《工作指引》規(guī)定，2007年底前國(guó)家高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)(包括北京市新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗(yàn)區(qū))內(nèi)、外已按原認(rèn)定辦法認(rèn)定的仍在有效期內(nèi)的高新技術(shù)企業(yè)資格依然有效，但在按《認(rèn)定辦法》和《工作指引》重新認(rèn)定合格后方可依照《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施條例等有關(guān)規(guī)定享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。企業(yè)亦可在資格到期后申請(qǐng)重新認(rèn)定，但在重新認(rèn)定期間只能執(zhí)行25%稅率。

根據(jù)《國(guó)務(wù)院關(guān)于實(shí)施企業(yè)所得稅過(guò)渡優(yōu)惠政策的通知》(國(guó)發(fā)〔2007〕39號(hào))規(guī)定，2008年1月1日起，2007年3月16日以前經(jīng)工商等登記管理機(jī)關(guān)登記設(shè)立的企業(yè)，原享受企業(yè)所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優(yōu)惠的企業(yè)，可以享受過(guò)渡優(yōu)惠政策，即繼續(xù)按原稅收法律、行政法規(guī)及相關(guān)文件規(guī)定的優(yōu)惠辦法及年限享受至期滿為止，但因未獲利而尚未享受稅收優(yōu)惠的，其優(yōu)惠期限從2008年度起計(jì)算。

例如，2006年設(shè)立在北京新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗(yàn)區(qū)的某企業(yè)，如果其在2007年底前已經(jīng)取得高新技術(shù)企業(yè)資格，并且該資格在過(guò)渡期內(nèi)始終有效。企業(yè)在過(guò)渡期內(nèi)是否需要重新認(rèn)定方可繼續(xù)享受過(guò)渡優(yōu)惠，目前有兩種觀點(diǎn)：

一種觀點(diǎn)認(rèn)為，該企業(yè)的高新資格在過(guò)渡期內(nèi)有效，國(guó)發(fā)〔2007〕39號(hào)文件規(guī)定，該企業(yè)可享受稅收優(yōu)惠至過(guò)渡期滿，不需要重新認(rèn)定。如果企業(yè)在原新技術(shù)企業(yè)資格期滿之后未能重新獲得高新資格認(rèn)定，那么即使在過(guò)渡期內(nèi)，該企業(yè)也應(yīng)適用25%的企業(yè)所得稅稅率。

另一種觀點(diǎn)認(rèn)為，即使企業(yè)在過(guò)渡期內(nèi)仍處于39號(hào)文件所說(shuō)的減免稅期及同時(shí)也在原有高新企業(yè)資格有效期內(nèi)，也應(yīng)及時(shí)辦理重新認(rèn)定后方能繼續(xù)享受39號(hào)文件中所說(shuō)的減免稅優(yōu)惠政策。

筆者更傾向于第二觀點(diǎn)。企業(yè)過(guò)渡期內(nèi)的各項(xiàng)指標(biāo)符合《認(rèn)定辦法》規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)是企業(yè)繼續(xù)享受過(guò)渡期優(yōu)惠政策的前提，《工作指引》的前言中也強(qiáng)調(diào)，“2007年底前國(guó)家高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)、外已按原認(rèn)定辦法認(rèn)定的仍在有效期內(nèi)的高新技術(shù)企業(yè)資格依然有效，但在按《認(rèn)定辦法》和《工作指引》重新認(rèn)定合格后方可依照《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施條例等有關(guān)規(guī)定享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。”企業(yè)如何正確理解和操作，還需等待總局相關(guān)文件明確。

另外，國(guó)發(fā)〔2007〕40號(hào)規(guī)定，2008年1月1日(含)之后完成登記注冊(cè)在深圳、珠海、汕頭、廈門和海南經(jīng)濟(jì)特區(qū)上海浦東新區(qū)內(nèi)在的國(guó)家需要重點(diǎn)扶持的高新技術(shù)企業(yè)，在經(jīng)濟(jì)特區(qū)和上海浦東新區(qū)內(nèi)取得的所得，自取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)收入所屬納稅年度起，可享受“兩免三減半”(25%的減半)的優(yōu)惠稅率的優(yōu)惠政策。

目前的問(wèn)題是，由于〈辦法〉規(guī)定高新技術(shù)企業(yè)為在中國(guó)境內(nèi)(不包括港、澳、臺(tái)地區(qū))注冊(cè)1年以上的居民企業(yè)，因此，如果企業(yè)在2008年取得第一筆收入，由于其成立未滿1年，2008年無(wú)法認(rèn)定為高新企業(yè)，若2009年被認(rèn)定為高新企業(yè)，但企業(yè)也只能在2009年享受最后一年的免稅政策。

根據(jù)國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局在2006年統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)顯示，我國(guó)99%的企業(yè)沒(méi)有申請(qǐng)知識(shí)產(chǎn)權(quán)，申請(qǐng)了知識(shí)產(chǎn)權(quán)的企業(yè)只有0.17%有發(fā)明專利。因此，中國(guó)目前很多企業(yè)并不擁有核心自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)。辦法規(guī)定，企業(yè)與他人簽訂5年以上的在全球范圍內(nèi)獨(dú)占該項(xiàng)許可權(quán)利的方式取得知識(shí)產(chǎn)權(quán)的獨(dú)占許可，可以達(dá)到認(rèn)定需要的條件。值得注意的是，由于代表企業(yè)核心競(jìng)爭(zhēng)力的核心技術(shù)和發(fā)明專利幾乎被國(guó)外企業(yè)壟斷，申請(qǐng)者要取得全球范圍內(nèi)的獨(dú)占許可權(quán)當(dāng)前具有一定的困難，一些此前打擦邊球的企業(yè)將失去高新技術(shù)企業(yè)的資格。

需要注意的是，企業(yè)擁有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)，是以取得版權(quán)或者著作權(quán)證書為準(zhǔn)。而且“近3年”是指申報(bào)當(dāng)年以前的連續(xù)3年(不含申報(bào)當(dāng)年)用于的知識(shí)產(chǎn)權(quán)，即2008年申請(qǐng)的企業(yè)知識(shí)產(chǎn)權(quán)必須是2007年，2006年，2005年取得的，2008年取得的證書不計(jì)算在內(nèi)，而只能等到2009年申請(qǐng)時(shí)計(jì)入。

《認(rèn)定辦法》和《工作指引》對(duì)符合條件的研究開發(fā)費(fèi)用范圍進(jìn)行了界定與列舉。企業(yè)應(yīng)按照財(cái)企〔2007〕194號(hào)《關(guān)于企業(yè)加強(qiáng)研發(fā)費(fèi)用財(cái)務(wù)管理的若干意見》規(guī)定進(jìn)行研發(fā)費(fèi)用的歸集，同時(shí)按照辦法及指引中所確定的研發(fā)費(fèi)用的硬性指標(biāo)，做好研發(fā)費(fèi)用的預(yù)算和規(guī)劃。具體應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注下面四個(gè)指標(biāo)：

1.近三個(gè)會(huì)計(jì)年度的研究開發(fā)費(fèi)用總額占銷售收入總額的比例符合如下要求：

A.最近一年銷售收入小于5000萬(wàn)元的企業(yè)，比例不低于6%;

B.最近一年銷售收入在5000萬(wàn)元~20000萬(wàn)元的企業(yè)，比例不低于4%;

C.最近一年銷售收入在20000萬(wàn)元以上的企業(yè)，比例不低于3%。

2.企業(yè)在中國(guó)境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用總額占全部研究開發(fā)費(fèi)用總額的比例不低于60%。

3.只認(rèn)定企業(yè)委托外部研究開發(fā)費(fèi)用的80%。委托外部研發(fā)費(fèi)用包括委托境內(nèi)機(jī)構(gòu)和境外機(jī)構(gòu)的發(fā)生的費(fèi)用。企業(yè)應(yīng)注意，只認(rèn)定其發(fā)生額的80%，同時(shí)此項(xiàng)目成果必須為企業(yè)所擁有，且與企業(yè)的主要經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)緊密相關(guān)(可以通過(guò)委托方與受托方簽訂的協(xié)議以及企業(yè)高新技術(shù)產(chǎn)品或技術(shù)服務(wù)來(lái)判定)。

4.企業(yè)在研發(fā)活動(dòng)中發(fā)生的其他費(fèi)用，如辦公費(fèi)、差旅費(fèi)、通信費(fèi)、專利申請(qǐng)維護(hù)費(fèi)、高新科技研發(fā)保險(xiǎn)費(fèi)等，實(shí)際上也就是研發(fā)過(guò)程中發(fā)生的間接費(fèi)用。一般不得超過(guò)研究開發(fā)總費(fèi)用的10%。

根據(jù)上述規(guī)定，企業(yè)有必要建立一個(gè)完善的會(huì)計(jì)核算體系或者改進(jìn)現(xiàn)有的會(huì)計(jì)核算系統(tǒng)，以便能夠準(zhǔn)確記錄并按項(xiàng)目、類型對(duì)研發(fā)費(fèi)用進(jìn)行歸集，以符合辦法和《工作指引》的要求。另外，今后研發(fā)費(fèi)的歸集最好單獨(dú)設(shè)立科目，便于將來(lái)審計(jì)。