(一)舉證責任倒置1992年的《適用意見》規定了在因環境污染引起的損害賠償訴訟中，實行舉證責任倒置由被告承擔一定的舉證責任，這固然減輕了原告的舉證責任和法院的工作負擔及費用，但是還沒有從根本上解決問題。2001年的《證據規定》是對舉證責任倒置有關規定的突破，也是對在環境侵權訴訟中實行舉證責任倒置的相關問題作了具體規定。在《證據規定》的第四條規定，因環境污染引起的損害賠償訴訟，由加害人就法律規定的免責事由及其行為與損害結果之間不存在因果關系承擔舉證責任。可見，在環境侵權訴訟過程中加害人要從兩方面加以舉證才能免責。一方面是法律規定的免責事由。這一方面是由法律所明文規定的，其免責事由有三方面的內容：一是不可抗力因素，指不能預見、不能避免并不能克服的客觀情況，如戰爭行為、自然災害等。但這一因素要成為免責事由必須有一個前提條件，即損害必須完全是不可抗力因素所致，并且該損害必須是經及時采取了合理措施仍不能避免;二是第三人的過錯責任，包括第三人的故意或過失行為所導致的環境污染損害。但損害是由第三人無過錯引起的，加害人仍然應承擔賠償責任;三是環境污染損害是由受害人自身責任引起的。另一方面是加害人要對其污染行為與損害結果之間不存在因果關系加以舉證。我國在1989年修改頒布的《環境保護法》第41條第1款中規定，造成環境污染危害的，有責任排除危害，并對直接受到損害的單位或者個人賠償損失。在這一規定中，沒有要求加害人需要有過錯與違法行為的存在為前提，即加害人對環境造成的污染損害承擔無過錯賠償責任。無過錯責任是特殊侵權行為的歸責形式。無過錯責任與過錯責任原則在構成上的其中一個不同點就在于加害行為與損害結果之間的因果關系的證明責任。在環境侵權訴訟中，由受害人認定事實因果關系是相當困難的，因此在立法上規定因果關系的舉證責任轉移到了加害人一方。在因果關系的證明責任方面我國采取的是“事實推定說”的理論。如果受害人能夠科學地證明損害事實與污染行為之間有聯系，而加害人不能拿出有力的證據證明這種因果關系不存在，那么就推定有因果關系的存在。在我國的環境民事審判實踐中，實際上采用的是因果關系推定的原則，以利于受害人參加訴訟并保護其合法權益，避免過分強調直接的因果關系而導致不可知論。

(二)司法鑒定的作用司法鑒定是指司法機關為了查明案情，運用科學技術或其他專門知識，對案件中的有關事物所作的鑒定與判斷。由于環境污染的污染程度、損害程度等問題，都需要有科學的權威依據，而鑒定結論是由具有專業知識的專家運用先進的科學技術手段，對某些專門性問題進行分析，并做出的結論性意見，具有很強的權威性和可信性，其證明力極高，鑒定結論在環境侵權訴訟中發揮著重大的作用，是審理該類案件所不可缺少的證明手段。另外，在環境污染侵權訴訟中，除了污染程度的鑒定外，還有醫學鑒定，以確定受害人的身體狀況及與加害行為之間的因果關系。由此可見，鑒定結論的廣泛使用，是環境污染侵權訴訟中證明活動的又一特點。如前所述，侵權損害的損失范圍和因果關系都難以確定，通常需要進行科學鑒定。為防止多頭鑒定，結論不一，實務中，可由原、被告合意選擇一家鑒定機構進行鑒定，在委托書中明確要求鑒定機構區分損失與因果關系鑒定的各自費用，分別由原、被告繳納。由于環境侵權損害賠償具有長期性和連續性，造成二次損害的，應重新鑒定確定損失和因果關系，因環境侵權不宜繼續居住，受害人要求另行擇址建房的，可判決由侵權人一次性賠償，徹底解決糾紛。對生產、生活造成損害的，盡量調解由雙方當事人達成協議，明確年度賠償標準、時間、方式，避免年年起訴，產生訟累，浪費司法資源。