1、制度價值上的不同

雖然訴訟時效期間與除斥期間都有督促權利人積極行使權利的作用，但由于形成權和請求權本身的區別，他們在價值取向仍有不同。法律之所以設定除斥期間，其意義在于促使權利人及時糾正自己意思表示中的瑕疵，同時促使當事人及時輔助效力待定的民事行為。通過適用除斥期間的規定，消滅的是形成權這一權利本身，權利的不穩定狀態消除后，不會形成新的秩序，而是是原有的秩序得以繼續存在。而訴訟時效是消滅怠于行使的公力救濟權，請求權這一權力本身并沒有消滅，消除權利的不穩定狀態后，會形成新的秩序。所以，訴訟時效是對新秩序的保護。

2、適用范圍不同

即客體，對象不同。訴訟時效主要適用于債的請求權;除斥期間主要適用于形成權，在特殊情況下可依據法律規定而使用于請求權。正是由于適用范圍不同，所以決定了訴訟時效和除斥期間在使用中有個自居有不同的特點。由于請求權的范圍遠遠大于形成權，因此訴訟時效的規定應當置于民法典總則之中進行抽象規定。而除斥期間則應當根據所限制的形成權的具體內容而分別進行具體規定。

3、構成要件不同

訴訟時效要求同時具備法定期間的經過和權利人不行使權利的事實狀態這兩個構成要件;而除斥期間只有一個構成要件，那就是一定法定期間的經過。

4、法律效力不同

訴訟時效的法律效力并不消滅實體權利本身，僅發生受法院保護的權利消滅或抗辯權產生的效力，在時效屆滿以后，使原來的請求權變成一種"自然債"。除斥期間在性質上是一種權利存續期間，一旦期限屆滿，直接消滅權力本身。超過除斥期間，則權力本身即不復存在。時效期限屆滿以后，義務人拋棄期限利益的行為，可以視為創設了某種權利。從法律效果上來看，訴訟時效將產生抗辯權發生的效果，而除斥期間都是權利的存續期間，期間屆滿將發生權利的消滅。

5、起算時間不同

訴訟時效期間一般自權利人能夠行駛請求權之日起計算，若權利人不能行使請求法律保護的權利，則一般不開始計算時效期間;除斥期間一般自權利成立之日起計算，至于權利人能否行使權利，一般不影響期間計算。

6、期間彈性不同

訴訟時效在性質上是可變期間，可因法定事由而中止、中斷，例外情形下還可以延長。除斥期間從性質上來說，是不能適用中止中斷的，因為引起中斷的事實是權利人行使權利的行為，除斥期間主要正對的是形成權，而形成權一旦行使，權利也就相應的產生和消滅，所以就沒有必要重新計算權利的存續期間。

7、是否可允許當事人自我約定上存在不同

除斥期間可以是法定的，也可以是約定的，法定如可撤銷法律行為的撤銷權的行使期限，約定如雙方約定的合同解除權的行使期限;而訴訟時效均為法定期限，不得允許當事人為約定變更。

8、是否允許法院主動援引不同

訴訟時效的抗辯只能在訴訟中由當事人援引，法院不得主動依職權審查;對除斥期間而言，由于其屆滿將導致實體權利消滅，從保護權利人的利益出發，法院裁判是應當主動依法審查。

9、法律條文表述不同

對于訴訟時效，法律條文一般直接表述為"時效"，或者表述為某項請求權因多長時間不行使而消滅或者不受保護等等;對除斥期間，法律條文一般僅表述為某權利，如撤銷權，其存續期間為多長時間，或者因多長時間不行使而消滅，或應于何期間內行使。