在本案中，雙方當事人爭議的焦點問題在于，房屋租賃合同的標的物系違章建筑，那么房屋出租人與房屋承租人之間簽訂的房屋租賃合同是否有效?該房屋租賃協議無效后，應當如何處理?

所謂房屋租賃合同，是以房屋為租賃物的租賃合同，指的是出租人和承租人之間關于出租人將房屋交付承租人使用，承租人交付租金并于租賃合同終止時將租賃的房屋返還給出租人的協議。根據我國《城市房地產管理法》第52條規定：“房屋租賃，是指房屋所有權人作為出租人將其房屋出租給承租人使用，由承租人向出租人支付租金的行為。”建設部根據上述的規定，亦在1995年頒布的《城市房屋租賃管理辦法》第3條第2款規定：“承租人經出租人同意，可以依照本辦法將承租房屋轉租。”因此，按照上述法律和規章的規定，在我國，房屋租賃只應該在兩種情況下發生，第一種情況是房屋所有權人將房屋出租;第二種情況是在第一種情況的基礎上，房屋的承租人經出租人同意，再將房屋轉租給第三人。可見，如果既不是房屋的所有權人，同時也不是合法有效的房屋租賃合同的承租人，如果出租房屋，根據《中華人民共和國民法通則》第58條第5項“違反法律或者社會公共利益的”民事行為無效的規定，這樣的房屋租賃合同是無效的合同。但是，這種情況在《中華人民共和國合同法》施行后發生了變化。該《合同法》第51條規定：“無處分權的人處分他人財產，經權利人追認或者無處分權的人訂立合同后取得處分權的，該合同有效。”按照該條規定，非房屋的所有權人將房屋出租，租賃合同屬于效力未定的合同。如果在合同訂立后，房屋的所有權人沒有追認，出賣人也沒有取得房屋的所有權，則租賃合同無效;如果在合同訂立后，房屋的所有權人加以追認或者出賣人取得房屋的所有權，則租賃合同有效。

關于租賃房屋屬于違章建筑的問題，根據建設部《城市房屋租賃管理辦法》第6條規定：“有下列情形之一的房屋不得出租：……(五)屬于違章建筑的;……”我國《民法通則》第58條規定：“下列民事行為無效：……(五)違反法律或者社會公共利益的。”《合同法》第52條規定：“有下列情形之一的，合同無效：……(五)違反法律、行政法規的強制性規定。”《最高人民法院關于適用<中華人民共和國合同法>若干問題的解釋(一)》第4條規定：“合同法實施以后，人民法院確認合同無效，應當以全國人大及其常委會制定的法律和國務院制定的行政法規為依據，不得以地方性法規、行政規章為依據。”根據上述的規定可知，《城市房屋租賃管理辦法》系建設部1995年5月9日頒布并于1995年6月1日開始實施，其性質屬于行政規章，而上述合同法的司法解釋第4條卻規定，人民法院確認合同無效，應當以法律和行政法規為依據，不得以地方性法規、行政規章為依據。那么，是否由于建設部的《城市房屋租賃管理辦法》屬于行政規章，在《中華人民共和國合同法》實施后，已經不能以該規章為依據，認定出租違章建筑房屋簽訂的合同無效?答案是否定的，因為出租房屋屬于違章建筑，建房人在建房時沒有履行相關的建房手續，他就不能合法取得房屋的所有權，這和出租人出租屬于他人的房屋是有本質上的區別。根據《中華人民共和國合同法》第58條的規定和《中華人民共和國城市房地產管理法》第52條的規定，同樣地可以認定出租違章建筑房屋所簽訂的房屋租賃合同當然是無效的合同。