根據《中華人民共和國民法通則》第一百三十六條之“（一）身體受到傷害要求賠償的”規定，醫療糾紛案件的訴訟時效期間應當為一年， “從知道或者應當知道權利被侵害時起計算”，“從權利被侵害之日起超過二十年的，人民法院不予保護”。之所以發生醫療糾紛案件訴訟時效爭議和困惑，主要在于大家對“知道或者應當知道權利被侵害時”的理解不一致。

根據《最高人民法院關于參照醫療事故處理條例>審理醫療糾紛民事案件的通知》，起訴到法院的醫療賠償糾紛包括兩種情況，即醫療事故引起的和醫療事故以外原因引起的。案由不同，訴訟時效的起算時間迥然不同。

因醫療事故以外原因引起的醫療賠償糾紛（常被稱為醫療過錯賠償糾紛）適用“從知道或者應當知道權利被侵害時起計算”的規定。此類案件訴訟時效的爭議，主要發生在對“知道或應當知道”的理解和判定標準不一。就字面而言，“知道或應當知道”不難理解，即從權利人知道或應當知道自己權利被侵害的時候開始算。但實際里邊學問很深。你說他知道，他說自己不知道，而且有人還真的不知道。你說他雖然可能是不知道，但按理講是應當知道的，權利人會說為什么我就應當知道？你說“應當”，我就“應當”嗎？對此，司法實踐的判定標準通常是以有證據表明權利人知道自己的權利被侵害的日期，或者根據一般規律推定權利人知道自己的權利被侵害的日期。比如，單純膽囊切除術后數天，因出現發燒、腹痛、進行性黃疸等癥狀，經權利人簽署二次手術同意書而行膽腸吻合手術。此時的“二次手術同意書”就是證明權利人知道自己的權利被侵害的證據。再如，一般情況下單純性闌尾炎手術后一周即可拆線出院，但某患者卻非正常住院長達一月以上。若該患者或家屬是完全行為能力人，則根據一般規律可推定該患者或家屬知道或應當知道自己的權利被侵害（即存在醫療過錯情況）。在此情形下，訴訟時效的起算時間就是從證據形成的時間或侵害事實發生的時間。

對于既無證據證明，又不能按一般規律推定權利人知道自己權利被侵害的，則訴訟時效從發現侵害事實的實際時間起算。如10年前曾有剖腹產手術病史，10年后因行闌尾炎切除術意外發現腹腔內遺留有陳舊性紗布，則該例糾紛的訴訟時效則應從10年后意外發現的時間起算，此前既無證據、也無法按一般規律推定權利人“知道或者應當知道”發生了損害事實。

以上是醫療事故以外原因引起的醫療賠償糾紛的訴訟時效問題。

而對醫療事故引起的醫療賠償糾紛而言，訴訟時效的爭議主要發生在對“權利被侵害時”的理解不一。根據現行法律規定，醫療事故引起的醫療賠償糾紛案件必須具備一個前置條件，即已構成醫療事故。而醫療事故的確認權限專屬于設區的市級地方醫學會和省、自治區、直轄市直接管轄的縣（市）地方醫學會及其以上各級醫學會。在未經上述醫學會的醫療事故鑒定和認定之前，醫患雙方均不可能“知道或者應當知道”。因此，對醫療事故賠償糾紛而言，民法通則之“從知道或者應當知道權利被侵害時起計算”應理解為“從知道或者應當知道被確認為醫療事故時起計算”。同時，醫療事故認定是一個需經特定程序的鑒定過程，故知道或者應當知道被確認為醫療事故的時間通常滯后于人身損害的實際發生時間，短則數月、長則數年或更長時間。不能以人身損害的實際發生時間已超過一年作為案件超過訴訟時效的抗辯理由。

總上，醫療糾紛案件的訴訟時效起算時間大體有四種起算點，即侵權損害發生之時、能證明知道侵權損害發生的相關證據形成之時、侵權損害事實被實際發現之時和醫療事故被法定機構認定之時。

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