一、科研機構深化改革的目標和方向
　　（一）改革的目標。
　　按照實施科教興國戰略、加強科技創新、加速成果轉化的總要求，根據社會主義市場經濟規律和科技自身發展規律，全面優化科技力量布局和科技資源配置；加快國務院部門（單位）所屬科研機構改革步伐，使其適應市場需求，更好地為經濟建設和社會發展服務；國家以支持項目為主，通過競爭擇優方式扶持技術創新活動；國家財政科技投入集中用于應由國家支持、亟需發展的領域和少數精干、高水平的重點科研機構；建立“開放，流動，競爭，協作”的管理和運行機制。
　　（二）改革的方向。
　　對不同類型、分屬不同部門的科研機構實行分類改革：
　　１．技術開發類科研機構實行企業化轉制。
　　國家電力公司、中國石油化工集團公司、中國石油天然氣集團公司、中國建筑工程總公司、中國汽車工業總公司等企業所屬科研機構已經進入企業，要辦理事業單位注銷手續；作為獨立企業法人的要辦理企業登記手續。
　　建設部、鐵道部、交通部、信息產業部、藥品監管局等部門所屬技術開發類科研機構，要通過轉為企業或進入企業等方式向企業化轉制，與原部門脫鉤；為國家經濟和社會發展提供重大基礎性或共性技術服務、無法得到相應經濟回報的個別科研機構，通過調整結構、優化組合形成一支精干隊伍，這些科研機構可以由原部門（單位）繼續按事業單位管理。承擔軍事科研任務的科研機構，原則上也要向企業化轉制，具體轉制方式和管理體制另行制定。
　　２．社會公益類科研機構分別不同情況實行改革。
　　國土資源部等部門所屬公益類研究和應用開發并存的科研機構，有面向市場能力的（占總數一半以上）要向企業化轉制；以提供公益性服務為主的科研機構，有面向市場能力的也要向企業化轉制；主要從事應用基礎研究或提供公共服務、無法得到相應經濟回報、確需國家支持的科研機構，仍作為事業單位，按非營利性機構運行和管理，其中具有面向市場能力的部分，也要向企業化轉制并逐步與原科研機構分離。其他科研機構要向中介服務方向發展。
　　按非營利性機構管理和運行的科研機構，要優化結構、分流人員、轉變機制，按照總體上保留不超過３０％工作人員的要求，重新核定編制。
　　３．財政部、文化部等部門所屬以社會科學（含經濟、文化、法律等）領域研究為主的科研機構，按照國家關于其他類型事業單位的改革部署進行改革。
　　４．中科院所屬科研機構，按照本實施意見確定的基本原則進行改革。具體工作要結合經國務院批準的“知識創新工程”試點方案進行。
　　５．加強科研和教育的結合，鼓勵科研機構進入高等學校、與高等學校合并或開展多種形式的合作。

　二、支持科研機構深化改革的政策
　　（一）轉為企業或進入企業的科研機構，執行科技部等部門發布的《關于國家經貿委管理的１０個國家局所屬科研機構管理體制改革的實施意見》（國科發政字〔１９９９〕１４３號）、《關于國家經貿委管理的１０個國家局所屬科研機構轉制中有關國有資本核定問題的通知》（財管字〔１９９９〕２７６號）、《關于國家經貿委管理的１０個國家局所屬科研機構轉制后稅收征收管理問題的通知》（國稅發〔１９９９〕１３５號）、《關于國家經貿委管理的１０個國家局所屬科研機構轉制后有關養老保險問題的通知》（勞社部發〔２０００〕２號）中所規定的政策。涉及實施時限的，由發文單位作相應的變通處理。
　　（二）按非營利性機構運行和管理的科研機構，要在人事制度、分配制度等方面進行改革，按照新的機制和管理制度運行，承擔政府、企業和其他社會組織委托的任務，按有關規定為社會提供有償服務，提高面向市場服務的能力，最終實現經營管理的社會化；主管部門要轉變管理方式，變直接領導為通過參加機構理事會參與重大問題決策。這類科研機構達到改革目標、經有關部門驗收并重新核定編制后，國家對其增加人均事業費投入。要加強科研項目經費的投入和管理，按照競爭、擇優的原則對優選的科研項目加強支持。
　　（三）進入高等學校或與高等學校合并的科研機構，其人均事業費低于高等學校標準的，由負責撥付費用的一級財政予以補足。

　三、改革的組織實施
　　科研機構管理體制改革事關科技工作、經濟工作和社會穩定的全局。國務院各部門（單位）要高度重視，根據本實施意見提出切實可行的改革方案，明確所屬科研機構的具體改革方向和任務，制定保障改革順利實施的措施和辦法，及時解決實踐中出現的新情況、新問題，充分調動科研機構和廣大科技人員的積極性和創造性。
　　（一）科研機構管理體制改革以國務院各部門（單位）為主具體實施。向企業化轉制的科研機構要于２０００年９月底前完成交接，２０００年１２月底前完成企業登記。社會公益類科研機構按照非營利性機構運行和管理的試點工作，在本實施意見發出后啟動，總體方案要在２０００年１２月底前確定，２００１年全面實施。
　　（二）經國務院授權，由科技部牽頭，會同國務院有關部門（單位）做好科研機構管理體制改革的協調、審核工作。國務院部門（單位）所屬科研機構的改革方案經科技部、財政部、中編辦審核批準，報國務院備案后組織實施。科技部負責改革方案實施的檢查督導工作，統籌協調社會公益類科研機構分類改革的方案制定、試點和全面啟動工作。
　　科技部會同國務院有關部門制定非營利性科研機構的有關政策和運行管理規范，定期評估其工作績效。
　　（三）國務院有關部門要根據科研機構管理體制改革的新形勢，改革政府科技經費投入方式，建立國家科技計劃項目招投標制度，對國家科研計劃項目的實施逐步實行課題制管理，使科研機構管理體制改革、調整后的科技實力和創新能力得到進一步加強。
　　（四）地方政府部門所屬科研機構體制改革工作，由各地方政府參照本實施意見進行。