承包商與流轉方的糾紛。之所以拿不到土地確權證，是因為自家的土地存在糾紛。政策規定，土地存在糾紛，無法界定土地該歸誰所有的情況，無法進行土地確權。比較常見的一種就是承包商與流轉方的糾紛，很多農民進城打工補貼家用，因為土地常年閑置就將其流轉，承包方因為種植和打理這塊土地多年，因此也覺得在這次土地確權工作中，自己理應獲得土地確權證。對于這種情況，政策規定，土地使用權依然歸流轉方所有，承包商不能對土地進行確權。

進城農戶返鄉要土地。隨著經濟的發展，很多農戶都進城居住了，自家的土地也就此被閑置多年。此次土地確權工作開展之后，很多進城居住的農戶再次返鄉，要將閑置多年的土地進行確權，但是卻遇到很多問題，因為政策規定，進城農戶，如果在此之前簽訂了退出宅基地的協議，那么農戶的身份也就此發生轉變，農村的土地就和自己毫無關系。

農戶交換土地后產生的確權糾紛。在農村，很多農戶之間都會交換土地，但是在確權的時候卻犯了難，因為不知道交換后的土地，能否順利確權。對于此種情況，政策規定，農戶自行交換土地不具備法律效力，農戶只能對自己的原始承包地進行確權。

的確，有證的話如果一些情況有補貼就有拿錢的保證啦，因為農村土地承包經營權證書是農村土地承包合同生效后，國家依法確認承包方享有土地承包經營權的法律憑證。擁有該證書的農民即使進程落戶依然能夠享受到農村土地的承包經營權，同時土地流轉、土地抵押貸款、以及拆遷補貼等情況，都要依據該證書登記的信息。

注意，除了土地確權中還要關注宅基地使用權證書和農村集體土地使用證。

宅基地使用權證書表明的是農村集體經濟組織的成員依法享有的在農民集體所有的土地上建造個人住宅的權利。宅基地使用權范圍一般包括居住生活用地、四旁綠化用地、其他生活服務設施用地，其具體特征包括主體只能是農村集體經濟組織的成員、用途僅限于村民建造個人住宅、“一戶一宅”制等。如果缺少這項證書宅基地流轉、宅基地拆遷補貼等等農民都享受不到!這也是農民宅基地相關權利的保障。

農村集體土地使用證，由土地所有者向土地所在地的縣級人民政府土地行政主管部門提出土地登記申請，由縣級人民政府登記造冊，核發集體土地所有權證書，確認所有權。該項證書是農村土地確權的基礎，農村的所有土地歸屬權都是集體所有，農民只有使用權，而這一證書正是賦予農民土地使用權的證明，待到集體經營性建設用地入市，農民這個證書就派上了用場。