十一屆三中全會后，我國農村進行了經濟體制改革，推行了家庭承包責任制。集體通過與農戶簽訂書面的土地承包經營合同，將土地的承包經營權下放給農戶，而保留集體對土地的所有權。農村土地承包經營合同制度從根本上解決了我國農業生產中長期存在的按勞分配的難題，大大提高了農業勞動者的生產積極性，從而使家庭承包責任制成為農業生產的基本經營方式，成為黨在農村的一項基本經濟制度。

近年來隨著改革開放的進一步深入，農村經濟的迅速發展，城市化速度的加快，農村人多地少的矛盾日趨突出，特別是在中央鼓勵農村經濟發展的政策激勵下，隨著土地的收益顯著提高，因農村土地承包經營合同產生的糾紛也越來越多，已經成為影響農村經濟和社會穩定發展的重要因素。人民法院在處理這類糾紛時往往會遇到以下疑難問題。

一、合同性質的認定

如何對農村土地承包經營合同的性質進行定性，直接影響到處理該類合同糾紛時的法律適用，是適用合同法，或適用民法等。關于農村土地承包經營合同的性質，在學術界存在行政合同說、民事合同說二種不同的觀點。行政合同說認為，農民通過與政府簽訂行政合同獲得土地的使用權，在承包期限內獲得一定的經營自主權，其收益直接與勞動成果掛鉤，政府以行政合同代替行政命令或指令性計劃，在農業領域國家管理的方式上，行政合同管理已經占據了主導地位。民事合同說認為，農地承包合同如同企業承包經營合同一樣是平等主體間簽訂的雙務、有償、諾成合同。

其實，由于我國獨特的社會制度，使的農村土地的所有權和適用權相分離的，這也使得農村土地承包經營合同成為一種前所未有的、非常特殊的合同，它既有民事合同的法律特征，也有行政合同的某些特征，而不是單純的行政合同或民事合同。所以我們不能簡單的從行政法或民法的角度來絕對法律的適用，而是應從合同雙方的權利義務的具體構成上綜合考慮、分析，進而選擇適用法律。在這點上霍菲爾德的法律關系元形式理值得借鑒，該理論認為，對復雜的、非典型的法律關系進行分析的最好方法就是將其析分為若干最基本的法律關系，就像化學家對化合物進行的元素分析一樣。一個法律主體和多個法律主體之間的關系可以化約為若干的法律關系的元形式。盡管該理論中的一些具體的法律概念暫時還很難融入我國的法律體系，但其中將法律關系中的權利看成是權利束-一組權利的集合的方法，具有普遍性，同樣可以適用于對我國農村土地承包經營合同的法律分析，根據案件的不同，靈活、綜合適用行政法律、法規和民事法律、法規。

二、合同主體資格的認定

農業承包經營合同是農村合作經濟組織內部統一經營與分散經營兩個層次之間，在確定生產經營管理，落實聯產責任制，提取勞動成果方面形成的一種法律關系形式。農業承包經營合同一旦發生糾紛，主體資格的確認和責任承擔便尤為關鍵。

合同雙方發生糾紛時，合同一方當事人發包方必須明確。發包方若是鄉（鎮）經濟管理委員會、鄉（鎮）經濟聯合社等，它代表合作經濟組織，應有自己獨立的財產，能以自己的名義對外享有權利承擔義務，具備法人資格，可將其列為訴訟主體，并獨立承擔民事責任；發包方若是鄉一級合作經濟組織與鄉政府合二為一，合作經濟組織沒有自己的機構、人員，甚至沒有法人代表，屬鄉（鎮）政府的一個職能部門，可以直接列鄉（鎮）政府作為訴訟主體，并承擔民事責任；發包方若是村民委員會，而村民委員會大致分兩種，一種是村委會同村經濟合作組織為兩塊牌子一套人馬”，一種是不設經濟合作組織，村委會兼有經濟合作組織和群眾性自治組織兩種職能。這兩種村民委員會都具有經濟管理職能，可直接列村民委員會為訴訟主體，并承擔民事責任；發包方若是村經濟合作組織，該組織行使經濟管理職能，具有經濟實體的特性，具備法人資格，可直接列村經濟合作組織為訴訟主體，獨自承擔民事責任；發包方若是村民小組，它不是一級經濟組織，而是村民委員會的分支機構，不具備法人資格，但村民小組被給予了土地所有權，它可以成為土地發包人，具有經濟實體的特性，可獨立承擔民事責任，作為訴訟主體參加訴訟，因不具備法人資格，若無力清償債務，可由村民委員會承擔補充清償責任。