追償機關在經過一系列的調查取證、聽證等程序后，如認定相關的行政工作人員在行使職權時確實存在重大過失或故意，則可作出追償決定。其過程應為，案件承辦人員調查結束之后，應就所調查的事實和取得的證據材料進行分析判斷，對案情形成一個總體的認識，撰寫調查結論并提出案件的處理建議，連同所有證據材料呈報賠償義務機關負責人批準。必要時行政賠償義務機關負責人可以召集法制、監察、財務等部門集體討論，確定是否應該追償、追償的額度和追償的方式、期限。之后，由賠償義務機關作出處理決定.P215)如認為符合條件則下達追償決定書并記載于檔案之中。如不符合條件，則不予追償。賠償義務機關是否追償都須以書面形式送達給相關的行政機關工作人員。

追償決定書的內容應包括事實、理由、法律依據，追償的金額、繳納方式、期限以及被追償人不服追償決定時的救濟權等。為了保證追償決定的正確與公正，同時也為了避免長官意志和人際關系對追償決定的不良影響，在決定的方式上宜采用會議形式，與會有表決權的人員按照少數服從多數的原則作出追償決定.而且整個會議還應有完整的記錄，各人的表決意見都應記錄在案。追償決定的作出不應時間過長，以1個月為宜，自立案之日起算。重大復雜案件可延長15日，且須賠償義務機關負責人審批。對于具體的追償方式、追償期限等事項，一般來說，追償機關可與被追償人進行協商，協商一經形成，對雙方均有拘束力。這主要考慮到被追償人的履行能力，以及協商并不會造成國家利益的損害。然而，對于追償金的問題是否可以協商，學者們的看法則大相徑庭。有的認為，追償金額的確定應與被追償人相協商，協商不成的，行政機關有權作出處理決定

有的學者則持反對態度，認為追償金額只能由行政機關來確定。其理由如下：第一，追償權不是民事權利，而是一種公權力，賠償義務機關與其工作人員之間不具有平等的地位，因而雙方也就不具有協商的基礎。第二，追償是賠償義務機關的職責，對賠償義務機關來說，對具有故意或重大過失的工作人員進行追償，不僅僅是一種權力，也是一種義務。在權力行使中，沒有商量的余地。第三，對于被追償人來說，追償是一種懲戒性的法律責任，被追償不能與賠償義務機關討價還價。鑒于以上原因，在追償中賠償義務機關與其工作人員之間不可就追償事宜進行協商.筆者認為，在追償金額問題上，賠償義務機關可以與被追償人進行協商。畢竟，協商是一種讓雙方都比較容易接受的方式，可以避免矛盾的激化。當然，可以協商并不意味著追償主體就可以違法、任意進行，而應當符合法律原則與精神的方式進行

在建設和諧社會的今天，協商結案已經是大勢所趨。新修訂的《國家賠償法》第13條規定，賠償義務機關可與賠償請求人就賠償方式、賠償項目和賠償數額進行協商。依法理，賠償案件中的賠償義務機關履行賠償責任是一種法定的強制責任，只要相關的國家機關或其工作人員行使職權違法侵犯了公民、法人其他組織的合法權益造成損害的，都應當履行賠償責任。這種法定的強制職責與賠償義務應當向被追償人行使追償權的法定職責在性質上是一樣的，因此，追償決定的作出也是可以協商的。而且在決定追償金額時允許被追償人基于自己的認錯態度、經濟能力與賠償義務機關交換意見，更是公民參與權的體現。我國臺灣地區“國家賠償法”第41條第3款規定，賠償義務機關在行使追償權時“應先與被求償之個人或團體進行協商。”當然，除此之外，下述原因也是允許協商的理由所在：

其一，法治原則與保障的需要。對于不利行政決定的作出，出于法治與保障慮，當事人能夠參與則是最好的解決方式，協商就是參與的一種形式，允許被追償人對追償決定提出自己的見解以供追償權人參考是法律賦予的一項權利，能夠保護其合法的財產權。其二，執行順暢的需要。協商程序中被追償人進行了參與，被追償人感覺其人格尊嚴得到了尊重，畢竟追償對其財產權有不利影響。這樣，通過協商可以緩和雙方對立情緒，促使追償決定的早日作出，且該決定被追償人會“樂于履行”，因為該協議已充分考慮了被追償人的意見與承受能力。其三，不至于損害國家利益。協商只是追償金額作出前的必經程序，如果協商不成，追償人享有最終決定權，實現追償權以維護國家利益。當然，通過協商達成的追償決定如當事人在履行時表示反悔，其在協商過程中對案件事實的認可，不得在其后的相關程序中作為對其不利的證據。