(一)申報階段

排污者必須在每年1月15日前向環境監察機構申報正常作業條件下的排污情況，按要求填報《排污申報登記表》，并提供必要的資料。

新建、擴建、改建項目，應當在項目試生產前3個月內辦理排污申報手續。在城市市區范圍內，建筑施工過程中使用機械設備，可能產生環境噪聲污染的，施工單位必須在工程開工15日前辦理排污申報手續。

排污者申報、登記后，當排污者排放污染物需作改變或者發生污染事故等造成污染物排放經濟變化的，必須分別在改變3日前或變化后3日內填報《排污申報變更登記表》，說明變更原因，履行變更申報手續。

(二)審核階段

環境監察機構應當按照國家規定強制檢定的污染物排放自動監控儀器數據、監督性監測數據或物料衡算數據對排污者填報的《排污申報登記表》進行審核。經審核，符合規定要求的，環境監察機構向排污者發放經審核同意的《排污申報登記表》;不符合規定要求的，責令排污者限期補報;逾期未報的，視為拒報。

(三)排污量的核定

環境監察機構應在每月或每季度終了后10日內，依據《排污申報登記表》，結合當月或當季的實際排污情況，核定排污者排放污染物的種類、數量，并向排污者送達《排污核定通知書》。

排污者對核定結果有異議的，自接到《排污核定通知書》之日起7日內，向發出通知的環境監察機構申請復核;環境監察機構應當自接到復核申請之日起10日內作出復核決定，并將《排污量申報登記復核通知書》送達排污者。

(四)征收排污費

1、排污費按月或按季度征收。

2、環境監察機構根據排污量申報登記核定結果和排污費征收標準計算確定排污費，并將排污者的名稱、收費時段和收費數額予以公告。

3、排污費數額經環境監察機構確定、復核后，由環境監察機構向排污者送達《排污費繳納通知單》。

4、排污者應當自接到《排污費繳納通知單》之日起7日內，到指定的商業銀行填寫“一般繳款書”繳納排污費。排污者在規定的期限內未足額繳納排污費的，由收繳部門責令其限期繳納，并從滯納之日起加收2‰的滯納金;逾期拒不繳納的，處應繳納排污費數額1倍以上3倍以下的罰款，并報經有批準權的人民政府批準，責令停產停業整頓。

(五)排污費減繳、免繳、緩繳。

排污者因不可抗力遭受重大經濟損失的，可以向有審批權限的上級環保部門申請減半繳納排污費或者免繳排污費;排污者因未及時采取有效措施，造成環境污染的，不得申請減半繳納排污費或者免繳排污費。排污者因有特殊困難不能按期繳納排污費的，自接到排污費繳納通知單之日起7日內，可以向發出繳費通知單的環境保護行政主管部門申請緩繳排污費;環境保護行政主管部門應當自接到申請之日起7日內，作出書面決定;期滿未作出決定的，視為同意;排污費的緩繳期限最長不超過3個月。批準減繳、免繳、緩繳排污費的排污者名單由受理申請的環境保護行政主管部門會同同級財政部門、價格主管部門予以公告，公告應當注明批準減繳、免繳、緩繳排污費的主要理由。