1、制度價值上的不同

雖然訴訟時效期間與除斥期間都有督促權(quán)利人積極行使權(quán)利的作用，但由于形成權(quán)和請求權(quán)本身的區(qū)別，他們在價值取向仍有不同。法律之所以設(shè)定除斥期間，其意義在于促使權(quán)利人及時糾正自己意思表示中的瑕疵，同時促使當事人及時輔助效力待定的民事行為。通過適用除斥期間的規(guī)定，消滅的是形成權(quán)這一權(quán)利本身，權(quán)利的不穩(wěn)定狀態(tài)消除后，不會形成新的秩序，而是是原有的秩序得以繼續(xù)存在。而訴訟時效是消滅怠于行使的公力救濟權(quán)，請求權(quán)這一權(quán)力本身并沒有消滅，消除權(quán)利的不穩(wěn)定狀態(tài)后，會形成新的秩序。所以，訴訟時效是對新秩序的保護。

2、適用范圍不同

即客體，對象不同。訴訟時效主要適用于債的請求權(quán);除斥期間主要適用于形成權(quán)，在特殊情況下可依據(jù)法律規(guī)定而使用于請求權(quán)。正是由于適用范圍不同，所以決定了訴訟時效和除斥期間在使用中有個自居有不同的特點。由于請求權(quán)的范圍遠遠大于形成權(quán)，因此訴訟時效的規(guī)定應當置于民法典總則之中進行抽象規(guī)定。而除斥期間則應當根據(jù)所限制的形成權(quán)的具體內(nèi)容而分別進行具體規(guī)定。

3、構(gòu)成要件不同

訴訟時效要求同時具備法定期間的經(jīng)過和權(quán)利人不行使權(quán)利的事實狀態(tài)這兩個構(gòu)成要件;而除斥期間只有一個構(gòu)成要件，那就是一定法定期間的經(jīng)過。

4、法律效力不同

訴訟時效的法律效力并不消滅實體權(quán)利本身，僅發(fā)生受法院保護的權(quán)利消滅或抗辯權(quán)產(chǎn)生的效力，在時效屆滿以后，使原來的請求權(quán)變成一種"自然債"。除斥期間在性質(zhì)上是一種權(quán)利存續(xù)期間，一旦期限屆滿，直接消滅權(quán)力本身。超過除斥期間，則權(quán)力本身即不復存在。時效期限屆滿以后，義務(wù)人拋棄期限利益的行為，可以視為創(chuàng)設(shè)了某種權(quán)利。從法律效果上來看，訴訟時效將產(chǎn)生抗辯權(quán)發(fā)生的效果，而除斥期間都是權(quán)利的存續(xù)期間，期間屆滿將發(fā)生權(quán)利的消滅。

5、起算時間不同

訴訟時效期間一般自權(quán)利人能夠行駛請求權(quán)之日起計算，若權(quán)利人不能行使請求法律保護的權(quán)利，則一般不開始計算時效期間;除斥期間一般自權(quán)利成立之日起計算，至于權(quán)利人能否行使權(quán)利，一般不影響期間計算。

6、期間彈性不同

訴訟時效在性質(zhì)上是可變期間，可因法定事由而中止、中斷，例外情形下還可以延長。除斥期間從性質(zhì)上來說，是不能適用中止中斷的，因為引起中斷的事實是權(quán)利人行使權(quán)利的行為，除斥期間主要正對的是形成權(quán)，而形成權(quán)一旦行使，權(quán)利也就相應的產(chǎn)生和消滅，所以就沒有必要重新計算權(quán)利的存續(xù)期間。

7、是否可允許當事人自我約定上存在不同

除斥期間可以是法定的，也可以是約定的，法定如可撤銷法律行為的撤銷權(quán)的行使期限，約定如雙方約定的合同解除權(quán)的行使期限;而訴訟時效均為法定期限，不得允許當事人為約定變更。

8、是否允許法院主動援引不同

訴訟時效的抗辯只能在訴訟中由當事人援引，法院不得主動依職權(quán)審查;對除斥期間而言，由于其屆滿將導致實體權(quán)利消滅，從保護權(quán)利人的利益出發(fā)，法院裁判是應當主動依法審查。

9、法律條文表述不同

對于訴訟時效，法律條文一般直接表述為"時效"，或者表述為某項請求權(quán)因多長時間不行使而消滅或者不受保護等等;對除斥期間，法律條文一般僅表述為某權(quán)利，如撤銷權(quán)，其存續(xù)期間為多長時間，或者因多長時間不行使而消滅，或應于何期間內(nèi)行使。