一、貫徹迅速秘密偵查運行機制。這項機制中，兩個因素至關重要。一要堅持嚴管線索，確保在秘密中謀劃初查。為防止線索因管理分散而失密，有必要實行檢察長統一管理重大案件線索的工作機制。同時，還應建立健全上級院領導管理下級院的案件線索及其處理情況工作機制。上一級院檢察長可以要求下一級院檢察長每月匯報一次案件線索收集處理情況，實現有效整合和充分利用。本院檢察長應當對有關線索逐個評估。制定初查方案時，堅持個別交辦、有限知情，嚴防泄密，嚴防初查未啟動、說情已上門的現象。二要堅持兵貴神速，爭取在秘密中結束初查。在初查過程中，應當堅持先外后內，先盡力獲取物證、書證等客觀性證據，再收集證人證言等主觀性證據，把直接接觸初查對象放在初查的最后環節。一旦啟動初查，必須以快制勝，確保立案或采取強制措施前不走漏任何消息，保障偵查順利進行。

二、健全案件質量前瞻后延機制。實踐中，偵查人員時常就一些定罪存在爭議、證據難以把握的案件向偵監、公訴部門咨詢，這種個別化、無序化的咨詢方式不利于職務犯罪偵查工作的健康發展。為此，有必要建立健全案件質量前瞻后延的工作機制。

一是建立健全案件質量前瞻運行機制。從初查開始，偵查部門就要以保障順利起訴、判決的眼光，認真全面細致地收集證據。批捕起訴部門也要及時提供指導性、針對性意見，要明確偵監、公訴部門依法介入的時間和任務。偵監部門立足于法定逮捕條件，對收集、固定、保全證據提出建議意見，并就事實證據及法律適用提出意見，審查準備移送的案卷材料是否齊備。公訴部門立足于法庭舉證要求，從起訴角度，對收集、固定證據及完善證據體系等提出建議;審查案卷材料是否齊備、強制措施是否適當，并對有關問題提出改進建議。

二是建立健全偵結后的質量跟蹤機制。偵查部門的視角要向后續的訴訟階段延伸，負責跟蹤協助出庭公訴，共同補強證據。建立偵查人員到庭旁聽制度，要求偵查人員樹立庭審意識，在開庭時直觀感受對案件事實和證據的辯論;判決后，還要對照整套法律文書，認真分析判決認定事實、采信證據、適用法律與移送起訴、公訴階段的異同之處，并寫出分析報告，促進偵查質量的提高。

三、健全合并偵查機制。鑒于瀆職侵權與貪污賄賂行為常常交織在一起，為有效懲治職務犯罪，有必要把反瀆與反貪工作緊密結合起來，形成偵查合力。一是嘗試通過查清瀆職犯罪，為取得反貪案件的突破掃除障礙。在查辦貪污賄賂犯罪案件時，往往因犯罪隱蔽、偵查手段缺乏、訊問時間限制而難以突破。此時需要及時改變策略，先查瀆職，為反貪鋪路。二是嘗試通過深挖貪污賄賂線索，為實現反瀆案件的突破暗度陳倉。如果僅就瀆職線索查辦瀆職案件，社會理解程度相對較低，法院量刑相對較輕，辦案效果難以提升。為得到更多理解和支持，要不斷擴大反瀆辦案的社會效果，有的市縣區院通過探索以深挖貪污賄賂犯罪為查辦反瀆案件作“總結”的聯合辦案模式，取得了較好的法律效果和社會效果。

四、健全偵查指揮組織領導機制。偵查工作的科學發展，需要設立能夠有效整合辦案資源的偵查指揮組織領導機構，從而形成縱向指揮有力、橫向協作緊密、運轉高效有序的工作格局。而分散型模式已不具備在新形勢下實現偵查工作科學發展的優勢，近年來部分省市縣院就有整合偵查部門的成功實踐。

五、完善內部配合協調機制。按照分工負責與資源整合要求，切實加強職務犯罪偵查工作中的內部協作協調配合機制，增強整體合力。從橫向角度，要堅持舉報中心歸口受理舉報線索，同時由指揮中心負責統一管理線索，統一交辦案件，尤其是統一協調需要多部門參與辦理的案件。民行檢察部門應當發揮熟悉民事行政訴訟規律的特長，在辦案中發現司法不公背后的職務犯罪線索時，可按照規定進行初查，或根據檢察長指令移送并配合查辦。監所檢察部門查辦案件時要主動爭取反貪、瀆檢部門的支持配合，必要時及時移交反貪、瀆檢部門。

充分發揮法醫、理化、文檢、痕檢、司法會計等科技手段在偵查中的作用，有效運用科技手段和現代設備，固定保全和鑒別證據，提高自偵工作信息化程度以及科技實力向現實戰斗力轉化的能力。從縱向角度，健全以省院為龍頭，各地市縣區院為支點的檢察系統內部配合協作體制。必要時，對案情重大復雜、社會反映強烈、需要跨區域偵查、下級院偵查確有困難或組織偵查不力的大要案，采取組織專項偵查、實施專案偵查、交辦、指定異地管轄、參辦、督辦、提辦等多種偵查指揮方式，發揮整體優勢，排除干擾阻力，有效查辦案件。