關于單位犯罪的處罰，在刑法理論上存在單罰制與雙罰制之分。單罰制，又稱為代罰制或者轉嫁制，指在單位犯罪中只處罰單位中的個人或者只處罰單位本身。總之，在單位與個人之間只處罰其中之一。雙罰制，又稱為兩罰制，指在單位犯罪中，既處罰單位又處罰單位中的個人。

在刑法修訂以前，1979年刑法中有單罰制的規定，例如刑法第127條規定：“違反商標管理法規，工商企業假冒其他企業已經注冊的商標的，對直接責任人員，處三年以下有期徒刑、拘役或者罰金。”這一規定，實際上是對單位犯罪采取單罰制，即只處罰單位中的直接責任人員。但由于當時并不承認單位犯罪，因此刑法理論上沒有從單位犯罪的角度對此加以理解。1987年，我國《海關法》首次規定了單位犯罪，并確立了兩罰制。

《海關法》規定：“企業、事業單位、國家機關、社會團體犯走私罪的，由司法機關對其主管人員和直接責任人員依法追究刑事責任，對該單位判處罰金，判處沒收走私貨物、物品、走私運輸工具和違法所得。”此后，我國刑事立法對單位犯罪大多規定了兩罰制。應該說，單罰制與兩罰制相比較，兩罰制更為科學。

這是因為，單位是一個具有整體性和組織性的主體，因而它應當對其意志支配下的犯罪活動承擔刑事責任，而不能將這個責任推卸或轉嫁給他人。因此，作為刑事責任必然后果的刑罰，也就應當加諸單位本身。

同時，單位畢竟是個人的組合體，個人是單位存在的基礎。因而，既然我們把作為自然人的直接負責的主管人員和直接責任人員的行為認定為單位的整體行為，把他們的決定、決策視為單位意志的表現，并且這些人也是有權代表單位作出各種決定和決策并具體地實施犯罪行為，那么，他們就應該對由自己決定實施的單位的犯罪行為承擔刑事責任，而不能將這種刑事責任全部推脫或轉嫁到單位身上。

因此，也就應當對單位犯罪的直接負責的主管人員和直接責任人員進行處罰。這實際上還是由個人承擔的單位的刑事責任，處罰的主體還是一個，即單位，只不過刑事責任的承擔者有別罷了。由此可見，兩罰制不是對兩個主體，而是對一個主體即單位的整體處罰，是同一刑事責任根據單位成員在犯罪中所處的地位和作用而作的不同分擔，是對單位的犯罪行為的綜合性的全面處罰。

因此，對單位犯罪實行兩罰制，既處罰單位又處罰單位中的直接負責的主管人員和直接責任人員，能夠反映對單位犯罪的全面的刑法的否定評價，有利于遏制單位犯罪。當然，在某些情況下，犯罪雖然是以單位形式實施的，但實際上社會危害性主要反映在個人的行為上，因而沒有必要對單位進行處罰，只須處罰單位中的直接負責的主管人員和直接責任人員。在這種情況下，實行只處罰個人的單罰制也是必要的。

根據以上情況，刑法第31條對單位的處罰作出以下規定：“單位犯罪的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員判處刑罰。本法分則和其他法律另有規定的，依照規定。”由此可見，我國刑法對單位犯罪實行以兩罰制為主，以單罰制為輔的處罰原則。