筆者認為，以是否直接涉及相對人權利為標準區分“外部程序”和“內部程序”固然有其合理性，但將不直接涉及相對人權利的程序步驟都歸入由行政機關自行控制的范疇則有失偏頗。

行政處罰一般程序區別于簡易程序的特點在于：一、調查程序與決定程序相分離。在簡易程序中，當場認定違法事實，并當場作出處罰，調查程序和決定程序合為一體;在一般程序中，由于案件事實較為復雜，不能當場認定違法事實，并在調查中經常需要采取直接發動公權力的強制措施，因而，一般程序中的“調查”被塑造成為一個與“決定”相分離的獨立程序，在“調查終結”之后再進入決定程序。二、調查權限與決定權限相分離。在簡易程序中，調查權限和決定權限都在于現場的執法人員;而在一般程序中，現場執法人員僅有調查權限，作出行政決定的權限則在于機關首長。

無論在簡易程序還是一般程序中，相對人的程序權利都是相同的。行政處罰法之所以作出“簡易程序”和“一般程序”的分化，并在一般程序中規定“調查”和“決定”的程序分立及職能分離，是考慮到與處罰對相對人權益的侵害程度相適應，采用程序分立和職能分離的程序設計更有利于對相對人權益的保護。易言之，一般程序中“調查”與“決定”在程序和職能上的分離，究其本質仍是一種通過機關內部的功能分化和相互制約，促進行政行為更為審慎和公正的程序保障機制。因此，這種程序和職能的分離是否得到實現，也應當屬于法院司法審查的范圍，疏于遵循法律相關規定的，仍應被認定為程序違法。

由于行政處罰法對一般程序的規定較為原則，在實踐中，一般程序的具體程序步驟往往規定在行業主管部門規章或地方政府規章之中。嚴格而言，在法律規定的限度之內，規章對行政程序的細化規定對受其約束的行政機關具有與法律同等的效力，違反規章對內部程序的規定同樣屬于違反法定程序。如暫不對內部程序作嚴格審查，將規章對內部程序的規定留給行政機關自身掌控，則對內部程序的司法審查應達到行政處罰法第三十六條和第三十八條的底線要求，即審查行政機關是否履行了立案程序以及在作出處罰時是否實行了最低限度的程序分立和職能分離。由于第三十八條規定“調查終結，行政機關負責人應當對調查結果進行審查，根據不同情況，分別作出如下決定”，因而，行政卷宗中是否具有表明案件調查終結及調查結果的文書，是否具有機關首長對行政決定的審批文書，應當成為司法審查的內容，上述文書的缺失應被視為“違反法定程序”。