集體商標和證明商標注冊申請的實質審查是對商標是否具備注冊條件的審查，是依照《商標法》的有關規定審查，即商標是否屬于《商標法》第十條禁用之列;商標是否具有顯著特征，便于識別(《商標法》第十一條);商標是否與在先權利沖突(《商標法》第二十八條和第二十九條。

根據集體商標和證明商標的含義，實質審查有其特殊方面，具體如下：

1、集體商標的審查

根據《商標法》第三條集體商標的定義和《商標法實施細則》第六條的規定，及其《辦法》第四條的規定，集體商標實質審查除上述內容之外還需要審查注冊人的主體資格和該商標的使用管理規則-

對集體商標的申請人資格的審查已在第二章第一節中說明。

對集體商標使用管理規則的審查包括：

(1)使用該集體商標的宗旨，其目的和意義不得違反法律規定和公共秩序：

(2)是否對使用集體商標的商品或者服務的質量提出特定要求及其在使用中如何實施檢驗所定的制度;

(3)使用者是否為其成員和函概其所有的集體成員，是否具有公正性;

(4)是否規定了其集體成員使用該商標的具體條件，如何與其成員履行使用該商標的手續;

(5)是否規定集體成員的權利、義務和違反該規則應該承擔的責任：

(6)收取的管理費是否用于其商標的管理，不得以贏利為目的：

(7)注冊人的權利和義務是否符合法律規定。

2、證明商標的審查

根據《商標法》第三條證明商標的定義和《商標法實施細則》第六條的規定，及其《辦法》第五條的規定、證明商標實質審查還需要審查注冊人的主體資格和該商標的使用管理規則。

證明商標是由多人共同使用的商標，該商標的使用具有引導消費者選擇商品或者服務的意義，與消費者的利益密切相關。因此，在審查申請人的資格時主要考慮申請人是否具備其申請注冊的證明商標所要證明商品特定品質的監督能力，具體內容見第二章第二節。

對證明商標使用管理規則的審查包括：

(1)使用該證明商標的宗旨，其目的和意義不得違反法律規定和公共秩序;

(2)該商標證明的商品或者服務的特定品質和特點及其是否具有的真實性;

(3)使用者使用該商標的條件及手續;

(4)是否規定了使用者的權利、義務和違反該規則應承擔的責任：

(5)是否制定了證明商標在使用中申請人對標示該商標的商品實施檢驗的制度;

(6)收取的管理費是否用于其商標的管理，不得以贏利為目的;

(7)注冊人的權利和義務是否符合法律規定：

3、地理標志的審查

作為集體商標或者證明商標的地理標志，實質審查還應包括：

(1)該地理標志所標示的商品的特定品質、信譽或者其他特征：

(2)該商品的特定品質、信譽或者其他特征與該地理標志所標示的地區的自然因素和人文因素的關系;

(3)該地理標志所標示的地域范圍。

地理標志的注冊由商標局依事實來認定。

4、集體商標、證明商標的公告

經商標局初步審定的集體商標、證明商標與商品商標一樣，商標局均予以公告，但公告的內容與商品商標又不盡相同。

《辦法》第十三規定，集體商標、證明商標的初步審定公告的內容，應當包括該商標的使用管理規則的全文或者摘要。

集體商標，證明商標注冊人對使用管理規則的任何修改，應經商標局審查核準，并自公告之日起生效。

《辦法》第十四條規定，集體商標注冊人的成員發生變化的，注冊人應當向商標局申請變更注冊事項，由商標局公告。

《辦法》第十五條規定，證明商標注冊人準許他人使用其商標的，注冊人應當在一年內報商標局備案，由商標局公告。

《辦法》第十六條規定，申請轉讓集體商標、證明商標的，受讓人應當具備相應的主體資格，并符合商標法、實施條例和《辦法》的規定，由商標局審查，經核準后予以公告。

集體商標、證明商標及其商標使用管理規則的公告，是使集體商標、證明商標的注冊、使用及管理公諸于眾，并受社會各界的監督。