我國刑事訴訟法確立了“以事實為根據，以法律為準繩”的原則，要求在刑事訴訟中必須查明案件事實。但知易行難，非法行醫致死事實的查明絕非易事。醫學領域對大多數法官來說，是一個陌生的專業領域，對非法行醫致死事實的查明，法官往往依賴于專業的司法鑒定。但是，根據我國刑事訴訟法的規定，偵查機關、審判機關均可以獨立地啟動司法鑒定程序，犯罪嫌疑人、被害人僅有對鑒定結論的知情權和補充鑒定、重新鑒定的申請權，無權自己決定啟動鑒定程序。

在這種情況下，控辯雙方鑒定權明顯失衡，容易導致鑒定的偏差。“在刑事司法中，受‘隧道視野’和‘證實偏差’影響的辦案人員，可能會在證據尚不充分的情況下就過于自信地確認某人為罪犯，進而將調查集中于該犯罪嫌疑人，竭盡全力搜集可以證明該犯罪嫌疑人有罪的證據，而無視甚至隱匿那些能證明該犯罪嫌疑人無罪的證據。”2012年新修訂的刑事訴訟法將“鑒定結論”修改為“鑒定意見”，鑒定人的法律地位由“科學的法官”向“準證人”轉變。但由于刑事訴訟法的限制，鑒定多由偵查機關啟動，鑒定人的鑒定意見會不自覺地傾向于偵查機關，容易導致鑒定偏差。我國司法鑒定改革將司法鑒定推向社會，雖增強了鑒定的客觀中立性，但鑒定機構和鑒定人的良莠不齊，也增加了查明案件事實的難度。

醫療具有高風險性，從醫者對疾病的診斷、治療受醫學發展水平的限制，不少檢查、診斷和治療方法都有一定的風險性。非法行醫中就診人的死亡大多由非法行醫者的過失引發疾病或并發癥，介入因素眾多，因果關系十分復雜。吳家馼認為傷亡原因包括根本原因、直接原因、中介原因、輔助原因、傷亡誘因、聯合原因、協同原因和伴發情況八類情況，從而對死亡原因做出了定性概括。于曉軍等人更進一步，結合上述八類情況進一步劃分了參與度，從而實現了對傷亡原因的定性定量分析。筆者認為，依據法醫學理論對傷亡原因定性定量分析的司法鑒定意見只是查明案件事實的一種重要參考，不宜和法律上的因果關系及量刑直接掛鉤。

鑒于非法行醫致死案情的復雜性和后果的嚴重性，審判機關應強制鑒定人出庭作證，對鑒定意見做出詳細的說明和解釋。“量化法醫學”采用參與度即被訴對象介入程度或所起作用的大小這一定量比例的方法去分析因果關系已被法醫學界和法學界廣泛接受，但目前我國還未建立統一的參與度標準，司法實踐中廣泛采用的有1980年Watanabe等提出了0-100%每隔10%劃分11個等級參與度和1994年Wakasngi等提出的0-100%每隔25%劃分5個等級參與度。筆者建議，庭審中應查明鑒定人是根據什么標準劃分的參與度，認定參與度的具體根據是什么，是根據客觀的事實還是根據自己經驗作出的內心確認，能否排除合理懷疑，劃分的參與度是確切的還是模糊的，參與度是在一個區間范圍內還是一個確切的數值，經過庭審質證是否還對自己劃分的參與度確信，有無動搖，是否對死亡原因仍存疑惑等。

一般情況下，非法行醫致死的爭論焦點都集中在鑒定意見，對鑒定意見進行充分專業的質證，案件事實一般都能“浮出水面”。庭審后，鑒定意見仍存在事實不清問題的，應適時啟動重新鑒定。由于《全國人民代表大會常務委員會關于司法鑒定管理問題的決定》規定各鑒定機構之間沒有隸屬關系，處于平等的法律地位，鑒定意見沒有效力高低之分，導致一些法官對重新鑒定心存顧慮，擔心新的鑒定意見與原有鑒定意見不一致，讓非專業人士更加無所適從。有鑒于此，2010年10月14日中央政法委召開司法鑒定改革工作會議，遴選了鑒定能力較強、專業技術水平較高以及鑒定實驗室條件或者鑒定環境上較優的10家國家級司法鑒定機構，對非法行醫致死案的重新鑒定應委托國家級司法鑒定機構進行，同時法官應加強對相關醫學知識的查閱、學習并向相關專家請教，增強自身的質證、認證能力，減少對鑒定意見的誤讀誤判。

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