非法行醫(yī)犯罪與醫(yī)療事故罪都屬于危害公共衛(wèi)生方面的犯罪，二者在客觀上都可能是因?yàn)樵趶氖箩t(yī)療衛(wèi)生工作，具體來講，是在診療過程中造成就診人死亡或嚴(yán)重?fù)p害就診人身體健康的后果。這是兩者相似之處。兩者的區(qū)別主要在于：

一是客觀方面表現(xiàn)不同。非法行醫(yī)犯罪在客觀方面表現(xiàn)為，違反國家有關(guān)醫(yī)療管理的法律、法規(guī)的規(guī)定，非法行醫(yī)，情節(jié)嚴(yán)重的行為。即是未取得醫(yī)師執(zhí)業(yè)資格的人，違反國家規(guī)定非法為他人診療疾病而造成了刑法規(guī)定的嚴(yán)重后果。如剛從醫(yī)學(xué)院校出來，未取得經(jīng)國家執(zhí)業(yè)醫(yī)師考試資格的學(xué)生、未經(jīng)國家許可行醫(yī)的鄉(xiāng)村醫(yī)生行醫(yī)造成了病人死亡。醫(yī)療事故罪在客觀方面表現(xiàn)為，醫(yī)務(wù)人員在合法的診療護(hù)理過程中，違反規(guī)章制度，嚴(yán)重不負(fù)責(zé)任，造成就診人死亡或者嚴(yán)重?fù)p害就診人身體健康的行為。即是已取得執(zhí)業(yè)醫(yī)師資格的行為人，在合符相關(guān)規(guī)定的范圍內(nèi)從事醫(yī)療衛(wèi)生工作中，因違反規(guī)章制度、工作嚴(yán)重不負(fù)責(zé)任而造成就診人員刑法所規(guī)定的嚴(yán)重后果的行為。如某公立醫(yī)院的護(hù)士在未作皮試的情況下為病人注射青霉素針劑而造成病人死亡和行為。

二是犯罪主體不同。前者的主體是不具有醫(yī)生執(zhí)業(yè)資格的人，即是既未取得國家執(zhí)業(yè)醫(yī)資格同時(shí)又未經(jīng)國家衛(wèi)生行政主管部門許可而行醫(yī)的人。后者的主體是已經(jīng)取得醫(yī)生執(zhí)業(yè)資格的醫(yī)務(wù)人員。是既取得國家執(zhí)業(yè)醫(yī)師資格又取得國家衛(wèi)生行政主管部門許可的合法行醫(yī)的醫(yī)務(wù)人員。

三是主觀方面表現(xiàn)不同。前者對(duì)行為人造成就診人死亡或嚴(yán)重?fù)p害就診人身體健康后果，所持的心理態(tài)度既可以是過失，也可以是間接故意。但是，對(duì)于違反醫(yī)療管理制度的行為，是直接故意。后者對(duì)造成嚴(yán)重不良后果所持的心理態(tài)度只能是過失。