一、補充偵查兩次證據不足怎么辦?

補充偵查以二次為限，二次補充偵查后，仍證據不足不符合起訴條件的，檢察院可以決定不起訴，公安機關應該撤銷案件，解除羈押。

根據《刑事訴訟法》第一百四十條規定：

人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料。

人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。

對于補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。

對于補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴的決定。

二、審查起訴階段的補充偵查

1、補充偵查的形式。根據刑事訴訟法第140條第2款的規定，人民檢察院審查起訴的案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查;也可以自行偵查，必要時可以要求公安機關提供協助。

2、補充偵查的期限和次數。根據刑事訴訟法第140條第3款的規定，對于補充偵查的案件，應當在1個月以內補充偵查完畢，補充偵查以兩次為限。這既指退回公安機關補充偵查的案件，也包括人民檢察院自偵案件中決定退回補充偵查的案件。

3、經過一次退回補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴決定。如果案件經過兩次退回補充偵查，仍然證據不足，不符合起訴條件的，人民檢察院應當作出不起訴決定。

三、法庭審理階段的補充偵查

(1)根據刑事訴訟法第165條的規定，在法庭審判過程中，檢察人員發現提起公訴的案件需要補充偵查，提出延期審理建議的，合議庭應當同意。人民檢察院應當自行偵查，必要時可以要求公安機關提供協助。根據最高人民法院《解釋》第157條規定，對公訴人在庭審過程中發現案件需要補充偵查而提出延期審理建議的，合議庭應當同意。但一該建議以兩次為限。

(2) 根據最高人民法院《解釋》第159條規定，合議庭在案件審理過程中，發現被告人可能有自首、立功等法定量刑情節，而起訴和移送的證據材料沒有這方面的證據材料，應當建議人民檢察院補充偵查。根據人民檢察院《規則》第252條規定，人民檢察院應當審查有關理由，并作出是否退回補充偵查的決定。人民檢察院不同意的，可以要求人民法院就起訴指控的犯罪事實依法作出裁判。

總之，兩次補充偵查都沒有收集足夠定罪的證據的話，司法部門已經沒有權利再繼續無限期的羈押犯罪嫌疑人了。面對這種境地，就需要司法部門自己反思在偵查過程當中的一些問題了，案件一旦開始進入到司法強制措施階段之后，公安機關就必須要注意，證據方面的收集如果不夠充分，先拘留了也沒有什么作用的。

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