醫療事故罪的證明責任為適應司法實踐的要求，在學界充分探討的基礎上，2001年12月6日頒布2002年4月1日開始施行的《最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定》(以下簡稱《若干規定》)第4條第1款第8項明確規定：“因醫療行為引起的侵權訴訟，由醫療機構就醫療行為與損害結果之間不存在因果關系及不存在醫療過錯承擔。”該規定解決了長期以來困擾司法實踐的醫療事故處理的難題。但是，學者所稱的舉證責任倒置的這種規定，能否適用于醫療事故罪刑事案件的證明責任的分配，不是沒有疑問的。

在民事上，通常實行的是“誰主張，誰舉證”，證明責任通常由原告承擔。在刑事案件的處理中，無罪推定原則決定了“、被告人一般不承擔證明責任，也就是說沒有提出證據證明自己無罪的義務，不能因為犯罪嫌疑人、被告人不能證明自己無罪而得出犯罪嫌疑人、被告人有罪的結論。”但在例外情況下，由被告人承擔。“在公訴案件中，國家工作人員被指控犯有非法所得罪的被告人，對于明顯超過自己合法收入的財產來源，應當承擔其財產來源合法的證明責任。”從實體法的角度看，危害行為和危害結果是犯罪構成的客觀要件，學者幾乎沒有爭議，但關于危害行為和危害結果之間的因果關系是否系犯罪構成的客觀要件，在刑法理論界是有爭議的。

其實，如果沒有因果關系，那么所謂的危害結果就不是該案中的作為犯罪構成客觀要件的危害結果。因此，肯定危害行為與危害結果之間的因果關系的成立是將危害行為和危害結果作為某一具體犯罪的法定的犯罪構成和現實的犯罪構成的客觀要件的前提，故因果關系是否系犯罪構成要件不容爭議。但問題是，控方除證明被告人實施了危害行為和造成了危害結果外，是否還需證明危害行為和危害結果之間存在因果關系，這不無疑問。就醫療事故罪的證明而言，控方除證明醫務人員在診療護理過程中違反診療護理規章制度和技術操作規范(這些可以是成文的，也可以是約定俗成在實踐中應當遵循的)操作的行為和事實上造成了就診人死亡或者嚴重損害就診人身體健康外，是否還需證明違規行為與結果之間的因果關系嗎?抑或，參照前述《若干規定》所規定的醫療事故處理中舉證責任倒置的辦法，由被告方就醫療行為與損害結果之間不存在因果關系及不存在醫療過錯承擔舉證責任呢?筆者認為，事關公民生命、自由的刑事責任的顯不同于民事賠償責任的特點決定了，民事上的舉證責任倒置不能照搬到刑事案件的處理中來。但又不可否認的，作為醫療事故罪案件的被告方，不僅掌握有處方等能反映醫療過程的充分的證據資料，而且其具有相對于檢察官的絕對優勢的醫學專業知識，再則，事實上整個的醫療過程被告方是最清楚不過的。

因此，從訴訟經濟、效率、效益、公平等原則考慮，應當讓被告承擔一定的證明責任，或者說，在醫療事故案件的處理中，可以適用一定的司法推定。筆者的設想是，由于控方證明損害結果不是難事，借助于專家的力量證明被告方在醫療過程中存在違規操作的行為也是可能的。因此，在控方完成這兩方面的舉證責任后，就可以推定違規行為與損害結果之間存在因果關系，被告方主觀上存在過錯。這時，被告方就有義務舉證證明不存在因果關系和自己沒有過錯以推翻已經形成的來自控方的推定。當然被告方的舉證“只要達到優勢證明程度，甚至只要有一定可信度即可影響法官的內心確信，從而動搖控方的有罪指控。”但是，控方對于被告方的上述舉證的反駁還是要達到“事實清楚，證據確實、充分”的證明程度的。

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