根據工程建設實踐慣例，作為另一方當事人與施工企業簽訂工程建設合同有兩種情況，第一種為項目法人;第二種情況為成立項目法人的同時，也成立了工程建設指揮部，而以工程建設指揮部的名義與施工企業簽訂合同，給施工企業提起工程欠款訴訟時被告的選擇帶來了一定難度。下面分別予以討論。

一、項目法人與施工企業簽訂工程建設合同時訴訟主體的確定

根據原國家計劃委員會頒布的行政規章《關于實行建設項目法人責任制的暫行規定》的規定，國有單位經營性基本建設大中型項目在建設階段必須組建項目法人。實行項目法人責任制，由項目法人對項目的策劃、資金籌措、建設實施、生產經營、償還債和資產的保值、增值，實行全過程負責。按照該規定，該項目法人對該項目所形成的工程欠款債務承擔償還義務。

(一)項目法人正常營業情況下工程欠款訴訟被告的確定

在項目法人出資方(股東)出資到位的情況下，施工企業只應將項目法人作為被告。只有在有證據證明項目法人的出資方(股東)出資不到位的情況下，施工單位才可以將設立該項目法人的出資方(股東)列為共同被告，要求其在出資不到位的范圍內承擔民事責任。

(二)項目法人終止情況下工程欠款訴訟被告的確定

有些項目法人為逃避債務或其它原因長期歇業，或作出撤消決定，或故意不年檢等違法活動使項目法人被吊銷，此時訴訟主體如何確定也成為施工企業提起工程欠款訴訟時經常面對的難題。

1、項目法人歇業情況下被告的確定

按照《中華人民共和國企業法人登記管理條例》的規定，項目法人在領取《企業法人營業執照》后滿六個月尚未開展經營活動和領取《企業法人營業執照》后停止經營活動后滿一年，這兩種情況將視同歇業。在工程欠款訴訟實踐中，后一種情況即項目法人停止經營活動后滿一年而被視為歇業的情況較為常見，有的項目法人甚至長期處于歇業狀態，但未被注銷。此時，施工企業提起工程欠款訴訟被告的確定應遵循以下原則：

項目法人歇業后，如項目法人成立清算組負責清理債權債務的，施工企業提起工程欠款訴訟的，應列清算組為被告。

項目法人歇業后，被登記主管機關注銷登記但無清算組織負責清理債權債務的，施工企業提起工程欠款訴訟的，應列負有清算責任的清算主體為被告。

項目法人歇業后未注銷登記，也無清算組織負責清理項目法人債權債務的，施工企業提起工程欠款訴訟應以項目法人和清算主體作為共同被告。

2、項目法人撤消后被告的確定

項目法人撤消是項目法人主管部門決定項目法人主動退出市場的行為。根據最高人民法院《關于適用〈中華人民共和國民事訴訟法〉若干問題的意見》第51條規定，項目法人未經清算即被撤消，有清算組織，以該清算組織為當事人;沒有清算組織，以作出撤消項目法人決定的機構為當事人。

3、項目法人被吊銷企業法人營業執照后的被告確定

登記主管機關吊銷項目法人營業執照的行為屬于對項目法人的行政處罰行為，項目法人因企業法人營業執照被吊銷而終止，屬于被動退出市場的行為。被吊銷企業法人營業執照的項目法人有清算組的，施工企業提起工程欠款訴訟的，應列清算組為被告。沒有清算組的情況下，應列清算主體為被告。

綜合以上分析，可見項目法人因歇業、撤消、被吊銷營業執照而終止后沒有清理債權債務的，施工單位提起工程欠款訴訟應以清算主體為被告。但不同性質的項目法人終止后應如何確定清算主體成為問題的關鍵。

按照原國家計劃委員會頒發的行政規章《關于實行建設項目法人責任制的暫行規定》的規定，項目法人可按《公司法》的規定設立有限責任公司和股份有限公司。可見在工程建設實踐中項目法人主要是有限責任公司和股份有限公司兩種形式。

形式為有限責任公司的項目法人終止清算主體的確定。我國《公司法》第191條規定，有限責任公司的清算組由股東組成。根據該條的立法意圖，有限責任公司的全體股東都有在公司終止后清理債權債務的責任，全體股東都是清算主體。

形式為股份有限公司的項目法人終止清算主體的確定。我國《公司法》第191條規定，股份有限公司的清算組由股東大會確定其人選。根據立法精神和司法實踐，股東大會一般選定部分股東組成清算組或董事會作為清算組。對于逾期不成立清算組的，施工企業可以申請人民法院指定人員組成清算組，將該清算組作為被告進行訴訟。

二、工程建設指揮部的名義與施工企業簽訂工程建設合同時訴訟主體的確定

工程建設指揮部多數是項目法人為對在建項目實施管理而成立的臨時機構。但有些是以工程建設指揮部的名義與施工單位簽訂的工程建設合同。此時若發生工程欠款訴訟，訴訟主體的選擇主要取決于工程建設指揮部的法律地位。如果工程建設指揮部依法設立，并且具備獨立的法人資格，其實際法律地位與項目法人的法律地位相同，只是稱謂不同，或者工程建設指揮部是項目法人的子公司，此時的工程建設指揮部具有獨立訴訟主體資格，施工單位提起工程欠款訴訟時應以工程建設指揮部為被告。

如果工程建設指揮部是項目法人的分支機構，施工單位提起工程欠款訴訟時訴訟主體的確定則取決于該工程建設指揮部作為分支機構是否依法設立并領取營業執照。

若該工程建設指揮部依法設立并領取營業執照，則該工程建設指揮部屬于民事訴訟法第四十九條所規定的其他組織，根據民事訴訟法第四十九條的規定，公民、法人和其他組織可以作為民事訴訟的當事人，該工程建設指揮部具備訴訟主體資格，施工單位可以選擇該工程建設指揮部作為被告提起訴訟。在勝訴進入執行程序后，如果該工程建設指揮部沒有償債能力，施工單位可以在執行階段申請變更設立該工程建設指揮部的項目法人為被執行人，人民法院可以裁定執行項目法人的財產。

若該工程建設指揮部非依法設立或者雖依法設立但并沒有領取營業執照時，根據最高人民法院《關于適用〈中華人民共和國民事訴訟法〉若干問題的意見》第41條規定，法人非依法設立的分支機構，或者雖依法設立，但沒有領取營業執照的分支機構，以設立該分支機構的法人為當事人，此時該工程建設指揮部不具備訴訟主體資格，應以設立該工程建設指揮部的項目法人為被告。