1、行政訴訟不適用調解，使大多數行政案件要經過判決階段，而判決只能針對被訴具體行政行為，除行政處罰顯失公正的可以變更外，通常對被訴的具體行政行為只能判決維持、撤銷或作出確認判決。如果判決撤銷具體行政行為，無論法院是否判決行政機關重新作出具體行政行為，行政主體依照職權均可以重新做出具體行政行為;如果一方當事人不服一審判決提出上訴，增加了糾紛解決的時間;如果對被訴具體行政行為違法的案件適用調解，可以在一審中結案。

2、不適用調解直接或間接導致了原告非自愿撤訴案件的增多。在審判實踐中，大量的案件是原、被告在法院默許乃至動員下通過協調解決的;被告改變、撤銷被訴的行政行為，或者作出原告要求的行為，原告認為達到訴訟目的，申請撤訴，法院準許撤訴，訴訟就此了解。

3、限制了法官主觀能動性的發揮，使法官處于一種機械判案的境地。從司法實踐看，不適用調解不利于行政主體與行政相對人的溝通，不利于糾紛的最終解決。

4、增加了人民法院訴訟成本和當事人的訴累。就我國行政訴訟的現實狀況而言，行政訴訟步履艱難，令人堪憂。至2002年，全國法院受理行政案件總共70萬余件，有的法院全年沒有一起行政案件，行政庭“門可羅雀”。“民告官難”、“行政審判難”，是許多人的感慨。這種情況的出現與行政審判程序的單一性不無關系。

(二)行政訴訟適用調解的優越性

1、調解有利于當事人息訴，能夠實現糾紛和矛盾的徹底解決，減少上訴、再審、申訴、纏訴等現象的發生。調解制度能緩解當事人之間的對抗，使糾紛得以徹底解決。判決固然更有利于實現的公平，但也易導致雙方當事人隔閡的加深、對立情緒的加劇，相對人“贏了一時，輸了一輩子”的現象也屢見不鮮，這就背離了立法的初衷。調解制度在平和友好的氛圍下，通過法官的斡旋，促使雙方當事人互諒互讓，化干戈為玉帛，使爭議不僅在法律上得以徹底解決，也在心理上得以真正消除。

2、調解有利于解決執行難問題。調解的促成便于當事人履行義務，減少了上訴環節，避免了執行難的現象，雖然調解協議的達成，并不能保證義務人即時履行或者自覺履行義務，但調解的優勢是顯而易見的。

3、調解有利于提高法院工作效率。調解可以較大地提高法院的審判工作效率，有利于法院資源的合理分配。同時，調解還可以在原告的訴訟請求之外一并解決更多的爭議，而不必另案處理，符合法院所追求的公平與效率主題。

4、調解有利于達到良好的社會效果，保證社會穩定。保證審判的效果，維護社會穩定，既是社會各界對法院的要求，也是法院自身的需要，調解能夠達到當事人無反悔、無申訴、無上訪的結果，是法院的理想境界，也是社會穩定的需要。

5、調解可以降低訴訟成本，實現訴訟經濟。訴訟經濟原則已成為訴訟活動的一個重要原則。審判是高成本的，審判中雙方當事人處于對立地位，各方為贏得訴訟，在舉證與反證、立論與駁論的“訴辯拉鋸戰”中，需要大量的時間、精力、財力耗費。而訴訟周期的延長及上訴、申訴比例的上升，又增了國家司法資源的消耗，導致雙重的高成本。調解制度的存在，則打破了這一尷尬局面，使當事人有可能以最小的訴訟代價獲得最大的訴訟效益，并能有效節約司法資源。

6、調解是訴訟中的合法行為，是終結訴訟，解決紛爭的重要手段。具有實質上的法律效力。調解協議與裁判文書的效力相當，可以作為強制執行的依據，改變變相調解產生的弊端。