一、主要職責
　　國務(wù)院港澳事務(wù)辦公室的主要職責是：
　　（一）根據(jù)“一國兩制”的原則和中央的有關(guān)方針、政策，密切關(guān)注和研究香港、澳門的政治、經(jīng)濟、金融、文化和其他社會動態(tài)，為中央制定有關(guān)的方針、政策、策略提供情況和建議。
　　（二）統(tǒng)籌、協(xié)調(diào)中央各部門和各省、自治區(qū)、直轄市人民政府與香港特別行政區(qū)政府和澳門官方的工作聯(lián)系及業(yè)務(wù)往來，審批或會同審批有關(guān)官方往來事項，商定香港特別行政區(qū)與內(nèi)地有關(guān)部門和地方之間的各種會晤、合作、互助機制及辦法；對各部門、各地方貫徹執(zhí)行中央的有關(guān)方針、政策情況進行必要的督促檢查。
　　（三）負責與香港特別行政區(qū)行政長官和香港特別行政區(qū)政府的工作聯(lián)系；承辦香港特別行政區(qū)行政長官和主要官員的任免事項；安排香港特別行政區(qū)行政長官向中央人民政府述職；受理香港特別行政區(qū)行政長官和香港特別行政區(qū)政府提出的要求，為香港特別行政區(qū)政府駐京辦事處提供工作協(xié)助等。
　　（四）負責內(nèi)地因公赴香港、澳門人員的審批，辦理《往來香港特別行政區(qū)通行證》，授權(quán)并指導各地方人民政府外事辦公室的此項工作；審核副省（部）級以上領(lǐng)導干部訪問香港、澳門的事項等。
　　（五）研究擬定對駐香港、澳門中資機構(gòu)和向香港、澳門輸出勞務(wù)的政策，參與有關(guān)機構(gòu)設(shè)置和人員派出的審批及管理工作，參與內(nèi)地企業(yè)和駐香港、澳門中資機構(gòu)在香港、澳門的重大經(jīng)營業(yè)務(wù)的協(xié)調(diào)工作等。
　　（六）促進和協(xié)調(diào)內(nèi)地與香港、澳門在經(jīng)貿(mào)、金融、科技、教育、文化、衛(wèi)生、體育、旅游等領(lǐng)域的合作與交流。
　　（七）宣傳香港特別行政區(qū)基本法和澳門特別行政區(qū)基本法以及中央的有關(guān)方針、政策，對涉及香港、澳門宣傳的政策性問題提出意見和建議，把握涉及香港、澳門事務(wù)的宣傳報道口徑；負責香港、澳門傳媒到內(nèi)地采訪及交流的審批工作。
　　（八）承辦全國人大常委會和國務(wù)院交辦的與香港特別行政區(qū)有關(guān)的法律事宜；對落實香港特別行政區(qū)基本法和澳門特別行政區(qū)基本法涉及的有關(guān)法律問題提出意見和建議。
　　（九）對中央駐香港、澳門機構(gòu)提出的有關(guān)事宜提供意見、建議和工作協(xié)助。
　　（十）統(tǒng)籌、協(xié)調(diào)與澳門政權(quán)交接和平穩(wěn)過渡有關(guān)的各項準備工作；負責澳門特別行政區(qū)籌委會的組織工作，承擔澳門特別行政區(qū)籌委會秘書處的具體工作。
　　（十一）會同有關(guān)部門指導中英、中葡聯(lián)合聯(lián)絡(luò)小組和中葡土地小組的工作。
　　（十二）做好香港、澳門各界人士到內(nèi)地訪問的有關(guān)工作；承辦中央領(lǐng)導同志會見香港、澳門人士的有關(guān)事宜。
　　（十三）承辦國務(wù)院交辦的其他事項。

　二、內(nèi)設(shè)機構(gòu)
　　根據(jù)以上職責，國務(wù)院港澳事務(wù)辦公室設(shè)５個職能司：
　　（一）秘書行政司（人事司）
　　負責秘書、文書、機要、檔案、信訪、保密、保衛(wèi)、圖書資料等工作；負責機關(guān)財務(wù)、房產(chǎn)、基本建設(shè)、物資設(shè)備等行政管理工作；負責起草綜合性文件，管理駐香港信息組；負責機關(guān)人事、勞動工資、機構(gòu)編制管理工作；承辦機關(guān)黨委的日常工作。
　　（二）香港經(jīng)濟司
　　負責對香港的經(jīng)濟、金融情況進行調(diào)查研究；參與研究擬定促進香港與內(nèi)地在經(jīng)濟、金融、貿(mào)易、科技、旅游等方面進行合作與交流的具體政策和措施；研究擬定駐香港中資企業(yè)和向香港輸出勞務(wù)的政策；參與有關(guān)機構(gòu)設(shè)置和人員派出的審批和管理工作；參與內(nèi)地企業(yè)和駐香港中資企業(yè)在香港的重大經(jīng)營業(yè)務(wù)的協(xié)調(diào)工作；負責因公赴香港經(jīng)貿(mào)人員的審批工作。
　　（三）香港政務(wù)司
　　負責對香港的政治、法律情況進行調(diào)查研究；負責中央人民政府及中央各部門和各省、自治區(qū)、直轄市人民政府與香港特別行政區(qū)政府的工作聯(lián)系和官方往來事項；審核內(nèi)地副省（部）級以上干部因公赴香港事項；歸口辦理因公《往來香港特別行政區(qū)通行證》的工作；負責香港特別行政區(qū)官員到內(nèi)地訪問、短期培訓等安排；承辦全國人大常委會、國務(wù)院交辦的與香港有關(guān)的法律事宜；承辦中央駐香港機構(gòu)提出的有關(guān)事宜；承擔中英聯(lián)合聯(lián)絡(luò)小組的有關(guān)工作。
　　（四）香港社會文化司
　　負責對香港的社會、文化、輿論等方面的情況進行調(diào)查研究；研究、提出加強香港的基層和社團工作的政策措施；研究擬定香港與內(nèi)地在傳媒、教育、科技、文化、出版、康樂、衛(wèi)生、宗教和社會福利等方面進行合作與交往的具體政策；負責因公赴香港的教育、科技、文化、宗教等人員的審批工作；研究、處理涉及港臺關(guān)系的有關(guān)事宜；審批香港傳媒到內(nèi)地采訪及交流的事項；宣傳香港特別行政區(qū)基本法。
　　（五）澳門事務(wù)司
　　負責對澳門的情況進行全面的調(diào)查研究；參與籌建澳門特別行政區(qū)的有關(guān)具體事宜；負責澳門特別行政區(qū)籌委會秘書處的日常工作；推動澳門特別行政區(qū)基本法的宣傳并做好實施的有關(guān)工作；審批澳門與內(nèi)地的官方往來事項；研究提出駐澳門中資企業(yè)和向澳門輸出勞務(wù)的政策、建議，參與有關(guān)機構(gòu)設(shè)置和人員派出審批及管理工作，參與內(nèi)地企業(yè)和駐澳門中資機構(gòu)在澳門的重大經(jīng)營業(yè)務(wù)的協(xié)調(diào)工作；提出內(nèi)地和澳門在司法、貿(mào)易、旅游、教育、科技、文化等方面合作與交往的具體政策性建議；研究和處理涉及澳臺關(guān)系的有關(guān)事宜；參與處理中葡聯(lián)合聯(lián)絡(luò)小組和中葡土地小組的有關(guān)工作。
　　機關(guān)黨委。負責機關(guān)和直屬單位的黨群工作，辦事機構(gòu)設(shè)在秘書行政司。

　三、人員編制
　　國務(wù)院港澳事務(wù)辦公室機關(guān)行政編制９５名，在澳門回歸前另設(shè)臨時編制３５名。其中：主任１名，副主任２－３名，司局級領(lǐng)導職數(shù)１７名（含機關(guān)黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構(gòu)、機關(guān)后勤服務(wù)機構(gòu)的設(shè)置、人員編制和領(lǐng)導職數(shù)另行核定。