在處理主合同與保證合同在訴訟時效的關系問題上，應當以主從關系為原則，以各自獨立為補充：

一、訟時效的中斷問題。主債務訴訟時效中斷是否導致保證債務訴訟時效中斷，區分一般保證和連帶保證的后果是不同的。在一般保證的情況下，由于擔保法第17條規定債權人必須首先向債務人提起訴訟或者申請仲裁，而不能單獨起訴保證人，債權人一旦通過上述方式主張權利，根據民法通則規定，主合同的訴訟時效中斷。此時，根據擔保法25的規定，保證期間的作用已經消滅，訴訟時效制度開始起作用。如果此時保證債務的訴訟時效不中斷，經過長時間的訴訟或者仲裁后，債權人對保證人的訴訟時效很可能超過，對債權人未免不公平。因此，主債務訴訟時效中斷，保證債務的訴訟時效亦應中斷。而在連帶保證責任時，情況則有所不同。根據擔保法第18條的規定，在主合同履行期屆滿后，債權人可以要求債務人履行，也可以直接要求保證人履行。此時，與一般保證責任相比，連帶保證責任具有很大的獨立性，債權人可以直接向保證人主張權利。一旦債權人向保證人主張權利，則產生兩方面的效力，一是保證期間歸于消滅;二是訴訟時效開始發揮作用，并開始計算訴訟時效。因此，主債務的訴訟時效中斷，并不必然導致保證債務訴訟時效的中斷。

二、訴訟時效的中止問題。根據民法通則的規定，訴訟時效的中斷原因，往往是由于當事人的行為，即由于當事人的行為(如債務人起訴、提出要求、或者債務人同意履行義務)而產生。因而，對于訴訟時效的中斷問題，應當根據債權人是否有可能行使權利，其是否真正行使權利而有所不同。而訴訟中止，則是因非當事人所能控制的客觀原因而產生，如因不可抗力或者其他障礙不能行使請求權。因此，無論對于主債務還是保證債務均應一律對待，主債務訴訟時效中止，保證債務的訴訟時效也應同時中止。

綜上，為了正確把握保證合同的訴訟時效，作為債權人和人民法院在實踐中應注意以下幾點：1、注意保證期間，保證期間與訴訟時效雖然均是要求債權人行使自己權利的期間，但保證期間通常短于訴訟時效，如果債權人在保證期間內沒有行使自己的權利，則會喪失勝訴權。2、注意保證合同的訴訟時效，債權人為了達到使保證人切實履行保證義務的目的還必須在訴訟時效內起訴保證人。此時應注意保證期間的結束點，即訴訟時效的起算點。就一般保證來說，其訴訟時效的起算點為債權人向債務人提起訴訟或者申請仲裁之日;就連帶保證來說，其訴訟時效的起算點為債權人向保證人提出履行保證責任之日。3、注意主合同訴訟時效對保證合同訴訟時效的影響，在保證合同訴訟時效的起算點確定之后，決定保證人是否承擔責任的關鍵在于保證合同的訴訟時效是否因主合同的訴訟時效的中止、中斷而發生變化。