(一)侵犯商業秘密行為的證據認定問題

⑴公訴機關指控被告人侵犯商業秘密的舉證難。

這種舉證難主要表現在兩個方面：一方面表現為權利人的不配合。往往權利人對其擁有的商業秘密不愿提供作為證據，更不愿將技術信息送關相關部門進行鑒定，這就造成行為人侵犯商業秘密證據上存在問題。

⑵對行為人泄露的信息是否屬商業秘密的鑒定問題。

如果具備鑒定的條件的話，有關技術信息應當委托專業權威部門進行鑒定。因為在審查行為人泄露的技術信息是否屬商業秘密時，往往會涉及很復雜的技術問題，法官對這類專業技術又知之甚少，如何來認定該專業技術屬商業秘密。在這種情況下，專業權威的鑒定就顯得尤為重要。因為專業人員對專業技術的國內外最新情況比較了解，其通過對資料檢索并進行對比分析后得出的結論，具有一定的科學性和客觀性。法官是中立裁判者，據以定案的鑒定結論必須進行當庭質證并聽取雙方意見后，結合其他證據進行全面審查判斷后決定是否采信。

(二)關于損失的計算問題

中國刑法規定“給商業秘密的權利人造成重大損失”才構成犯罪，如何認定“重大損失”、什么是“重大損失”便成為區分罪與非罪的關鍵。“造成重大損失”是構成侵犯商業秘密罪必備要件。在刑事訴訟中，重大損失一般是指被害人由于犯罪人的犯罪行為而遭受的物質損失，就侵犯商業秘密而言，刑法未對“重大損失”的含義明確界定和說明。在司法實踐中，商業秘密的“重大損失”的計算大致有以下幾種：

⑴以商業秘密權利人因侵權行為遭受的損失作為定罪量刑的依據。

商業秘密一旦被泄露，權利人的損失往往是無法彌補的。在刑事審判中普遍認為這種損失應當指實際損失，而實際損失既包括直接損失和權利人必然失去的現實利益。而且侵犯商業秘密給權利人造成的損失不能僅僅以數額為標準，應當在重點考慮研制開發成本、利用周期、成熟程度、市場前景等直接因素的基礎上，綜合考慮各種相關因素，如競爭優勢地位的喪失、商業信譽的下降等

⑵以侵權人因侵權行為獲得的利益作為損失。

這種損失的計算以侵權人未再向他人泄露為前提。對于將商業秘密出賣給他人的，以其出賣收入加上買受人使用后的獲利額為損失額;使用商業秘密進行生產經營活動的，以其獲得的利潤為損失額。在計算侵權人所獲得的利潤時，不能簡單地以銷售額為獲利額，也不能以已生產的產品總價款乘以平均利潤率為獲利額。一般情況下，以銷售額乘以平均利潤率為獲利額較為妥當。

⑶以不低于商業秘密使用許可的合理使用費作為損失。

這是一種以正常許可使用的費用推定損失額的計算法，但并不意味著侵權人就此取得了該商業秘密的合法使用權。同時值得一提的是，這也不是簡單地將商業秘密的自身價值等同于損失。商業秘密是無形財產，其與有形財產有重大區別。侵權人使用商業秘密的同時，并沒有排斥合法權利人的使用。況且，大多數情況下，侵權人實施盜竊等不法行為取得商業秘密后，不久就被發現、制止，給被害人造成的損失遠遠小于商業秘密自身的價值。