1、影響刑罰執行功能的全面實現。正如再好的制度不去抓落實就等于一紙空文一樣，刑罰體系中制刑、求刑和科刑，只是依據刑法的規定完成了對犯罪人適用與其罪行相適應的刑罰宣告。而刑罰宣告只是表明了國家對犯罪人的否定評價，并不能使刑罰的內容通過宣告得以實現。也就是說刑罰的宣告并不意味著刑罰的懲罰功能得以實現，只有通過刑罰執行機關對犯罪人所受到的刑罰宣告具體加以實施，才能將刑罰的懲罰功能落到實處。雖然沒有刑罰的宣告，刑罰的執行就失去了法律的前提和依據，但是，沒有刑罰的執行，刑罰宣告就毫無現實意義而失去刑罰固有的屬性。一方面，刑罰執行是將罪犯改造成守法公民的前提條件。我國刑罰執行在強制性剝奪犯罪人的人身自由，讓其承受不情愿承受的痛苦懲罰的同時，還有一個重要目的就是要改造犯罪人的不良思想，矯正其惡習，使其成為守法公民。如果沒有刑罰執行這一強制性的懲罰手段作保證，從普遍意義上講，犯罪人是不會自覺接受改造的。只有在刑罰執行強制性懲罰手段保證下，我們才能有條不紊的開展教育改造工作。另一方面，刑罰執行本身就具有預防犯罪的教育功能。對于犯罪人來說，刑罰的執行限制了其繼續危害社會的條件。這期間或者是刑罰執行機關通過系統的懲罰矯正措施，促使犯罪人幡然醒悟，使其由被迫改造逐步走向自覺改造，最終成為守法公民;或者是犯罪人鑒于其體驗到懲罰所帶來的痛苦，從而產生畏懼不再實施犯罪行為。無論是前者的主動不再犯罪，還是后者的被動不再犯罪，都起到了預防犯罪的教育功能。同時，刑罰執行這一懲罰犯罪人的措施也必然會對其他公民起到儆誡教育作用，使他們知道犯罪是要受到懲罰的，懲罰是要帶來痛苦的，這對于預防和減少犯罪具有特別重要的意義。刑罰執行的上述功能是刑罰體系內部分工的必然結果，是其它任何機關不能發揮也無法替代的。

2、不利于刑罰體系自身的建設和發展。目前刑罰體系功能若要持續高效率的發揮作用，面臨著諸多問題和挑戰。木桶理論原理告訴我們：一只木桶裝水的多少不能以其最長的一塊板來計算，而取決于其最短一塊板的長度。在我國現行的刑罰體系中，顯然存在短板的問題，而刑罰執行就是那塊短板。一個存在著短板的體系是難以持續高效率發揮其應有作用的。眾所周知，刑罰體系的建設和發展事關社會穩定和國家的長治久安，我國社會目前正經歷一個重要歷史發展階段，要求我們必須要加強刑罰體系的建設和發展。但是如果不能首先解決刑罰體系自身在架構上的平衡問題，其它任何方面的措施都難以從根本上解決問題，并難以最終達到目的。

3、有“重判輕改”之嫌。我國的社會主義國家性質決定了我國刑罰的性質不單單是懲罰罪犯，而且要以改造人為宗旨。這一精神在我國的《憲法》、《刑法》、《刑訴法》中都有體現。《監獄法》中更是將此作為指導思想和方針，成為中國特色社會主義刑罰理論體系的本質特征。但就當前的刑罰體系架構而言，客觀上存在著涉及“判”的方面立法規格高，部門設置獨立專業，是受到“重視”的;在涉及“改”的方面立法規格低(嚴格地說是沒有專門法律)，沒有獨立的部門，是被“輕視”的。這些現象不僅有“重判輕改”之嫌，更與我國刑罰指導思想、宗旨觀念相悖。