一、職能轉變
　　需要強化的職能主要有：參與擬定稅法、稅收條例及其實施細則；研究、完善稅制改革方案并組織實施；強化稅收在執行國家產業政策、促進經濟結構調整、合理配置資源和保證企業公平競爭等方面的重要調節作用；加強稅收，保障財政收入穩定增長；加強稅收管理，建立健全以稅收征管法為核心的規范、科學的征管體系，運用各種現代化手段提高稅收征管水平；加強稅法宣傳，增強全民的納稅意識；適應分稅制財政管理體制的要求，對國家稅務局系統實行機構、編制、干部、經費的垂直管理，協同地方人民政府對地方稅務局實行雙重領導。
　　需要逐步下放或轉移的職能主要有：在合理調整稅制結構，強化中央調控權的前提下，將地方稅的管理權下放給地方；將部分社會性、群眾性、服務性工作轉移由依法認定的社會中介機構承擔。

　二、主要職責
　　國家稅務總局是國務院主管國家稅務工作的職能機構。其主要職責是：
　　（一）貫徹執行稅收工作的方針、政策，參與擬定有關的稅收法律、法規及其實施細則，制訂貫徹中央統一稅收政策的某些具體政策和稅收業務的規章制度并組織實施，建立和完善符合社會主義市場經濟要求的稅制體系。
　　（二）強化稅收的宏觀調控功能，研究稅負總水平，提出體現國家產業政策、理順分配關系和規范分配方式等政策建議。　　
　　（三）參與研究合理劃分中央和地方的稅收管理權限及改革稅收管理體制，制定征收管理制度，建立科學、嚴密、有效的稅收征管體系，強化稅收執法職能。對省、自治區、直轄市地方稅務局在稅收政策、業務上進行指導和協調，在貫徹執行稅收政策、法規方面進行監督檢查。
　　（四）負責中央稅、共享稅及國家指定的稅種和基金的征收管理，根據國民經濟發展計劃和國家預算安排的要求，編制稅收長遠規劃和年度稅收計劃，努力完成稅收任務。
　　（五）開展國際間稅收方面的交流合作，參與研究擬定涉外稅收的政策、法規和對外談判及草簽有關稅收的協定。管理國家海洋石油稅收。
　　（六）管理進出口商品的工商稅收及出口退稅工作。
　　（七）統一管理國家稅務局系統的機構、編制和經費。管理國家稅務總局省級分局正副局長，對省級地方稅務局局長任免提出意見。制訂本系統的人事、勞動工資管理制度和辦法。
　　（八）負責稅務隊伍的教育培訓工作、思想政治工作、精神文明建設工作以及國家稅務局系統的監察、審計工作。管理直屬稅務院校。
　　（九）研究稅收理論和稅收政策，分析經濟信息，掌握稅收動態，組織稅收宣傳工作，開展稅務咨詢工作。
　　（十）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，國家稅務總局設１２個職能司（廳）和機關黨委。
　　（一）辦公廳
　　起草和審核重要文件、報告，負責全國性稅收工作會議和局長辦公會議的組織工作，負責秘書事務、信息綜合、文電處理、文書檔案、信訪和稅收宣傳工作，組織辦理人大代表建議和政協委員提案，負責機關的保密、保衛工作，管理機關的各項行政事務。
　　（二）政策法規司　
　　負責有關稅收政策的調查研究，協調內稅制改革工作，參與有關稅收法規、規章的起草工作，參與起草政策、法規方面的文件和報告，研究世界各國的稅制改革和重大稅收政策的調整情況，承擔稅收法規文件的清理、鑒定及匯編工作，負責稅務行政訴訟和行政復議工作。
　　（三）流轉稅管理一司
　　負責增值稅的稅收業務和征收管理，參與起草有關的稅法、條例，制訂具體征稅辦法，處理執行稅法和稅收政策中的有關事項，負責增值稅專用發票的管理工作，強化增值稅發票的稽核工作。
　　（四）流轉稅管理二司
　　負責消費稅、營業稅、資源稅的稅收業務和征收管理，參與起草有關的稅法、條例，制訂具體征稅辦法，處理執行稅法和稅收政策中的有關事項。
　　（五）所得稅管理司
　　負責企業所得稅和個人所得稅的稅收業務和征收管理，參與起草有關的稅法、條例，制訂具體征稅辦法，處理執行稅法和稅收政策中的有關事項。
　　（六）地方稅務司
　　參與起草有關地方各稅的稅法、條例，制訂具體征稅辦法，處理執行稅法和稅收政策中的有關事項，監督檢查地方稅務局執行稅收政策、法規的情況，協調國家稅務局與地方稅務局的工作，對地方稅務局的工作進行指導，組織經驗交流。
　　（七）涉外稅務管理司
　　負責境內外商投資企業和外國企業的各項稅收業務及征收管理，研究有關涉外稅收的優惠政策，參與有關涉外稅收的稅法、條例的擬定工作，制訂反避稅的措施辦法并組織實施，參與有關的涉外稅收國際談判及國際稅收協議、協定的擬定和執行工作。
　　（八）進出口稅收管理司
　　參與研究擬定全國進出口稅收管理的政策、規定和辦法，下達有關計劃并組織實施，與有關部門進行工作協調，檢查有關政策的執行情況，辦理出口產品退稅審批事項。
　　（九）征收管理司
　　負責稅收征收管理法規、條例的擬定工作并組織實施，處理執行稅收征管法規、條例中的有關事項，強化和完善征管手段，推進征管現代化建設，負責發票管理工作，管理稅務稽查機構，監督檢查稅務系統各部門及工作人員執行征管制度的情況，負責稅務代理的有關工作，負責中央各部門集中交納稅款的征收管理工作。
　　（十）計劃財務司
　　根據國民經濟發展計劃和國家預算安排的要求，編制稅收長遠規劃和年度稅收計劃，匯總全國稅收會計、統計信息數據，制訂稅收計劃和會計、統計制度，管理經費、財務、裝備、固定資產，審核匯編下屬單位的財務預決算，辦理各項經費的領撥，負責財務審計工作，制訂裝備器材的長遠規劃和年度計劃，負責稅收票證的印制和管理工作。
　　（十一）國際交流合作司
　　承辦與國際貨幣基金組織、世界銀行等國際機構及外國稅務機關的合作交流工作，研究擬定有關的計劃和實施辦法，歸口管理局機關的外事工作。
　　（十二）人事司
　　擬定稅務系統的人事制度，承辦國家稅務總局省級分局正副局長的管理工作，對省級地方稅務局局長的任免提出意見，管理國家稅務局系統的機構、編制，負責局機關和直屬事業單位的人事管理工作，擬定本系統的勞動工資管理制度和辦法。
　　（十三）機關黨委（思想政治工作辦公室）
　　負責局機關和在京直屬單位的黨群工作，負責國家稅務局系統的思想政治工作和精神文明建設。

　四、人員編制和領導職數
　　國家稅務總局機關行政編制為４００人。其中，局長１名，副局長４名；司級領導職數４６名（含機關黨委專職副書記２名，思想政治工作辦公室司級領導職數３名，總經濟師和總會計師各１名）。
　　紀檢、監察、審計等派駐機構和后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。