在不同的醫療糾紛中舉證責任的分配是不同的，其一，在醫療侵權訴訟中，舉證責任實行的是“舉證責任倒置”，這是最高人民法院《關于民事訴訟證據的若干規定》的明確規定，是法定的舉證責任倒置。其二，對于事實清楚較簡易的其他醫療糾紛案件，原告選擇違約之訴的，應適用無過錯歸責原則，參照《民事訴訟法》的規定，實行“誰主張，誰舉證”，由主張違約方承擔舉證責任。鑒于醫學科學的復雜性和患者個體的差異性，一般不能將治療效果作為合同的標的。

在目前我國民法體系中，醫療侵權訴訟中實行的是“舉證責任倒置”，《若干規定》中，也將醫療侵權糾紛的歸責原則界定為過錯推定原則，上述立法本意，旨在平衡醫患關系，保護患者合法權益，同時也防止片面加重醫療方的負擔。對于絕大多數醫療糾紛案件，選擇過錯推定的侵權之訴明顯有利于患方，但是，不可否認的是，某些醫療糾紛當患者選擇違約之訴時，則適用無過錯責任原則歸責，這樣更有利于受害方權益的保護。對于此類案件則可以參照《民事訴訟法》的規定，實行“誰主張，誰舉證”。其三，有的醫療糾紛中存在這樣的情況，因為患者掌握著重要的證據，如果發生爭議，讓醫療機構舉證根本不可能，因為這些證據在患者出院之后往往已經帶走，如果讓醫療機構承擔舉證責任，患者拒不出示的話，醫療機構只能承擔舉證不能的后果，隨之而來的也只能是醫療機構的敗訴。

一、不適用舉證責任倒置的一些情況

因醫療行為所引起的醫療糾紛適用舉證責任倒置的規定，但因醫療行為以外的原因所引起的醫療機構與患者之間民事糾紛不適用舉證責任倒置的規定。最高人民法院所頒布的關于民事訴訟證據若干規定的司法解釋第四條第(八)項規定“因醫療行為引起的侵權訴訟，由醫療機構就醫療行為與損害結果之間不存在因果關系及不存在醫療過錯承擔舉證責任。”在此解釋出臺之后，很多法院在審判實踐中均認為只要是患者到醫院就醫時與醫療機構所發生的糾紛，患者不需要承擔任何證明責任，即所有的證明責任均由醫療機構承擔。此種是理解是片面地、錯誤地?；颊叩结t院去就醫，除與醫療機構發生醫療服務合同法律關系外，還可能存在其他民事法律關系，例如：1、病人指責病歷真偽的問題。2、病人在醫院摔倒、財物被盜。3、病人指責醫院未盡注意義務(護理不周、未給穿衣蓋被、送飯、保管等)。4、侵犯名譽權、隱私權、處分權等等普通民事侵權的法律關系。上述醫患之間發生的糾紛不是因醫療診療技術行為所引發，因此，不適用上述規定，仍應依照“誰主張、誰舉證”的舉證責任分配原則。所以，醫患雙方之間因醫療事故以外的原因所引發的非醫療行為所導致的其他民事法律關系的糾紛，不適用舉證責任倒置。