進行鑒定，這就造成行為人侵犯商業(yè)秘密證據(jù)上存在問題。確實在侵犯商業(yè)秘密罪的訴訟中，不可避免地會有許多人介入并知悉商業(yè)秘密，如法官、公訴人、辯護人、鑒定人、書記員、法警等，如果這類人員擅自披露或者使用該商業(yè)秘密，同樣會形成商業(yè)秘密的第二次侵害。權利人的這種顧慮是可以理解的，可以規(guī)定上述人員的保密義務和失密責任，打消權利人的這種顧慮，并讓權利人知道只有通過打擊犯罪才能更全面有效地保護商業(yè)秘密。另一方面表現(xiàn)為公安機關調查取證難。商業(yè)秘密是一種未經登記的依靠權利人通過保密方式予以保持的無形資產，具有秘密性、隱蔽性等特點。但是隨著電子網絡的飛快發(fā)展，行為人侵犯商業(yè)秘密行為的隱蔽性在不斷地增強，很多侵犯商業(yè)秘密的行為通過網絡傳輸，犯罪分子作案后一般都會將泄露的資料進行處理，由于電子證據(jù)通過網絡傳播的易滅失性和隱蔽性，給公安機關在取證和證據(jù)保全上帶來很大的問題。在民事訴訟中，最高人民法院為解決商業(yè)秘密舉證難問題，在《關于全國部分法院知識產權審判工作座談會紀要》中肯定了“舉證責任倒置”的原則，即決定由被告對獲取商業(yè)秘密途徑或者方式進行舉證，如果“被告不能提供或拒不提供其所使用的信息系合法獲得或使用”的證據(jù)，則可認定被告有侵權行為。顯然，這種舉證責任倒置的推定方式不能適用于刑事訴訟。在刑事訴訟中，公安機關有“收集能夠證實犯罪嫌疑人有罪或者無罪，犯罪情節(jié)輕重的各種證據(jù)”的職責，如果公安機關無法收集被告人有罪的證據(jù)，根據(jù)我國現(xiàn)行刑法“無罪推定”的原則，不應當認定被告人有罪和科以刑罰。權利人只能通過民事途徑要求行為人承擔侵權的民事責任。

(2)對行為人泄露的信息是否屬商業(yè)秘密的鑒定問題。

如果具備鑒定的條件的話，有關技術信息應當委托專業(yè)權威部門進行鑒定。因為在審查行為人泄露的技術信息是否屬商業(yè)秘密時，往往會涉及很復雜的技術問題，法官對這類專業(yè)技術又知之甚少，如何來認定該專業(yè)技術屬商業(yè)秘密，僅憑法官的主觀推斷和簡單比較嗎?那是絕對不可以的。在這種情況下，專業(yè)權威的鑒定就顯得尤為重要。因為專業(yè)人員對專業(yè)技術的國內外最新情況比較了解，其通過對資料檢索并進行對比分析后得出的結論，具有一定的科學性和客觀性。如果不進行權威鑒定，如何達到刑事案件“證據(jù)確實、充分”的要求?進行鑒定也并非意味著法官對鑒定結論必須全盤采信。法官是中立裁判者，據(jù)以定案的鑒定結論必須進行當庭質證并聽取雙方意見后，結合其他證據(jù)進行全面審查判斷后決定是否采信。