(一)法理依據(jù)

按照物權(quán)法的基本原理，除了無主財產(chǎn)之外，只要有物存在，就必然存在著物權(quán)。就違章建筑而言，在被拆除之前，已經(jīng)被原告甲實際控制著，因而原告甲享有著對該違章建筑的實際的控制、占有和支配的權(quán)利。對這種權(quán)利，由于是基于對建筑材料的合法占有而享有的，故法律應(yīng)當(dāng)是予以適當(dāng)?shù)谋Ｗo(hù)。從本案來看，法律不保護(hù)非法權(quán)利，是指法律不保護(hù)由于擅自建設(shè)行為而使建筑材料獲得的增值部分，并不是一概不予保護(hù)。對其中依法享有的《城市規(guī)劃法》第40條規(guī)定的合法權(quán)益，法律還是應(yīng)當(dāng)予以保護(hù)的。

(二)法律依據(jù)

處理違章建筑糾紛的直接法律依據(jù)，是《城市規(guī)劃法》第40條的規(guī)定：“在城市規(guī)劃區(qū)內(nèi)，未取得建設(shè)工程規(guī)劃許可證或者違反建設(shè)工程規(guī)劃許可證的規(guī)定進(jìn)行建設(shè)，嚴(yán)重影響城市規(guī)劃的，由縣級以上地方人民政府城市規(guī)劃行政主管部門責(zé)令停止建設(shè)、限期拆除或者沒收違法建筑物、構(gòu)筑物或者其他設(shè)施;影響城市規(guī)劃，尚可采取改正措施的，由縣級以上地方人民政府城市規(guī)劃行政主管部門責(zé)令限期改正，并處罰款。”從《城市規(guī)劃法》的上述規(guī)定，我們可以得出以下5點能夠作為處理此類糾紛依據(jù)的結(jié)論：

(1)縣級以上地方人民政府的城市規(guī)劃部門，是處理違章建筑的行政主管部門，擁有對違章建筑進(jìn)行處理的行政執(zhí)法權(quán)。

(2)對違章建筑的處理方式包括：停止建設(shè)、限期拆除、予以沒收和補辦手續(xù)、并處罰款。

(3)在具體適用時，應(yīng)當(dāng)根據(jù)不同情況，分別采取不同的方式：如果該建設(shè)工程處在正在建設(shè)過程之中，則應(yīng)當(dāng)根據(jù)《城市規(guī)劃法》第40條的規(guī)定，由城市規(guī)劃部門責(zé)令其停止建設(shè)。如果該建設(shè)工程已經(jīng)完工，且嚴(yán)重影響城市規(guī)劃，則應(yīng)當(dāng)根據(jù)《城市規(guī)劃法》第40條的規(guī)定，由城市規(guī)劃部門作出：限期拆除，或者予以沒收的處理。如果該建設(shè)工程已經(jīng)完工，雖然“影響城市規(guī)劃，尚可采取改正措施的，由縣級以上地方人民政府城市規(guī)劃行政主管部門”作出：補辦手續(xù)，并處罰款的處理。

(4)在上述法定的處理方式中，我們可以作以下理解：限期拆除，留給了違章建筑業(yè)主一定的處理能夠轉(zhuǎn)移物料的時間;補辦手續(xù)，則是對違章建筑的事后確認(rèn)，使之合法化。

(5)在違章建筑索賠糾紛中，對違章建筑的業(yè)主來說，既有不應(yīng)當(dāng)受到法律保護(hù)的權(quán)益，主要表現(xiàn)為由于擅自建設(shè)的違法行為而給行為人帶來的利益;又有應(yīng)當(dāng)受到法律保護(hù)的權(quán)益，依法享有的申請補辦手續(xù)、在限期內(nèi)進(jìn)行拆除的合法權(quán)益。對這兩種性質(zhì)不同的權(quán)益，應(yīng)當(dāng)區(qū)別對待，分別作出適當(dāng)處理。