對確認無效判決有了恰當的定位之后，就很有必要探討一下它應該如何適用。一個可行的處理方式才能體現出確認無效判決的價值所在，并且彌補現階段無效行政行為理論的不足。

筆者十分贊同這樣的主張：在行政訴訟審判階段，當行政行為的“無效”與“可撤銷”之分沒有成為一個必須解決的問題被提出時，法院可以甚至應當將其視為可撤銷的行政行為處理.這樣的處理結果同樣可以達到確認無效判決所要達到的目的，而且如此處理，還大大減輕了法官區分“無效”與“可撤銷”的負擔以及區分錯誤的風險。況且，在無效行政行為理論制度化基本空白的境地下，這樣處理具有現實意義。

那么，余下的問題就是，在怎樣的情況下“無效”與“可撤銷”之分，才會成為一個必須解決的問題。

首先，我們有必要確立確認無效判決獨特的訴訟時效制度，即相對人請求法院作出確認無效判決時，不受現階段的訴訟時效制度的限制.作為替補性判決的確認無效判決理應在訴訟程序上與撤銷判決有所區分，否則其完全可能被撤銷判決所吸收。正如一些學者所言：“無效行政行為非他，乃一類特殊的違法行為而已，若沒有訴訟程序上的差別，確認無效判決完全可以為撤銷判決或確認法判決所吸收，而無需其獨立存在的形式.所以，當相對人在常規的起訴期限之外起訴時，確認無效判決就作為一種開拓救濟手段而具有存在的意義，更有利于監督行政機關以及維護相對人的合法權益。簡言之，相對人在常規的訴訟時效之外起訴的，確認無效判決成為一種必要。

其次，如果相對人在常規的起訴期限之內起訴，而又明確提出請求法院作出確認無效判決時，確認無效判決也成為一種必要(法院審查后，認定被訴具體行政行為確屬無效時)。這也是由“判與訴是相對應的，判決是對訴訟請求的回應”的理論使然。

然而，與此同時，又產生了一個不容回避的問題。當相對人請求法院作出確認無效判決時，由誰來舉證證明被訴行政行為無效呢?根據我國《行政訴訟法》及《解釋》的相關規定，行政訴訟中被告對具體行政行為的合法性承擔舉證責任。但是，當被告不提供證據或提供的證據無法充分證明具體行政行為合法時，我們僅可以判斷具體行政行為違反了法律的相關規定，卻無法據此判斷具體行政行為屬于無效。因為，如前文所述，何為無效行政行為采取的是“重大且明顯”說，無效行政行為在行政法學上的特殊內涵是比一般違法行政行為程度更加嚴重且明顯的行政行為。其外延無法包括于一般違法行政行為之中.換句話說，我們尚不能通過被告的舉證來推定具體行政行為無效。那么，證明具體行政行為無效的責任自然就落在相對人身上。諸多學者對無效行政行為舉證責任的分配問題都作出了充分的論證，結果表明相對人承擔具體行政行為無效的舉證責任，具有可行性和必要性,對此，筆者亦表示贊同。