(一)農業植物新品種申請保護的品種構成不合理農業植物新品種保護的申請及授權數量少，品種構成也不合理。從申請數量上看，盡管每年申請的數量都在不斷增加，但與發達國家相比仍有較大的差距。從構成上來看，品種分布很不均勻，申請植物新品種權的農作物主要是玉米、水稻、小麥等大田作物，占到了申請總量的90%以上，其他農產品申請數量較少，甚至是空白。以遼寧省為例，近幾年來遼寧省每年取得的育種科技成果高達500多項，而其中申請植物新品種保護的還不足15%，已申請品種保護的也主要以玉米、水稻為主，大豆、蔬菜、果樹品種很少。

(二)植物新品種產權意識薄弱

我國是實行知識產權制度較晚的國家，植物新品種保護制度作為一項新的知識產權制度在我國也才剛剛實施四年多的時間，這使得廣大科研單位和科研人員對植物新品種保護的重要作用沒有充分的認識，知識產權意識薄弱，對植物新品種保護的戰略意義缺乏足夠的了解和認識，品種權申請數量少。全國有400多個育種研究所，7500多個農作物種子企業，而四年多來向國內申請的品種權僅有千件左右，平均8個單位一件，向外國申請的更是寥寥無幾。據初步統計，植物新品種保護制度實施四年多來，經省級以上品種審定委員會審定通過的主要農作物新品種約5000個，而提出農業植物新品種權申請的新品種數量不足1000件。

(三)維權困難，地方保護主義嚴重

農作物種植和種子生產經營活動的季節性很強，對侵權案件的取證本身就十分困難，一些地方政府為保護本地利益，直接或間接插手種子行業，違規設置障礙排斥外來企業和優良品種，甚至袒護本地違規侵權單位，阻撓執法部門查處。

同時，維權訴訟程序復雜，品種侵權案件要有指定的的省級以上法院審理，路途遠，成本高，育種專家沒有時間和精力。而且植物新品種的保護規定中沒有規定有關品種保護的法定賠償金額，使司法部門在執法時遇到較大的困難，尤其是碰到既難確定侵權人的非法獲利又難確認被侵權人的實際損失的情況下，不同地區的法院在處理基本相同的植物新品種保護的侵權糾紛時，判決的賠償額可能有著驚人的差異。

(四)審查速度較慢，不適應植物新品種保護發展的需要

目前，新品種保護組織管理體制還沒有完全理順，品種權初審、實審、復審、無效等程序尚未有效建立和順利運轉，再加上由于資金短缺而造成的品種權審查測試技術支撐體系建設滯后，人員數量和質量不能滿足發展的需要，便利審查速度難以加快，不利于品種權申請人合法權益及時得到有效的保護，反過來影響育種者和育種單位對植物新品種保護申請的積極性。(五)植物新品種保護的覆蓋面應當進一步擴大

通過自主創新取得與掌握品種權是保護國家種質資源的重要的方式。我國是八大作物起源中心之一，生物遺傳資源非常豐富，隨著我國農業經濟對外開放及農產品國際貿易的日益擴大，外國企業到我國申請品種權將后迅速增加，特別是一些種業跨國公司，依靠其先進技術優勢，不但將其某個具有現實及潛在經濟價值的植物新品種在該國申請品種權，還將某些發展中國家的優良品種在這些國家申請并取得屬于他們自己的品種權。因此，必須擴大植物新品種保護的覆蓋面，使我國的植種質資源通過品種保護“留住”，而不是“流失”。

(六)對品種權作為國際農產品貿易壁壘的作用及其發展動向研究不足

植物新品種保護制度還影響了國際農產品貿易的格局，許多國家尤其是發達國家出于保障國家經濟戰略安全以及保護農產品競爭優勢的考慮，紛紛采用植物品種保護制度保障自身的優質品種壟斷，并在全球范圍內申請保護，以此來控制國外農產品的進口，使得品種權成為新的國際農產品貿易壁壘。可以說，在日趨激烈的國際農產品貿易戰的背后是“種子戰”和“品種戰”。在新的貿易關系下，面對中國巨大的市場，國外在中國的植物品種權申請必將日益增多，因此，我國應當重視品種權作為國際農產品貿易壁壘的重要作用，積極采取措施，最大限度的保護我國品種權人、企業與農民的利益。

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