環境保護行政執法工作中有法不依、執法不嚴、違法不究的問題存在，嚴重地制約了環境保護行政執法工作的開展。因此有必要對環境保護行政執法過程中存在的問題從法律層面作出剖析并找出相應對策以適應時代的需要。環境保護行政執法的具體行為方式主要有四種:第一、行政檢查、監督。即環境保護行政主管機關在職責權限范圍內，對行政管理相對人貫徹落實法規情況進行檢查、監督，督促他們自覺遵守法規，正當行使權利和履行義務。第二、行政許可和行政審批。即環境保護行政主管機關賦予行政管理相對人某種權利，準予從事某方面活動(如在管理范圍內修建建筑物)的行政行為。第三、行政處罰。指環境保護行政主管機關依法對違反法律法規應受懲罰的行政管理查對人給予的行政制裁。第四、行政強制執行。指行政主管機關在作出行政處理和行政處罰決定，對行政管理相對人科以義務后，行政管理相對人逾期不起訴又不履行義務時，環境保護行政主管機關依法采取強制措施迫使其履行義務或達到履行義務相對的狀態（如吊銷許可證）。一行政執法中存在的問題第一、在作出具體行政行為時遺漏行政相對人。環境保護行政機關在作出行政行為時遺漏主體，沒有把行政管理相對人全部列出，而僅列了一部份，損害其它共有人的合法權益。放縱遺漏主體繼續違法，執法的公正性受到老百姓責問。同時也是違法事實沒有查清的一種情形。第二、錯列行政管理相對人。環境保護行政機關作出具體行政行為時依法應該針對的是行政管理相對人，而實施行政行為時列寫的行政管理相對人卻出現了錯誤，是與行政管理相對人有一定關系的人或其它。為企業或者個體經營業主（老板）打工的人經常被錯列為被處罰人，處罰個體工商戶和獨資個人企業時，將其字號和獨資企業作為被處罰人，企業主和個體工商戶個人作為法定代表人，而沒有處罰個體工商戶本人和獨資個人企業主，違法的個人不承擔法律責任。從而放縱了違法的個人。第三、環境保護行政執法主體錯誤。在委托執法中，實施行政行為的責任機關依法應該是委托機關，而在作出具體行政行為時卻是被委托的行政主體的名義實施行政行為。第四、執法程序不規范甚至違法。環境保護行政機關查處案件中，大部分人員因為法律意識差，法律、法規知識相對欠缺。因此不重視履行必要的處理手續，隨意簡化執法程序。立案審批、決定審批、重大事項集體討論等內部程序流于形式或者沒有，調查具體內容不清，缺少必需的案件調查筆錄和違法事實的證據，環境監測數據不依法取樣和告知，不告知當事人的陳述申辯和聽證的權力等問題，法律文書沒有依法送達，法律文書沒有認定的事實。執法人員執法時不出示證件，執法方法簡單，在執法人員中普遍存在著一種管你沒商量”的執法態度，執法時不論大事小事，先開罰單，拿錢走人，缺乏對違法當事人的說服教育。第五、濫用自由裁量權。法律法規授予環保行政執法人員自由裁量權，是為了讓行政執法人員更靈活有效地貫徹執行法律法規，以便在實施行政處罰時收到事半功倍的效果。但是某些行政執法人員在使用自由裁量權時，卻喪失了合理公正的原則，使自由裁量權的實施偏離法的目的，變成了濫用自由裁量權。按照單位負責人事先的交待，或處理的行政管理相對人是自己的親朋好友，根據需要給予的處罰，如有可能，則不立案不處罰或者最高額處罰；接受了行政管理相對人的宴請，或者收受了相對人的禮物，本該重罰的輕罰，本該處罰的不罰，以管理相對人的態度好壞決定處罰，特別是行政相對人為自己的行為申辯時，還加重處罰。第六、適用法律不準確、適用法律錯誤或者沒有法律依據。因為案件事實和證據存在問題，容易造成適用法律錯誤。適用法律是有嚴格條件限制的，只有符合該法特定條款的全部要件時，才能適用該法條處理。環境保護行政執法人員往往出現這樣的問題，一違法行為應當受一法特定條款的處罰，在沒有收集主要證據的情況下就直接適用了該法條，或者是收集了部分證據符合該法條規定的一個要件，就適用了該法條，實際上應當適用他法才是正確的。另外執法時適用的法律與其他法律、法規相抵觸的情況也時有發生。如向從事餐飲業的個體工商戶征收排污費應當依據國務院《排污費征收使用管理條例》的規定征收，但因國家排污費征收標準未作規定的，省、自治區、自轄市人民政府可以制定地方排污費征收標準，在省、自治區、自轄市人民政府未制定地方排污費征收標準的情況下，向該個體工商戶征收了排污費，沒有法律依據。