依照刑法和刑事訴訟法的規定，剝奪政治權利有兩種執行方式：1、由監獄管理機關執行。刑法規定剝奪政治權利的效力，當然施用于主刑執行期間。犯罪分子被判處有期徒刑、無期徒刑、死刑緩期二年執行，在判決生效后，即送往監獄接受教育改造和強制勞動改造，在主刑執行期間，監獄管理機關依照刑法的規定，施行對其剝奪政治權利的處罰，如果罪犯在主刑還未執行之時，其剝奪政治權利的判決已執行完畢，就失去了對罪犯剝奪政治權利的懲罰、教育、警戒作用。2、由公安機關執行。被判處管制拘役的罪犯，是交由公安機關執行其主刑的，如其被附加剝奪政治權利，也應由公安機關同時執行。對刑滿釋放及假釋期間被附加剝奪政治權利罪犯的刑罰執行，亦由該罪犯戶藉所在地公安機關負責。

刑法規定被判處剝奪政治權利的犯罪分子，如果是并處剝奪政治權利的，剝奪政治權利的期限，從徒刑、拘役執行完畢之日或者假釋之日起開始計算;剝奪政治權利的效力當然施用于主刑執行期間。如果是被判處管制附加剝奪政治權利的，剝奪政治權利的期間與管制的時間相同，同時執行。刑事訴訟法規定，對于被判處剝奪政治權利的罪犯，由公安機關執行。監獄在主刑執行完畢或者罪犯假釋時，應將其剝奪政治權利的起止期限在釋放證或者假釋證上注明連同人民法院的判決書一并轉交其居住地公安機關，在執行剝奪政治權利時，執行機關應當向犯罪分子所在單位或者居住地的有關群眾，宣布犯罪分子的犯罪事實，剝奪政治權利的內容及刑期的長短。待其執行完畢時應當宣布，執行期滿，執行機關應當通知犯罪分子本人，并向有關單位和群眾宣布，恢復其政治權利。

二、剝奪政治權利執行中存在的問題

剝奪政治權利在主刑執行期間，因大多數都在監獄或看守所執行，附加刑一般都不打折扣，但問題往往存在于主刑執行完畢或被假釋之后。這時的犯罪分子已經獲得了人身自由，周圍的群眾也就把他視為正常的普通人，注意不到他還有剝奪政治權利的附加刑沒有執行完畢。某些執行機關也往往疏忽附加刑的執行情況，在釋放通知書中未注明剝奪政治權利執行的起止時間。在犯罪分子被釋放到社會上后，也未加強對其管理，使附加刑的判決失去了實際意義。

在我國現行的制度中，剝奪政治權利的執行是依靠專門機關與群眾相結合的方式來進行的，監督、教育改造是由群眾監督考察小組具體負責，這一執行方法，在改革開放以前是有效的，在社會人員大流動的今天，就存在許多不適宜的問題。首先，群眾監督考察小組難以真正建立起來，有的地方即使真正建立了這樣的小組，也難以正常開展工作。其次，被獨立判處剝奪政治權利的罪犯，為了生計或其他原因經常外出，不知下落。因此，目前這種監督考察方式根本無法對他們進行有效的監督。在實踐中，經常出現不知被剝奪政治權利罪犯的去向，有時甚至執行期滿要宣布恢復政治權利時，連人都找不到。盡管我國刑法中有適用剝奪政治權利刑罰的相關罪名，但刑法、刑訴法卻沒有對剝奪政治權利刑罰的犯罪分子在執行期間違法后的懲處作出較明確的規定，這就使司法實踐中，刑罰的執行難以落到實處。