在醫療糾紛案件中，專家證人制度的引入則顯得格外重要。根據司法解釋的規定，醫療行為引起的侵權訴訟，“由醫療機構就醫療行為與損害結果之間不存在因果關系及不存在醫療過錯承擔舉證責任”。醫院保留了給病人治療時的原始記錄，也掌握了病人病情發展的全動態過程，同時又擁有相當多的醫學專家，自然比較容易從專家層面上找到有利于己方的證據。然而，一則，我們無法肯定醫院不會篡改治療記錄；二則，醫學作為一門科學，其本身是在發展的，人類對于自身的認識還處于啟蒙的狀態并一直在摸索，醫學中尚存著許多難題，因此對同一個問題通常會有多種看法；三則，作為醫院的對方當事人，其自身對于醫學問題的了解程度顯然是遠遠不夠從專家層面來推敲和質疑的，因而客觀上當事人會在鑒定過程中或鑒定材料未被法院確認前即與相關專家做一定的咨詢與探討。而此時，無論專家是否本身是法院所指定的鑒定人，其已然加入到了訴訟過程中。

考慮現行法，鑒定人、證人和本人在訴訟證據上的地位是一個中立性依次減弱，而黨派性依次增強的定位。對于鑒定人的要求有著強烈的中立性考慮，比如在回避制度中，“鑒定人擔任過本案的證人、辯護人、訴訟代理人的”應當回避，現行法的定位與筆者所主張的專家證人的定位顯然是相異的，但事實上，現行法并不絕對地排斥鑒定人與當事人之間的關系，也沒有如德國法那樣把鑒定人置于法官的“助手”這樣一種職權輔助性的地位，表現在如下幾個方面：鑒定的啟動在于當事人的申請；雙方當事人參與協商確定有鑒定資格的鑒定機構、鑒定人員；允許當事人自行委托有關部門做出鑒定結論并有條件采納等。由此可見，當事人對鑒定人有相當的支配力，這為筆者在此項制度上的建構留下了很大的空間：

1、專家證人的資格認定。在醫療糾紛中，為了保證專家證人在法庭上出具意見的科學性和權威性，必須對專家證人的資格做一個事先限定：一是給予相關的醫療機構（如果是醫院，通常要對級別有所考慮）或者醫學研究機構以集體鑒定資格，二是對鑒定負責的具體人員要考慮專家的職稱、學歷、對該領域的熟悉程度等，三是對不屬于前述范圍的自由研究者或醫學從業者的資格認定應采取嚴格認證主義。經過認證后，這些鑒定機構或人員可以領到法院所頒發的專家證人資格證書或者進入到法院的專家證人名單中，當然這是就一般資格而言，并不代表其在具體案件中的具體資格。

2、當事人的委托與專家證人的立場。醫療糾紛案件中，出庭的專家應由雙方當事人各自來委托，鑒定和出庭的費用也由當事人來承擔，當然在某些例外情況下法院也可以指定專家證人。既然專家證人是由當事人聘請，其一般會提供有利于當事人的證言，因而存在帶來不公正的可能性。基于此，對專家證人立場的規定應該是比證人要求稍偏重中立性的定位，并可參照實行日本的“證據共通”原則來加以保障。當然，事實上不可避免的偏向于當事人一方卻正是專家證人制度存在的必要性體現，因此專家證人的黨派性是被有限度容許的，此限度主要表現在專家證人不得如律師那樣享有保留委托人秘密的特權，而需要向法庭提供其客觀的研究結果，否則可能會以作偽證受到處罰。

3、專家證言的采信。按照“對抗的二重機制”原則，法院在當事人提出專家證人出庭的申請時對專家證人資格進行審定，對方當事人亦可提出反對意見；在專家證人的資格得到確認以后，法庭再對專家證人所作的證明（包括鑒定結論、相關學術問題的分析意見）等進行審查和當庭質詢。此時，雙方延請的專家證人即可在法官主持下圍繞具體案件的認定展開辯論。法官在專業人士的幫助下，可明確地看出雙方爭執焦點所轉化成的幾個醫學問題上的分歧及因果關系判斷等。

這里的好處在于，能夠把鑒定結論作為案件審判根據的時間適當地推遲至法庭充分辯論之后，而按現行法的模式，鑒定結論是一開始就被作為有效的證據采納，當事人一旦“沒有足以反駁的相反論據和理由的”，就可以認定其證明力。但倘若當事人沒有專家證人的幫助，很難想象會在當場提出“足以反駁的相反論據和理由”，即便能夠推翻原鑒定結論，法院亦要委托新的鑒定結構（通常是上級鑒定機構）做出新的鑒定，但是此時已經延誤了時間，而醫療糾紛案件中病人的病情通常是不穩定的，時間久后對當事人主張的醫院侵權行為所造成的原始后果是否屬實的因果關系就很難再查清，更何況第二次、第三次鑒定本身就無法保證鑒定的科學性和準確性。因此，與其冒著不斷錯誤鑒定的風險，還不如讓專家們能夠走上法庭來討論，當專家證人的意見一方的證明力高于另一方時，法官就能夠做出合理的判斷，此時訴訟就不會因證據的不明確而無法進行下去。

最后，有一個棘手的問題是，對待“死亡”標準之類純科學的爭議，法官如何來采納？是否一定要按照醫學的通說？筆者認為，參考刑事實務對“安樂死”的處理，并比照日本最高裁判所的一個著名判例，我們應對科學上的判斷與訴訟上的判斷做一個適當區分：訴訟上應保守地采納醫學的現有成果，并充分考慮社會一般人的觀念和接受程度，而且在這里要加重考慮醫院一方的責任，比如在醫院的職責是救死扶傷還是減輕病人痛苦兩者間，法院自應認定前一種作為醫院的最主要職責，醫院不得以后者作為抗辯前者的理由。因此，對鑒定人圍繞純科學問題的爭論，法官應只作為考慮因素對待，一般不應以哪方在科學研究的“話語”更權威作為判斷的直接依據。