刑事訴訟職能管轄，又稱部門管轄或者立案管轄，是指公安機關、人民檢察院和人民法院之間立案受理刑事案件上的分工。

1、公安機關偵查的刑事案件

《刑事訴訟法》第18條第1款規定：“刑事案件的偵查由公安機關進行，法律另有規定的除外?！备鶕@一規定，除了法律另有規定外，公安機關是刑事案件的主要偵查機關。法律的這一規定是有其實際根據的：公安機關是國家的治安保衛機關，負有維護社會秩序、保衛國家安全的任務，它擁有龐大而嚴密的組織體系和足夠的警力，專門的偵查手續和措施，具有良好的控制社會治安局勢和快速反應的能力，并且在長期的同各種危害社會治安秩序的犯罪行為作斗爭的過程中積累了豐富的經驗。因此，將絕大多數的刑事案件交給公安機關偵查，便于發揮公安機關維護社會治安的作用。對于某些特定的刑事案件，法律規定由其他國家機關進行偵查。如人民檢察院依法對其直接受理的刑事案件進行偵查;國家安全機關負責對危害國家安全的刑事案件進行偵查;軍隊保衛部門對軍隊內部發生的刑事案件行使偵查權;監獄對罪犯在監獄內犯罪的刑事案件進行偵查，等等。這些特定的刑事案件占整個刑事案件的比例是比較小的。

2、人民檢察院直接受理偵查的刑事案件

《刑事訴訟法》第18條第2款規定：“貪污賄賂犯罪，國家工作人員的瀆職犯罪，國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查、侵犯公民人身權利的犯罪以及侵犯公民民主權的犯罪，由人民檢察院立案偵查?！狈蛇@樣規定，一方面有利于檢察機關集中力量對貪污、賄賂、國家工作人員的瀆職等犯罪案件進行偵查，突出工作重點，加強反腐敗斗爭;另一方面有利于檢察機關加強對公安機關偵查活動的監督。

根據檢察機關是國家法律監督機關和公、檢、法三機關分工負責、互相制約的原則，檢察機關自偵查案件的范圍，主要還是局限于國家機關工作人員利用職務的犯罪。除了上面提到的檢察機關直接受理偵查的幾種刑事案件以外，《刑事訴訟法》第18條還規定：“對于國家機關工作人員利用職權實施的其他重大的犯罪案件，需要由人民檢察院直接受理的時候，經省級以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院直接受理的時候，經省級以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院立案偵查。”這不是一般的案件分類管轄劃分的條款規定，而是檢察機關根據法律監督職權對個案的監督條款，以糾正有案不立，有罪不究和司法實踐中存在的腐敗現象。這也不是檢察機關包攬其他機關的偵查權，而是通過這種方式加強執法監督，促使其他機關嚴格執法，使所有犯罪都毫無例外地受到追究，維護國家法律的尊嚴和統一。