行政訴訟舉證責任的確立直接源于《行政訴訟法》的明文規定。但法律并不是隨意加以制定的，這一條文的背后蘊含著深厚的法理基礎：

第一，被告負舉證責任是依法行政原則的應有內涵。依法行政原則是行政法的基本原則。依法行政原則要求行政機關行使行政職權必須依據法律、符合法律，不得與法律相抵觸。行政機關作出行政行為不僅要依據實體法，而且要依據程序法，即行政行為必須符合法定程序。行政行為符合法定程序的一個最基本規則是"先取證，后裁決"，即行政機關在作出裁決之前，應當充分收集證據，然根據事實、對照法律作出裁決，而不能在毫無證據的情況下，對公民、法人或者其他組織作出行政行為。因此，當行政機關作出的行政行為被訴至法院時，應當能夠有充分的證據證明其合法性。這是被告承擔行政訴訟舉證責任的基礎。

第二，作為被告的行政機關與原告相比具有舉證優勢。在行政程序中，行政機關處于主動地位，一般情況下，依其單方面意思表示即能引起行政法律關系的發生、變更或消滅;而公民、法人或者其他組織則處于被動地位。由于行政法律關系中雙方當事人地位的不同，原告無法或者很難收集到證據，即使收集到，也可能難以保全。在一些特定情況下，原告甚至幾乎沒有舉證能力。相對于原告而言，具備專業知識和技術條件的行政機關則具有更優越、更現實、更充分的舉證能力。拉丁法諺云："法律不強人所難".因此，從舉證難易方面來考慮，由被告負舉證責任是公允、合理的。

第三，由被告負舉證責任并不違背"誰主張、誰舉證"的一般原理，而恰恰是這一原理在行政訴訟領域的特殊體現。從形式上來看，原告似乎處于主張者的位置，它主張的是某一特定具體行政行為的違法性。但是，從事物的內在規定性來看，"違法性"是對"合法性"的否定。合法性屬于積極事實，違法性屬于消極事實。積極事實是肯定自身而否定外在的一切事實，范圍較小，容易記明;消極事實是否定自身而肯定外在的一切事實，范圍較大，難以證明。從公平原則和揭示案件事實真相的理想要求的角度出發，立法者通常規定，對于一物兩面的事實，由主張積極事實的當事人而不是由主張消極事實的當事人負擔舉證責任。把行政訴訟程序和先前的行政程序聯系起來看，提出積極事實，主張具體行政行為具有合法性的正是作出該行為的被告行政機關，被告行政機關當然應該提出證據負責證明其主張的成立。

第四，由被告負舉證責任，還有立法政策上的考量和行政導向方面的意義。如前所述，從法律設置舉證責任的目的來看，主要是為了解決當案件事實處于真偽不明狀態時，法院應當如何作出裁判的問題，即解決這種真偽不明狀態引起的不利訴訟結果的歸屬問題。在訴訟中，法院要依據相關的實體法來確認當事人主張的權利或法律關系是否存在，而這種確認又必須借助對一定案件事實存在與否的判斷來完成。但是，并非所有的事實都能夠查明，事實真偽不明是一種無法避免的客觀存在。當真實真偽不明時，訴訟不能就此無限期拖延下去，法院仍然需要適用法律對案件作出裁判。隨之而來的問題是，法院應當假定該不明事實存在，還是假定其不存在?這是作出裁判前必須作出的選擇。解決這一棘手問題的合理辦法是設置推定規則，即當基礎事實(已知事實)存在時，法律推定另一事實(未知事實)存在或者不存在。

事實上，法院的審判活動不僅僅是一種查明案件事實真相的認識活動，而且更是一種選擇和實現法律價值的過程。行政訴訟要解決的問題是具體行政行為是否合法，從行政訴訟的立法目的即保護公民、法人和其他組織的合法權益出發，擺在立法者面前的唯一合理的選擇是設置被訴具體行政行為違法推定原則：當行政機關的具體行政行為被訴至法院時，法律推定被訴具體行政行為是違法的，除非行政機關能夠提供充分的證據推翻推定事實(具體行政行為違法)的存在，即行政機關以證據證明所作出的具體行政行為是合法的。當行政機關不提供或不能提供證據證明具體行政行為合法而使該案事實處于真偽不明狀態時，法院只能判決行政機關承擔敗訴的后果。由被告承擔舉證責任所具有的行政導向方面的意義在于，有利于督促行政機關依法行政、促使其嚴格遵守"先取證，后裁決"的程序規則，以充分實現行政訴訟法的立法目的。