內部控制評估包括控制環境評估、會計系統評估和控制程序評估三個方面。

控制環境的評估

內控機制能否發揮作用受外部環境影響較大，特別是管理當局的態度。審計人員應當了解控制環境，以評價被審計單位管理當局對內部控制及其重要性的態度、認識和措施。審計人員應調查了解管理層對內部控制采取的措施，企業組織機構和人員配備是否健全，企業管理制度是否健全，企業是否建立了內部審計機構并發揮作用，會計信息及相關業務信息的報告制度是否健全。

會計系統的評估

審計人員應當充分了解會計系統，以識別和理解被審計單位交易和事項的主要類別和發生過程;了解重要的會計憑證、賬簿記錄以及會計報表項目，了解重大交易和事項的會計處理過程。

控制程序的評估

建章立制是內控制度的基礎，但能否發揮作用關鍵在執行。審計人員在評估控制程序執行情況時，主要采取業務循環評估辦法。根據企業生產經營特點，可將企業生產經營活動分為倉儲與存貨、銷售與收款、生產、投融資、薪酬五大業務循環，由于現金和銀行存款分散于各個循環，將貨幣資金單獨作為一個業務循環評估。具體包括：

1、倉儲與存貨業務內控評估。了解大額的存貨采購是否簽訂購貨合同，有無審批制度;存貨的入庫是否嚴格履行驗收手續，對規格、型號、數量、價格等是否逐項核對，并及時入賬;存貨的發出手續是否按規定辦理，是否及時登記并與會計記錄核對;存貨的采購、驗收、保管、運輸、付款等職責是否嚴格分離;是否建立定期盤點制度，發生的盤盈、盤虧、毀損、報廢是否及時按規定審批處理。

2、生產業務內控評估。了解是否建立成本核算與管理制度，成本開支范圍是否符合有關規定;成本核算制度是否適合被審計單位的生產特點，是否嚴格執行;各成本項目的核算、制造費用的歸集與分配、產品成本的結轉是否嚴格按規定辦理，前后期是否一致;是否定期盤點在產品，并作為在產品成本的分配依據。

3、銷售業務內控評估。核對銷售發票、銷售合同、銷售訂單所載明的品名、規格、數量、價格是否一致;抽取一定時期內的銷售發票，檢查其是否連續編號，有無缺號，作廢發票的處理是否合規;抽取送貨單，并與相關的銷售發票核對，檢查已發出的商品是否均已向顧客開出發票;檢查銷售退回折讓折扣的核準。

4、薪酬業務內控評估。了解工資標準的制定及變動是否經授權批準;調查員工工資卡或人事檔案，以確定工資發放依據;檢查應付工資總額與人工費用分配匯總表中合計數是否相符;抽查工資單，從中選取不同類型員工檢查。

5、投融資業務內控評估。了解投資項目是否均經授權批準;融資借款是否簽訂借款合同;抵押擔保是否獲得授權批準;有價證券的買賣是否經適當授權，是否妥善保管并定期盤點核對;抽查新增固定資產和在建工程項目有無預算、決算，是否經過授權批準。

6、貨幣資金內控評估。檢查出納與會計的職責是否嚴格分離;貨幣資金和有價證券是否妥善保管，是否定期盤點;核對收款憑證與存入銀行賬戶解款單的日期和金額是否相等;抽取一定時期的銀行存款日記賬與銀行對賬單核對是否一致;檢查付款的授權批準手續是否符合規定;是否存在長期未達事項。

內部控制評估對審計人員的專業能力、執業經驗、判斷水平等提出了較高的要求，審計人員在評估內部控制，應保持應有的職業謹慎。內部控制是針對常規事項設計的，其作用是有限度的。企業內控制度不健全，并不一定發生財務報告舞弊行為，企業內控制度健全也不能保證財務報告真實，健全的內控也可能因有關人員相互勾結、內外串通而失效。在管理當局的操控下，內部控制可以演變為形式上的健全有效，甚至成為包裝舞弊的工具。

審計人員通過實施評估程序，考慮企業各方面因素，對被審計單位內控制度的規范性、全面性和執行的有效性進行客觀評價，發表恰當的評估意見，指出企業內控中的薄弱環節，揭示企業經營風險，提出管理建議，促進企業發展。